Шумахер не дал никакого ответа, и профессора перенесли дело в Сенат, приложивши к своей просьбе и копию приведенного выше письма своего к Шумахеру. Сенат отвечал указом, что о следствиях учрежденной им ревизии до сих пор от Академии ему не репортовано, и потому приказали : при осмотре библиотеки и кунсткамеры быть и профессорам, подавшим жалобу, и о следствиях ревизии репортовать в Сенат чаще; относительно же дела, изложенного в профессорской жалобе, подать ответ немедленно. Шумахер отвечал, что прежний сенатский указ о ревизии был сообщен профессорам, они 4 сентября собрались в канцелярию академическую и по общему согласию назначили время для начатия ревизии. Асессор Мелисино в назначенный срок в канцелярию явился, но из профессоров не явился никто, а прислали за рукою определенного при конференции писца как бы в поругание канцелярии записку, что советник Шумахер оскорбил их, осмелившись вызвать их в канцелярию, которой они нимало не подчинены, что Щумахер обязан подавать в конференцию профессорскому корпусу присылаемые из Сената указы и прочие тому подобные непристойности. Вследствие чего канцелярия требует оборонить честь ее от таких ругательных поступков и самовольства профессоров и принудить их к надлежащему повиновению. Канцелярия доносила, что Мелисино начал немедленно производить ревизию с двумя адъюнктами, уже всю библиотеку пересмотрел, а теперь ожидает сенатского указа, при ком ему новые каталоги сличать со старыми, ибо профессора к этому сличению не являются.
Это дело довело раздражение с обеих сторон до высшей степени. 28 ноября 1745 года в Сенат явилась новая просьба профессоров: они требовали наказания Шумахеру за нанесенное им поругание доктору Гмелину, просили поручить управление Академиею профессорскому собранию, а Шумахера отрешить. Сенат с нетерпением ждал назначения президента в Академию, чтоб избавиться от этих тяжелых, неудоборешаемых для него дел. Наконец президент был назначен.
У фаворита Алексея Григорьевича Разумовского был младший брат Кирилла. Чтоб сделать молодого человека более достойным того положения, на которое фавор Елисаветы поднял малороссийских мужиков, чтоб дать ему возможность получить серьезное образование, чему в Петербурге было, как видно, много помехи, и дать брату даже средства затмевать и родовитых русских людей, граф Алексей решился отправить его за границу учиться. Молодой Кирилла получил перед отъездом от брата инструкцию, написанную, по всем вероятностям, известным Ададуровым, которого Алексей Григорьевич приблизил к себе как необходимого по своему образованию человека. В инструкции предписывалось: во-первых, крайнее попечение иметь о истинном и совершенном страхе божии, во всем поступать благочинно и благопристойно и веру православного греческого исповедания, в котором вы родились и воспитаны, непоколебимо и нерушимо содержать, удерживая себя при том от всяких продерзостей, праздности, невоздержания и прочих, честному и добронравному человеку неприличных поступков и пристрастий. А понеже главное и единое токмо намерение при сем вашем отправлении в чужестранные государства состоит в том, чтобы вы себя к вящей службе ее импер. величества по состоянию вашему способным учинили и фамилии бы вашей впредь собою и своими поступками принесли честь и порадование, того ради имеете вы о действительном исполнении оного намерения прилагать с своей стороны неусыпное попечение и оное за едино токмо средство всего вашего будущего благополучия признавать, оставя все другие рассуждения и пристрастия. Дабы вы, при сем уже довольно созревшем возрасте, пренебреженное поныне время своим прилежанием в учении наградить и оставшуюся еще, по вашим младым летам, в вас способность в собственную вашу пользу употребить могли, что к вашей рекомендации впредь тем наипаче служить имеет.
С Разумовским за границу в качестве наставника отправлен был адъюнкт Академии Григ. Никол. Теплов. Именным указом повелено было его для дальнейшего и совершенного обучения и усмотрения в чужестранных академиях установленных наилучших порядков и учреждений отправить в Виртембергское княжество в город Тубинг (Тюбинген), а оттуда в Париж, дабы он, возвратись после четырех или пяти лет, при здешней Академии Наук достойным профессором быть мог, и для того определить ему жалованье по 600 рублей на год. Это требование от Теплова, чтоб он присмотрелся к порядкам, существующим в чужестранных академиях, может обнаруживать намерение сделать Кириллу Разумовского президентом Академии, а Теплова помощником ему в этом звании. То же намерение обнаруживается и в долгом неназначении президента, несмотря на нудящую необходимость, выставляемую и самою Академиею, и Сенатом: кого-то ждали. В 1745 году Разумовский возвратился из-за границы и был пожалован в действительные камергеры, а 21 мая 1746 года назначен президентом Академии с жалованьем по 3000 рублей в год. 12 июня Разумовский в первый раз явился в Академию и обратился к профессорам с такими словами: «За необходимо вам объявить нахожу, что собрание ваше такие меры от первого нынешнего случая принять должны, которые бы не одну только славу, но и совершенную пользу в сем пространном государстве производить могли. Вы знаете, что слава одна не может быть столь велика и столь благородна, ежели к ней не присоединена польза. Сего ради Петр Великий как о славе, так и о пользе равномерное попечение имел, когда первое основание положил сей Академии, соединив оную с университетом». Профессор элоквенции Тредьяковский приветствовал нового президента: «Академия чрез ваше графское сиятельство, оживотворивши все свои члены и в здравие пришедши, как с одра тяжкие болезни восстала. Академия чрез вас, первую российскую свою главу, всеконечно изобрящет всегда действительный способ, дабы исполнить основателя своего намерение — множиться российскими членами, в российских твердо обращаемыми составах».
