Кончилось Никоново дело; но печальное впечатление, какое оно должно было произвести, подновилось делом коломенского архиепископа Иосифа. Этот архиерей позволял себе сердиться на то, что при общей земской тяжести от продолжительных войн подати падали и на церковные имущества. Станет Иосиф прохладен (навеселе) и не щадит никого: ни царя, ни патриарха, ни бояр, говорит про великого государя, что «не умеет в царстве никакой расправы сам собою чинить, люди им владеют; прежние государи святые места снабжали, а теперь разоряют, берут всякие подати лишние большие; а бояре, Хамов род, государь того и не знает, что они делают; а патриарх Иоаким мало и грамоте умеет; на соборе только и говорит нижегородский митрополит да я, а патриарх только бороду уставя сидит, ничего не знает, непостоянен, трус, прикажет благовестить то так, то иначе, а поучение станет читать, только гноит, и слушать нечего». Иосиф тронулся новым временем: позорит патриарха за невежество, за неуменье говорить на соборе, читать поучение. Но требовательный мудрец не понимал одного, что высшая мудрость для архиерея состояла в уменье самому привыкнуть и других приучить к христианскому обращению с ближними, заставлять дурного воеводу переменять свое обращение с подчиненными, а не самому превосходить жестокостями самого дурного воеводу: кого начнет смирять Иосиф, кричит: «Кто вас у меня отнимет? Не боюсь я никого, ни царь, ни патриарх вас у меня не отнимет». Виноватым наказанья были жестокие: били шелепами и плетьми, сажали на цепи, дня по три есть не давали; холодною водою со снегом за заутренею соборных попов и певчих знобили, водою поливали, снег за пазуху клали, какого-то Петрушу Кириллова сам архиерей на молебне в соборной церкви зашиб до крови; попов бил плетьми нагих и приговаривал: «Бей гораздо, мертвые наши!» Иосиф на соборе во всем заперся, на очных ставках против свидетельств никакого ответа не дал. Собор произнес низвержение; патриаршая грамота, перечисляя вины Иосифа, между прочим, говорит: «Зверским весьма образом и стремлением уловляше овцы во снедь своего зверообразного глощения, сиречь безмерного мздоимания и неправды. Ему же никоего же оправдания во своих винах нам изнесшу и от обличник своих во всем обличену и укорену бывшу и весьма яко нему и безгласну стояшу». Иосиф был сослан в один из новгородских монастырей, но с правом управлять им.
В ноябре 1674 года государь жил в Преображенском, вдруг приезжает к нему стольник Посников, сын его духовника, с челобитьем от отца; духовник писал, что патриарх Иоаким велел посадить его в смиренье на цепь безвинно, так чтоб великий государь изволил прийти в Москву и его из смиренья освободить. Можно догадываться, что весть о Конотопском или Чудновском поражении производила не более сильное впечатление на благочестивого царя. Он велел сказать духовнику, что будет в Москве завтра рано поутру нарочно; приехал, позвал самых близких к себе людей — Долгорукого, Хитрова, Матвеева, послал за патриархом; тот явился и «протопопово неистовство, невежество и мздоимство многое извещал: держит у себя жонку многое время, духовника патриаршего к себе не пустил и его, патриарха, бесчестил». Патриарх сердит, улики явные — жонка, от которой Иоаким уже успел отобрать показание. Царь с просьбами к патриарху, и тот умилостивился, оставил протопопа под запрещением до собора. Но скоро подошел патриарший праздник Петра митрополита (21 декабря); Иоаким по обычаю пришел во дворец звать государя к себе обедать; Алексей Михайлович воспользовался этим случаем и упросил патриарха простить духовника и не поднимать дела на соборе.
Такие явления происходили в Москве, в Коломне; но что могло происходить подальше, там, где было до бога высоко, до царя далеко? Из Тотемского уезда, например, дали знать, что там появились разбойники; в разбоях участвовал и грабежную рухлядь укрывал строитель Тафтенской пустыни старец Ферапонт.
