12 февраля приехал Кисельников с челобитчиками в Москву. Чтение повинной и рассказы челобитчиков произвели такое сильное впечатление на боярина Головина, что он решился просить царя о безусловном помиловании. «Довольно говорил я с ними, — писал Головин Петру, — все кажутся верны и мужики добры. Изволь, государь, хотя себя понудить и показать к ним милость. А послать их к тебе надобно было непременно, понеже гораздо верно уверятся и во всяком страхе и послушании будут, а нам лучшие воры немного верят. Только и в нас не без воров бывало ». Произвела ли повинная и на Петра такое же впечатление, хотел ли он поскорее покончить на востоке, по затруднительности обстоятельств на западе, или, что всего вероятнее, оба побуждения действовали одинаково сильно, — только царь послушался совета Головина и отпустил челобитчиков с грамотою, в которой заключалось всепрощение. Но умные люди в Астрахани распорядились иначе. Мы видели, как они распорядились по получении первой царской грамоты, в которой обещалось помилование народу с условием выдачи заводчиков: об этом условии астраханцы промолчали, присягнули, положили наказывать тех, кто впредь затеет что-нибудь, и под видом повинной послали царю изложение причин восстания. Как принял царь эту повинную — они не знали, а между тем Шереметев приближался с войском, которого не было и трех тысяч, следовательно, можно было надеяться на удачное сопротивление; удача доставить союзников, и, как видно, у заводчиков почему-то не исчезла надежда на возможность похода к Москве.
Шереметев достиг Казани в конце 1705 года; здесь почему-то ему очень не понравилось. «Я в Казани живу, как в крымском полону, — писал он Головину, — не пишу к тебе ни о чем здешнем; желал бы я сам вас видеть; писал я к самому капитану (Петру), чтобы указал мне быть к себе; ныне подай помощи, чтобы меня взять к Москве». Зная хорошо своего фельдмаршала, тяжелость его на подъем и страсть бывать в Москве под каким бы то ни было предлогом, капитан послал к нему сержанта Щепотева с письмом (от 10 января): «Указ посылаю ныне к вам с сержантом господином Щепотевым, которому велено быть при вас на некоторое время, и, что он вам будет доносить, извольте чинить». Щепотеву был дан наказ: объявить фельдмаршалу, чтоб: «1) оставить в Казани Афанасия Дмитриева, да с ним конных 1000 человек из дворян, из иноземцев и из новокрещеных, да мурз 500 человек, поместных добрых, да пеших полк, который придет с Москвы, да Казанский полк 500 человек. 2) Самому с достальными со всеми идти, и конечно сим путем дойти до Саратова и стать в Саратове, расставить в удобных местах войско до весны; также полк послать (кроме низовцев) в Дмитриевской, другой на Царицын. 3) Самому как возможно совсем по весне рано идти до Царицына, чтоб за довольное время предварить воровской замысл. 4) Смотреть, чтоб все по указу исправлено было, и, буде за какими своими прихоти не станут делать, и станут, да медленно, говорить, и, буде не послушают, сказать, что о том писать будешь ко мне».
Головин писал Шереметеву: «Тебе, мой государь, конечно надлежит быть в Саратове, чтобы его величество не раздражать». Шереметев двинулся. Но Петр не ограничился одним этим движением и 1 февраля писал Головину, чтоб послать в Казань морскую команду, выбрать там 5 судов, поставить на них по 12 или по 8 пушек и тотчас по взломании льду сплыть к Царицыну и стать там на якорях выше разделения Ахтубского: суда эти, писал Петр, лучше 10000 войска могут воров вверх не пропустить; царь приказывал также, чтоб половина морских офицеров, посылаемых к Царицыну, умела по-русски; с Саратова жилых половину, пришлых всех выслать в Польшу; половину синбирян, сызранцев, дмитриевцев выслать и поставить на станции по замосковным городам.
Чтобы уничтожить или по крайней мере ослабить главную причину неудовольствия, Петр дал следующий указ доверенному человеку, казанскому вице-губернатору Никите Кудрявцеву: «Во всех низовых городах ведать податьми и сбирать, також и сымать оные или паки наложить ради нынешнего там смятения астраханского, и сие чинить, смотря по времени, месту и людям, и всячески тщиться, чтоб утешать, и ниоткуда для сборов податей указу ничьего не слушать, а что невозможно будет делать, об указе писать ко мне и в том тщиться с таким прилежанием, как богу и здешнему суду добрый ответ дать». Насчет черноярцев писал Головину: «Буде черноярцы с донскими козаками уговорятся в том, чтоб их вину простить, велеть уговаривать». На вопрос Щепотева: «Что доброе сделается на Черном Яру, что с ними делать?» — отвечал: «Кроме прощенья и по-старому быть, иного ничего; также и везде не дерзайте ни точию делом, ни словом жестоким к ним поступать под опасением живота».