Описывая печальное состояние империи во время своего вступления на престол, Екатерина говорит: «Заводские и монастырские крестьяне почти все были в явном непослушании властей, и к ним начали присоединяться местами и помещичьи. Заводских крестьян непослушание унимали посланные генерал-майоры: Александр Алексеевич Вяземский и Александр Ильич Бибиков, рассмотря на месте жалобы на заводосодержателей; но не однажды принуждены были употребить против них оружие и даже до пушек, и не унялось восстание сих людей, дондеже Гороблагодатские заводы за двухмиллионный казне долг графа Петра Ив. Шувалова возвращены в казенное управление, также воронцовские, чернышевские, ягужинские и некоторые другие заводы по таковым же причинам паки в казенное поступили ведомство. Весь вред сей произошел от самовластной раздачи Сенатом заводов сих с приписными к оным крестьянами. Сии заводские беспокойства пресеклись не прежде 1779 года манифестом моим о работах заводских крестьян». Здесь, разумеется, мы должны принять что-нибудь одно: или волнение заводских крестьян прекратилось вследствие передачи заводов от частных людей в казну, или вследствие манифеста о рабочих. Если принять последнее, то нельзя будет приписать всего зла тому, что Сенат роздал заводы частным лицам.
9 августа в присутствие императрицы в Сенате был подан ей доклад о собирании в казну впредь десятой доли с меди, железа, чугуна и со всего выделывающегося на частных заводах, но со вновь устраивающихся заводов этот платеж взыскивать только по прошествии десяти лет. Екатерина подписала: «Быть по сему, а о розданных казенных заводах и о приписных крестьянах рассмотрение сделать». В том же присутствии она дала Сенату два приказания: 1) определить, «какие достаточные способы к весьма нужному размножению и сбережению лесов для переду принять надлежит; 2) для рассмотрения гражданских штатов быть особой комиссии при сочинении Уложения, и в оной быть главным князю Якову Петр. Шаховскому».
Относительно крестьянских волнений Екатерина еще 3 июля подписала указ: «Понеже благосостояние государства, согласно Божеским и всенародным узаконениям, требует, чтоб все и каждый при своих благонажитых имениях и правостях сохраняем был, так как и напротив того, чтобы никто не выступал из пределов своего звания и должности, то и намерены мы помещиков при их имениях и владениях ненарушимо сохранять и крестьян в должном им повиновении содержать». Но приходили известия о новых крестьянских волнениях. 19 июля в присутствии императрицы в Сенате читали просьбу генерал-майора Тевкелева на возмутившихся крестьян в Казанской и Оренбургской губерниях. 9 июля Екатерина велела распечатать домовые церкви, запечатанные в предшествовавшее царствование. Но предстоял трудный вопрос о монастырских имениях. 3 июля, присутствуя в Сенате, Екатерина приказала ему иметь рассуждение о духовенстве, как бы ему учинить удовольствие к его содержанию. Духовенство не дожидалось и подало прошение об отдаче ему во владение вотчин, и 5 июля императрица передала это прошение Сенату с приказанием иметь рассуждение и мнение свое ей донести. Опять рассуждение! А между тем ростовский митрополит Арсений (Мацеевич) в письме к графу Алексею Петр. Бестужеву-Рюмину так описывал положение, произведенное распоряжениями по указу Петра III: «Не надлежало бы мне утруждать теперь ваше высокографское сиятельство просьбою. Однако крайняя нужда влечет, яко за отобранием ныне от дома архиерейского и от монастыря вотчин приходится с голоду умирать, понеже хлеб у нас весь был по вотчинам в житницах, а при себе в самом доме архиерейском не держал, кроме как только на пищу молотый. А как указ застиг, то воевода ростовский тотчас по всем вотчинам житницы опечатал и, скот и птицы описавши, в свою команду взял, оставив меня со всем духовенством и мирскими служителями без пропитания, и не токмо будет есть нечего, когда смолотое и лежавшее в сушилах приедим, но и литургии святой служить нечем и некому, все принуждены идти с нищими в мир. Всепокорно прошу показать милость к домам Божиим, дабы старанием вашим возвращены вотчины были по-прежнему. Лошадей хотя малое число очень оставлено у нас, да и тех будет нечем кормить; не жаль того, что лошади у нас, все с кобылицами и малыми жеребятами, нарочным полковником, из Военной коллегии присланным, отобраны и в Петербург сведены, только жаль того, что завод, отчасти славный в государстве, совсем переведен и от нас не в прислугу высокомонаршей власти, но как бы за вину нечто конфискованное отобрано. В Ростове у нас воеводою надворный советник Петр Протасьев; невозможно ли постараться его отсюда переменить».
