Но не вдруг мог забыть Новгород свой прежний быт, и противная Москве сторона ждала только первого удобного случая, чтоб снова подняться. Этот удобный случай не замедлил представиться, когда в 1477 году хан Золотой Орды в союзе с Казимиром литовским начал грозить Москве нашествием и когда братья великого князя хотели также воспользоваться этим случаем для возвращения себе старых удельных прав. Иоанну дали тайно знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром, зовут его к себе, пересылаются и с немцами, король обещал явиться с полками и послал, с одной стороны, к хану Золотой Орды звать его на Москву, а с другой — к папе с просьбою о денежном вспоможении для успеха в деле, которое неминуемо повлечет за собою присоединение важной области к римской церкви. Папа назначил на военные издержки сбор со всех церквей польских и литовских. Иоанн хотел предупредить Казимира и застать врасплох новгородцев: взяв с собою только тысячу человек, он отправился 26 октября к Новгороду миром, а между тем под предлогом войны с немцами велел сыну набирать войска и спешить за собою следом; заставы были расставлены повсюду, дабы в Новгороде не узнали о наборе и приближении многочисленной рати. Несмотря на то, в Бронницах он получил весть, что новгородцы затворились и не намерены пускать его миром. Тогда Иоанн дождался полков своих и приступил к городу, в котором по-прежнему имел многочисленных приверженцев: они не хотели биться и перебегали к москвичам; архиепископ послал за опасною грамотою, но Иоанн отвечал: «Я сам опас для невинных и государь ваш; отворите ворота: когда войду в город, невинных ничем не оскорблю». А между тем разрушительная стрельба из пушек не прекращалась. Наконец ворота отворились, и владыка, посадник, тысяцкий (ибо новгородцы поспешили восстановить свои древние формы правления), старосты пяти концов, бояре и народ вышли навстречу к великому князю, пали ниц и просили прощения. Иоанн благословился у архиепископа и сказал во всеуслышание: «Я, государь ваш, даю мир всем невинным, не бойтесь ничего!» — и отправился по обычаю к св. Софии, а потом в дом Ефима Медведева, нового посадника, где и остановился. В тот же день 50 человек главных врагов Москвы были захвачены и пытаны. Тут только великий князь узнал об участии владыки в заговоре и о сношениях братьев своих с новгородцами. Феофил был взят и отослан в московский Чудов монастырь под стражу, богатство его отобрано в казну; 100 главных заговорщиков подверглись смертной казни. 100 семей детей боярских и купцов разосланы по низовым городам. Но и этим дело не кончилось: в 1481 году схвачены были четверо новгородских бояр; вражда сторон продолжалась, и следствием было то, что в 1484 году сами же новгородцы прислали донос в Москву, что некоторые из их сограждан пересылались с королем; по этому доносу человек тридцать больших и житых людей было схвачено, дома их разграблены, сами подвергнуты пытке; когда их приговорили к смертной казни, то перед виселицею стали они прощаться друг с другом и каяться, что напрасно клепали друг друга на пытке. Услыхав об этом, великий князь не велел их вешать, но велел сковать и посадить в тюрьму, а жен и детей их послать в заточение. В то же время была схвачена и разграблена Настасья, славная и богатая, по выражению летописца, взят и пограблен был также Иван Кузьмин, который во время новгородского взятия с тридцатью слугами убежал в Литву, но король не оказал ему никакой милости, слуги отстали от него, и он сам-третей прибежал назад, в Новгород, где и был схвачен. В том же 1484 году принужден был по болезни оставить архиепископию владыка Сергий, посвященный в Новгород на место Феофила из старцев Троицкого Сергиева монастыря. Московские летописцы говорят, что новгородцы не хотели покориться Сергию, ибо он не по их мысли ходил; не могши ничего сделать над ним явно, они волшебством отняли у него ум, говоря, что Иоанн-чудотворец наказал его. Новгородские же и псковские летописцы рассказывают, будто бы Сергий стал притеснять игумнов и священников, ввел новые пошлины, будто бы, заехав на дороге в Сковородский Михайловский монастырь, от гордости, потому что приехал из Москвы к гражданам плененным, не захотел вскрыть гроб похороненного тут новгородского владыки Моисея и будто бы с этих пор нашло на него изумление: иногда видали, как он сидел на Евфимьевской паперти в одной ряске без мантии, а иногда видали его в полдень сидящим в том же виде у св. Софии. По другому рассказу, новгородские владыки начали являться Сергию то во сне, то наяву с укором, как он смел принять святительское поставление при жизни своего предшественника, не уличенного в ереси, но изгнанного неправдою; когда же он презрел этими укорами, то невидимая сила поразила его и на некоторое время лишила употребления языка. В 1487 году переведено из Новгорода во Владимир 50 семей лучших купцов. Тогда же выехала из Новгорода и московская ратная сила, стоявшая здесь 17 недель. В 1488 году привели из Новгорода в Москву больше семи тысяч житых людей за то, что хотели убить наместника великокняжеского Якова Захарьича; некоторых Яков казнил еще в Новгороде, других казнили в Москве, остальных отправили на житье в Нижний, Владимир, Муром, Переяславль, Юрьев, Ростов, Кострому и другие города; на их место посланы в Новгород из Москвы и других городов низовых дети боярские и купцы.
