Все эти увещания не помогли, надобно было садиться на коня. В мае 1471 года великий князь созывает на думу братьев своих, митрополита, архиереев, бояр и воевод, объявляет, что необходимо выступить в поход на новгородцев за их отступление, но спрашивает, выступать ли немедленно или ждать зимы, потому что земля Новгородская наполнена большими озерами, реками, болотами непроходимыми; прежние великие князья летом на Новгород не хаживали, а кто ходил, тот много людей терял. Решили выступить немедленно, и великий князь занялся распоряжениями к походу: беречь Москву и управлять Русскою землею во время отсутствия своего оставил сына Иоанна, при котором приказал быть брату Андрею Васильевичу Старшему вместе с служилым татарским царевичем Муртозою. С собою в поход брал великий князь братьев — Юрия, Андрея Меньшого и Бориса, князя Михаила Андреевича Верейского с сыном и другого татарского служилого царевича — Даньяра; выпросил с собою в поход у матери дьяка ее, Степана Бородатого, знавшего хорошо летописи, умевшего приискать в них, что нужно к делу: на случай если придут новгородские послы, то Степан напомнит ему, что говорить о их старых изменах, как они изменяли в давние времена отцам его, дедам и прадедам. В Новгород отправлен был посол с разметными грамотами, в Тверь — с просьбою о помощи, во Псков и Вятку — с приказом идти на новгородские владения. И прежде в летописях отражается нерасположение северо-восточного народонаселения к Новгороду: но теперь, при описании похода 1471 года, замечаем сильное ожесточение. «Неверные, — говорит летописец, — изначала не знают бога; а эти новгородцы столько лет были в христианстве и под конец начали отступать к латинству; великий князь пошел на них не как на христиан, но как на иноязычников и на отступников от православия; отступили они не только от своего государя — и от самого господа бога; как прежде прадед его, великий князь Димитрий, вооружился на безбожного Мамая, так и благоверный великий князь Иоанн пошел на этих отступников».
Первый отряд под начальством князя Даниила Дмитриевича Холмского и боярина Феодора Давыдовича в числе 10000 выступил в начале июня к Русе; за ним пошел отряд под начальством князя Оболенского-Стриги вместе с Даньяровыми татарами к Вышнему Волочку и потом по Мсте; трое братьев великокняжеских и князь Верейский двинулись с полками каждый из своей отчины. Все эти войска вступили разными дорогами в Новгородскую землю и начали страшно опустошать ее: воеводам велено было распустить ратников по многим местам — жечь, пленить и казнить без милости жителей за их неисправление к своему государю, великому князю. Сам Иоанн выступил 20 июня с главными силами и царевичем Даньяром. 23 пришел в Волок, 29 остановился в Торжке, куда явились к нему воеводы тверские со многими людьми, явились и послы псковские с объявлением, что Псков сложил крестное целование к Новгороду.
К московскому князю приходила помощь с разных сторон; Великому Новгороду не было помощи ниоткуда; король Казимир не трогался; даже князь Михаил Олелькович, услыхав о смерти брата своего, Семена, в Киеве, еще 15 марта уехал из Новгорода да на дороге пограбил Русу и от нее все места до самой границы; другого служилого князя своего, Рюриковича, князя Василия Шуйского-Гребенку, новгородцы отправили на защиту Заволочья; они послали просить помощи у Ордена, и магистр ливонский писал к Великому, что Орден должен помочь Новгороду, ибо если московский князь овладеет последним, то немцам будет грозить большая опасность. Но пока магистры пересылались, московский князь уже успел совершить опасное для них дело: передовые полки его под начальством князя Холмского сожгли Русу 23 июня и на берегу Ильменя, у Коростыни, побили отряд новгородцев, которые, приплыв озером, хотели нечаянно напасть на москвичей; но сзади, на реке Поле, явилась другая новгородская рать; московские воеводы побили и эту, возвратясь от Русы. Легко поверить новгородскому летописцу, что причиной неуспеха его земляков было раздвоение, господствовавшее в их городе: конная рать не пошла к пешей в срок на помощь, потому что полк владычний не хотел ударить на великокняжескую рать, говорил: «Владыка нам не велел на великого князя рук поднимать, он послал нас только на псковичей».
К псковичам в половине июня приехал московский посол понуждать их к немедленному походу. Они отослали складные грамоты в Новгород, а послу сказали: «Как только услышим великого князя в Новгородской земле, так и сядем на коней за своего государя». В Петров день приехал из Русы московский боярин Зиновьев и начал каждый день твердить псковичам: «Садитесь сейчас же со мною на коней, я к вам отпущен от великого князя, воеводой приехал». Зиновьев привел с собою сто человек дружины, и Пскову был большой убыток: много выходило корму на людей и на лошадей. И вот псковичи 10 июля тронулись в поход всем городом и пригородами под начальством сына своего князя-наместника, Василия Федоровича Шуйского, и четырнадцати посадников. Новгородцы, услыхав об этом и безопасные со стороны Холмского, отвлеченного к реке Поле, решили выступить против псковичей и стали собирать огромное войско. Но уже из самого способа, каким набиралось это войско, можно было предвидеть неудачу: приверженцы Литвы, затеявшие войну, силой выгнали в поход плотников, гончаров и других ремесленников, которые отроду и на лошадь не саживались; кто не хотел идти, тех грабили, били, бросали в Волхов. Таким образом набралось тысяч сорок войска и пошло под начальством степенного посадника Димитрия Борецкого по левому берегу Шелони навстречу псковичам; но не с ними оно встретилось. Великий князь 9 июля стоял у озера Коломны, недалеко от Вышнего Волочка, когда Холмской дал ему знать о битве на Поле и о своем движении к Демону; Иоанн немедленно же велел ему идти назад, к Шелони, для соединения с псковичами, а у Демона приказал стоять князю Верейскому. Холмской двинулся назад и 14 июля завидел полки новгородские, шедшие по той стороне Шелони; московские воеводы, несмотря на огромную разницу в числе войска (у них было немного более 4000, а у новгородцев — до 40000), решились вступить в битву: ратники их переправились через реку и ударили на новгородцев, которые не выдержали натиска и побежали; по новгородским же известиям, новгородцы прогнали москвичей за Шелонь, но западная рать татарская внезапно ударила на них и решила дело в пользу войск великокняжеских. Как бы то ни было, новгородцы потерпели страшное поражение, потеряли, по их счету, двенадцать тысяч убитыми и тысячу семьсот взятых в плен; в числе последних находился степенный посадник Борецкий вместе с другими воеводами; в обозе победители нашли и договорную грамоту новгородцев с Казимиром и отослали ее к великому князю.