Преосвященные, пораженные указом Петра III, передавали друг другу в письмах своих сетования. Московский митрополит Тимофей писал Арсению ростовскому: «Что же касается до упомянутой в писании в. п. печали, то теперь не только вашу святость, но и всех нас коснулась эта скорбная метаморфоза, которая жизнь нашу приводит к стенаниям и горестям (nunc non solum vestram sanctitatem, sed omnes nos dolenda ista tetigit metamorfosis, quae vitam nostram ad gemitus et dolores ducit)». Архиепископ Амвросий писал тому же Арсению 15 июля: «Поздравляю общею радостию со вступлением ее и. в-ства на престол; слава Богу, что мы все от мысленного ига избавление получили и теперь, как из манифеста (о коронации) изволите усмотреть, к сентябрю месяцу просим и ваше преосвященство к нам в Москву пожаловать и нам о известном деле помогать». Митрополит Тимофей 2 августа писал Арсению: «Августа 1 принял я писание в. п. всеприятно, в коем объявленные в прошедшем времени последовавшие несчастные приключения читал не без сожаления. У нас в отдаленных только местах таким образом поступлено и скот по описи весь взят, а в Москве их наглостей не видели. Лошади хотя все описаны, однако и поныне не отобраны и остались под ведением нашим; но и нам сия отрада не велика, ибо, с другой стороны, не без жалости видеть можно, что в вотчинах от тех же наших крестьян невозвратные поделаны разорения: леса порублены, сено расхищено, мелкий скот и птицы инде прежде описи еще побраны, а инде при описи искоренены, в прудах рыба выловлена, и, какие только вообразить можно, наделали как при описи бывшие офицеры, так и сами крестьяне опустошения. Да и при Москве в Черкизовском моем пруде не однажды описатели дерзостно рыбу ловили, однако же не единожды за то и сменяемы были. В таких-то смутительных обстоятельствах одна только суть отрадою надежда». Но митрополит оканчивает письмо печальными словами: «Надежду истребляет рознь между братьями (spemmutat discordia fratrum)».
16 июля Сенат составил доклад по поводу просьбы духовенства об отдаче ему отобранных имений: 1) имения возвратить; 2) со всех крестьян кроме семигривенного подушного оклада брать рубль, из которого 50 коп. пойдет в казну на содержание инвалидов, а 50 — архиереям, в монастыри и прочие места, куда крестьяне будут возвращены; 3) крестьяне должны управляться не служками монастырскими, а выборными старостами, которых будут выбирать сами крестьяне с переменою погодно. По поводу этого доклада 18 июля у Сената с Синодом была конференция. Преосвященные объявили, что первым пунктом доклада довольны; но относительно платежа 50 коп. в казну Афанасий тверской объявил, что это будет крестьянам тягостно, другой же половины на содержание монастырей и семинарий мало; по его мнению, надобно было возвратиться к решению Синода, состоявшемуся при императрице Елисавете, именно: духовенство будет вносить ежегодно по 300000 рублей; а что касается сбора на архиереев и монастыри, то это оставить на их усмотрение. К мнению тверского преосвященного пристали Гедеон псковской и Вениамин петербургский, а Палладий рязанский соглашался с сенатским мнением, равно как и Димитрий Сеченов новгородский, в чем и обнаружилась «рознь между братьями», которую оплакивал Тимофей московский. Димитрий новгородский прибавил, что необходимо учредить комиссию из духовных и светских лиц для сочинения монастырям, архиерейским домам и семинариям штатов. Насчет управления крестьян выборными все архиереи согласились с Сенатом.
Надобно было принять мнение Димитрия Сеченова о комиссии для составления штатов, ибо только после этого составления можно было определить, достаточно или недостаточно 50 коп., и тем прекратить споры и жалобы. Но комиссия, разумеется, должна была затянуть дело, и рождался вопрос, чем же до ее решения будут содержаться монастыри и архиерейские дома; отдать до окончания дела монастырям имения или не отдавать? Екатерина находила вопрос трудным, что видно из письма ее к Бестужеву от 8 августа: «Батюшка Алексей Петрович, прошу вас приложенные бумаги рассмотреть и мнение ваше написать; дело в том, комиссию ли учинить ныне, не отдавав деревень духовным, или отдавать ли ныне, а после сделать комиссию. В первой бумаге написано отдавать, а в другой — только чтоб они вступили во владение до комиссии. Пожалуй, помогай советами». Как видно, вследствие советов Бестужева, на которые могло иметь влияние письмо ростовского архиерея, 12 августа состоялся именной указ об отдаче всех синодальных, архиерейских, монастырских и церковных движимых и недвижимых имений для благопристойного духовного чина содержания им в управление, и об отставлении коллегии Экономии, и небытии посланным для управления церковных вотчин офицерам.