«Водные шумы» не прекращались. В том же 1716 году рязанский дьячок Попов донес, что митрополит держал на своем архиерейском дворе Мазепина купчину, который умер, оставил пожитков на 100000 и больше, а Яворский об этом не объявил. Попов доносил также, что архиерейским жалованным людям в 1705 году велено давать половинное жалованье, а другую половину высылать в Монастырский приказ; но Яворский этой половины не отсылал, а взял себе в келью больше 6000 рублей; держит у себя на оброке посадских людей с тягла, дворовых и пришлых людей, и оброчных денег к великому государю не высылает; из крестьянства с тягла в подьячие, приставы и в другие всякие чины переводит; в 1715 году потаил дело в смертном убийстве и в винном куреньи игуменьи Марфы Пустынские; рукополагает Церковников в попы и в дьяконы, в том числе беглых и записных солдат, из крестьянства с тягла, из подьячих и пытанных воров, не умеющих грамоте и школьному учению, ставит по два и по три попа туда, где прежде столько не бывало; ставленнику становится поповство по 20, 30 и 40 рублей, а дьяконство — по 15 и 20; дает вдовым попам и дьяконам патрахильные и постихарные грамоты на всякий год по 4 рубля и больше, и от того освященный чин весь разорился без остатка. Во время дела о Мазепиных пожитках захваченный по подозрению малороссиянин Савостьян Кондратьев говорил: «Губернатор киевский князь Дм. Мих. Голицын святым печерским не верует, а верует еретичествующей бабе, которая ему волшебствует, и как ему уволшебствует, то он и поедет в Петербург явиться к царскому величеству; ту бабу князь поит и кормит, и держит та баба. у себя многое число кошек вместо сатаны».
Дело затянулось, а вслед за ним новые «водные шумы»: дело царевича Алексея. Петр сильно подозревал рязанского архиерея, который торжественно называл Алексея «единою надеждою»; но ничего преступного не оказалось. Стефан остался с прежним значением, но столкновения с царем не прекращались. В 1718 году Яворский получил указ приехать в Петербург; он думал, что пребывание будет временное, но 16 июля великий государь указал преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому, жить в С.-Петербурге, а при нем в первой очереди быть Игнатию, епископу суздальскому, а прочих архиереев из С.-Петербурга отпустить в свои епархии, а по прошествии первой чреды в С.-Петербург архиереям приезжать поочередно против того, как в Москву приезжали. Стефан, недовольный указом, подал царю пункты, на которые получил резкие ответы. 1) «Выехал я из Москвы, — писал Яворский, — на почтовых подводах, не взяв с собою ни ризницы, ни певчих, ни запасов никаких, ни платья, ни келейной рухляди, и для скорого выезда порядка никакого не учинил ни в соборной церкви, ни в приказах, ни в школах, ни в дому своем, чая скорого возвращения; ныне, скитаясь в Петербурге, живу в наемном дворе, далече от церкви и от воды, и в таком дворе, в котором зимою мне, немощному, отнюдь жить невозможно, и ожидаю милостивого отпуска, чтоб зимою совсем собраться и здесь жить вовсе, и о том что великий государь укажет?» Ответ: «О житье здешнем уже за три года сказано, и сам ваша милость на просухе хотел быть, как я с вами прощался на Москве, а зачем в три года не собрался и не распорядился, не знаю, ибо и более того делано, ездил на Украйну для освящения церкви». 2) «Было милостивое слово о дворе, и написано было ко мне рукою монаршескою: приезжай, а двор для тебя будет готов; сего милостивого обещания будет ли исполнение или нет?» Ответ: «Место готово, а построить самому можно, понеже всем архиереям определенное дается, а вам все, как было прежде, еще ж и Тамбовское епископство поддано». 3) «Во многих епархиях архиереев нет». Ответ: «Выбрать на пример и подать роспись; так же и впредь для таких избраний надлежит заранее добрых монахов сюда, в монастырь Невский, привезть, дабы здесь жили, чтоб таких не поставить, как тамбовский и ростовский были; а для лучшего впредь управления, мнится, быть удобно Духовной коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно».
В Петербурге Яворский должен был встретиться с человеком, против которого незадолго перед тем действовал как против еретика, встретить товарищем по архиерейству и в приближении у царя. Мы уже упоминали о префекте киевской академии Феофане Прокоповиче, о котором губернатор Голицын отзывался как о, единственном человеке из киевского духовенства, преданном правительству. Этот отзыв и блестящая предика, сказанная Феофаном по поводу «преславной виктории», остановили навсегда на нем внимание Петра, который взял его с собою в Прутский поход. Преобразователь нашел наконец между духовными человека с обширною ученостию, с блестящими дарованиями и вполне сочувствующего преобразованию, и понятно, что, чем сильнее становились столкновения царя с Яворским, тем более сближался он с Прокоповичем. Несмотря на все столкновения с блюстителем патриаршего престола, несмотря на то, что последний провозгласил его достойным отчуждения от церкви, Петр не удалял Стефана, за которым, в его глазах, были достоинства и заслуги. Говорят об уменье Петра отыскивать повсюду способных людей; но как бы ни было велико подобное уменье, все же оно одно недостаточно, потому что способных людей никогда очень много не бывает, и нужно еще другое уменье — уменье сохранять способных людей. Этим уменьем, требующим особенного нравственного величия, также обладал Петр, чему разительным примером служит его поведение относительно Яворского после знаменитой проповеди 17 марта 1712 года. Но если он хотел сохранить Стефана, то понятно, однако, что все сочувствие его обратилось к Феофану. На горизонте явилось новое светило; в Киеве сказана была предика, каких не слыхивали прежде в Москве; и в Москве не могли остаться равнодушными; здесь вследствие долгого управления Стефана его, естественно, окружали люди преданные, которых выгоды были тесно связаны с его выгодами. Что это там явился за человек, что за новый оратор? Приблизился к царю: должно быть, хочет далеко уйти! Молод: двадцатью Тремя годами моложе преосвященного Стефана. Осведомились очень подробно о новом ораторе, разобрали его сочинения и нашли, что еретичествует. А между тем Феофан уже говорит предики в Петербурге, скоро будет архиереем. Стефан внушает благочестивейшему государю, что Феофан «имеет препятие к великому архиерейскому сану, потому что в своем учении не согласен с православною церковию, заражен язвою кальвинскою». Феофан оправдывался; кому рассудить? Противники говорили, что Феофан заражен язвою кальвинскою; Феофан обличал их в католических стремлениях; он пользовался благоприятным временем — судом над царевичем Алексеем, раздражением Петра против архиереев, в которых он замечал сочувствие к царевичу — сочувствие, происходившее от вражды к делу преобразования. Феофан, громя в проповедях врагов царских, в то же время громил и собственных врагов. «Многие мыслят, — говорил он, — что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся; священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве. Дошло до того, что самые бездельные люди пустились в дело, и дело мерзкое и дерзкое; дрожди народа, души дешевые, люди, родившиеся только для поядения чужих трудов, и те восстают на государя своего, на Христа господня! Да вам, когда вы хлеб ядите, надобно было бы удивляться и говорить: откуда мне это».