В одно время с окончательным прекращением новгородских смут через вывод лучших граждан окончательно усмирена и древняя колония новгородская — Вятка, и тем же самым средством. Еще в 1466 году вятчане ратью прошли мимо Устюга на Кокшенгу, утаившись от городских сторожей; шли по Сухоне-реке вверх, воевали Кокшенгу, а назад шли Вагою вниз. Наместник устюжский Сабуров послал гонца в Москву с вестью об этом, и великий князь велел перехватить вятчан; Сабуров действительно перенял их под Гледеном; но вятчане дали ему хорошие подарки и, простоявши три дня, спокойно отправились домой. В 1469 году, во время похода на Казань, московские воеводы требовали от вятчан, чтоб шли с ними вместе, и получили ответ: «Казанский хан неволею заставил нас поклясться, что не будем помогать ни ему на великого князя, ни великому князю на него»; на второе же требование воевод вятчане отвечали, что, когда пойдут в поход братья великого князя, тогда пойдут и они. Не знаем, какое следствие имело для вятчан такое поведение их; знаем только, что, не помогши против Казани, они помогли Москве против Новгорода. В 1485 году повторилось прежнее явление: во время похода на Казань вятчане, по словам летописца, отступили от великого князя, который послал на них воеводу Юрия Кутузова с большою силою; тот помирился с ними, и они опять возвратились в московское подданство; но под следующим годом другой летописец рассказывает, что вятчане приходили на Устюг и стояли под городом Осиновцем, но что воевода их Костя начальствовал ими поневоле и, воспользовавшись случаем, ушел в Осиновец, а оттуда — в Москву. Митрополит два раза писал к вятчанам увещательные грамоты. «Называетесь вы именем христианским, — писал он, — а живете хуже нечестивых: святую церковь обижаете, законы церковные старые разоряете, господарю великому князю грубите и пристаете к его недругам издавна, с поганством соединяетесь, да и одни, сами собою, отчину великого князя воюете беспрестанно, христианство губите, церкви разоряете, а челом государю за свою грубость не бьете. Великий князь вас жаловал, слушаясь нашего смирения, потому что я молил его о вас со многими слезами; но от вас нет никакого исправления. И я теперь уже в последний раз послал к вам: „Бейте челом великому князю за свою грубость, пограбленное все отдайте, пленных отпустите. Если же не послушаете нас, то кровь христианская вам отольется; священники ваши церкви божии затворят и пойдут вон из земли; если же так не сделают, то будут и сами от нас прокляты“. Увещания митрополита не помогли, и в 1489 году, подчинивши себе Казань, великий князь послал на вятчан шестидесятичетырехтысячную рать под начальством двух главных воевод — князя Даниила Щени и Григория Морозова. 16 августа воеводы подступили под Хлынов, а на другой день вятчане, большие люди, вышли бить им челом, чтоб рать земли Вятской не воевала, „а мы великому князю челом бьем, покоряемся на всей его воле, дань даем и службу служим“. Воеводы отвечали: „Целуйте же крест великому князю от мала до велика, а изменников и крамольников выдайте головами: Ивана Аникиева, Пахомья Лазарева, Палку Богодайщикова“. Вятчане сказали на это: „Дайте нам, господа, сроку до завтра, мы это ваше слово скажем всей земле Вятской“. Срок им дали, вятчане думали два дня, но на третий отказали воеводам, что не выдадут тех трех человек. Тогда воеводы велели всей силе своей готовиться к приступу: ставить по городу плетень, запасаться смолою и берестою; но вятчане, видя свою погибель, добили челом на всей воле великого князя и выдали изменников. Воеводы развели всю Вятку, взяли лучших людей, купцов и отправили их с женами и детьми в Москву. Великий князь велел Аникиева, Лазарева и Богодайщикова бить кнутом и повесить, а других вятчан пожаловал, дал им поместья в Боровске, Алексине и Кременце, и написались они в слуги великому князю, купцов же поселили в Дмитрове. Вместе с вятчанами привезены были в Москву и туземные вотякские, или арские, князья; но великий князь отпустил их на родину.