Никон, Иосиф коломенский жаловались на разоренье; но общество не могло сочувствовать их жалобе, во-первых, потому, что терпели все за общее народное дело, терпели все от войны, начатой за православие; во-вторых, все знали, что архиереи не разорены. В 1653 году посыланы были государевы дворяне в патриаршую область описывать в городах и уездах приходские церкви и во дворах церковников, церковную землю и всякие усадьбы и прихожан по именам, и, описавши, окладывали данью: с попова двора по 4 деньги, с дьяконова по 2, дьячкова, пономарева, просвирницына и бобыльских по деньге; с боярских, княженецких, дворянских, детей боярских и государевых дворцовых или с прикащиковых по 6 денег с двора, с посадских и крестьянских по 4, с козачьих, стрелецких и пушкарских по 2, с бобыльских и боярских деловых людей по деньге; с бортных ухожаев, с рыбных ловель и бобровых гонов с знамени по 3 алтына с деньгою; с церковной земли с пашни с четверти по 3 деньги, с сенных покосов по две деньги с копны; да сверх этого окладу десятильничьих и заезду по 3 алтына по 2 деньги с церкви, да казенных платежных пошлин по 3 алтына по 3 деньги с церкви. И другие архиереи также окладывали для себя свои епархии. В пользу архиереев сбирались также венечные и похоронные пошлины. Наконец, были и другие вспоможения. Ростовский митрополит Иона писал одному ярославскому священнику: «Помози тебе бог, что ты нас кормишь волгскою свежею рыбою; богатее ты всех своих братьи ярославских попов». Во второй половине XVI века, при Иоанне Грозном, на соборе было постановлено прекратить дальнейшее увеличение монастырской земельной собственности. Но постановление не соблюдалось. При составлении Уложения все светские чины били челом, чтоб государь указал вотчинные земли, которые даны духовенству после 1580 года вопреки Уложению царя Иоанна, взять на себя и велеть раздать их служилым людям. Велено эти земли переписать, но на этом дело и остановилось: царь Алексей Михайлович, особенно в патриаршество Никона, не был способен провести такую меру, а был способен продолжать нарушение постановления царя Иоанна: так, в 1654 году он дал Иверскому монастырю, который строил Никон, целый пригород Холм.
Алексей Михайлович отступился также от меры относительно детей белого духовенства. Не все сыновья духовных лиц и церковных причетников могли получить места при церквах: кроме того, что их было больше, чем мест, для занятия этих мест требовалось необходимое условие — грамотность, которому не все могли удовлетворить; безграмотный не мог поступить и в подьячие; что же ему оставалось делать? Правительству давали знать, что эти без грамотные дети белого духовенства «живут в гуляках, ходят за неподобными промыслами и воровством». Чтобы найти им лучшее занятие в конце 1660 года, когда затянувшаяся война потребовала увеличения числа ратных людей, издан был указ о взятии на службу лишних людей священно— и церковнослужительских: брать от двоих третьего, от четырех двоих, смотря по людям; а у церквей с отцами оставлять тех, которые умеют грамоте, чтоб у церквей без пения не было. Но указ, как видно, произвел сильные жалобы. а жалобы духовенства производили на Алексея Михайловича сильное впечатление, и в начале следующего года новый указ: «Мы великий государь, протопопов, попов, дьяконов и всяких церковных причетников пожаловали, детей их в службу писать не велели а велели им быть у церквей божиих в церковных причетниках, а иным в добрых и законных промыслах. Чтобы они детей своих братью и племянников от всяких неподобных и воровских промыслов унимали, всякому доброму делу учили, чтоб они за воровством вперед не ходили, а которые захотят добровольно записываться в нашу службу, тем бы не запрещали».
Только Никон, Иосиф коломенский и подобные им могли жаловаться на разорение церковного имущества; его не разоряли; но понятно, что в тяжелое время, а таким было почти все время царствования Алексея Михайловича, монастырям и архиерейским домам, как всем и мирским владельцам движимого и недвижимого имущества, было тяжело. У монастырей не тронули недвижимого имущества, не ограничили его распространения; но уничтожены были тарханы, жалованные грамоты архиереям и монастырям на беспошлинные промыслы; у монастырей брали деньги на жалованье ратным людям. Так, в 1655 году царь писал в Тихвин монастырь: «Ведомо нам учинилось, что у вас в монастыре есть деньги многие, и мы указали взять у вас на жалованье ратным людям 10000 рублей; а в оскорбленье себе вы б того не ставили: как служба минется, мы те деньги велим вам отдать». Кроме того, правительство рассылало по монастырям тяжелораненых ратных людей; монастыри их кормили и одевали, наконец, престарелые служилые люди по царскому указу постригались без вклада, тогда как все другие должны были вносить вклад. Мирские люди заключали иногда с монастырями следующие любопытные записи: «Вложися в Тихвинский монастырь N. N., а вкладу дал мерин рыж за 10 рублев, да денег два рубли. И как он придет в монастырь к своему вкладу жить, и нам, игумену с братьею, его приняти и покоити, как и прочую братию, а не лучится ему у своего вкладу жити, пошлет бог по душу его, и нам его написати в литию и в синодик, в вечное поминовение».