В речи нового президента было ясно высказано, что из двух целей, указанных Академии ее основателем, одна, именно университетская, учебная, не достигалась, мало было славы, что в Петербурге существует Академия Наук, что произведения ее членов с интересом читаются учеными Западной Европы; государство хотело еще пользы, хотело, чтоб Академия имела не один ученый, но и учебный характер, преимущественно соответствовавший потребностям тогдашней неразвитой России, хотело, чтоб она была университетом, где бы русские молодые люди знакомились с наукою. Таким образом, правительство устами назначенного им президента признавало справедливость упреков, делаемых Академии в продолжение пяти лет, оправдывало Нартова и Делиля с товарищи; разница была в том, что Нартов, Делиль и другие обличители академических беспорядков складывали всю вину их на одного человека, Шумахера, а теперь упрек правительства обращался не к канцелярии, не к ее советнику, а к профессорскому корпусу. Шумахеру как прежде пред комиссиею, так и теперь пред новым президентом легко было оправдаться и сложить всю вину на своих врагов — профессоров; конечно, он воспользовался обстоятельствами чрезвычайно для того благоприятными, выставлявшими его деятельность в светлом виде и бросавшими тень на действия профессоров. Укоряли Академию, что она выводит немцев, заграждает путь русским: но кто в этом виноват? Виднее всех по талантам русский профессор Ломоносов, но, в то время как он возвратился из-за границы и профессорская конференция неизвестно почему не хотела признать его прав, Шумахер назначил его адъюнктом. Шумахер присоветовал и почтенному Тредьяковскому обратиться прямо в Сенат с просьбою о профессуре, зная, что профессорская конференция никогда не согласится сделать его профессором; из иностранцев более других трудился для России Миллер, а кто вызвал и провел Миллера, несмотря на открытое сопротивление профессоров? Шумахер. Что ему платили за его благодеяния, за его старания в пользу России и русских черною неблагодарностью, — это его несчастье, но не вина.
Сенат спешил воспользоваться назначением президента в Академию, чтоб сдать ему все дела, все жалобы на Шумахера. Разумовский переслал в Сенат оправдания Шумахера и свое собственное мнение обо всем этом академическом деле, так долго беспокоившем Сенат. Ответы Шумахера на обвинения состояли в том, что канцелярия академическая выдумана не им, но Петр Великий в 1724 году пожаловал его секретарем Академии, а президент Блюментрост приказал ему набрать переводчиков, писцов и других служителей; если же он в небытность президентов один канцелярскими делами управлял и профессоров не допускал, то делал он так потому, что о допущении их к делам указа не имел. Шумахер не виноват в задержке жалованья: и в других командах это часто бывает. Профессорские требования канцелярия исполняла: так, Шумахер поданный Ломоносовым рисунок лаборатории из канцелярии в конференцию послал, требуя от профессоров об нем мнения, но они, приславши рисунок назад, объявили, что они об этом деле высшему месту представили, причем так и осталось; а если б профессора ломоносовский проект одобрили, то канцелярия Академии потребовала бы от Строительной канцелярии, чтоб та построила лабораторию. Он, Шумахер, в посторонние и неизвестные ему дела мешаться не привык; также не помнит, чтоб ему от честных и умных людей такие грубые и неосновательные нарекания когда были; не только студентам, но самим профессорам добрым и полезным советом с охотою служил, когда они его о том просили, а что гимназиею управлял и переводчикам приказывал книги переводить, то делал он по чину и званию своему. Другие умные люди никогда никаким упущением должности его, Шумахера, не упрекали: каталоги академическим книгам с такою возможною исправностью сделаны, что всеми посторонними людьми одобрены, а хотя в них некоторые малые погрешности быть и могут, однако профессора и сами признаться должны, что такое дело без частых поправок в надлежащее совершенство привесть нeвoзмoйжно. Так как в комиссии справедливые и разумные судьи заседали, то ей не в пользу советника Шумахера окончиться было невозможно: только советник от этого нимало не воагордился и профессорам никакой обиды не делал. Поданного профессором Миллером проекта для того Сенату не представил, что президенты Академии давно разные определения о российской истории сделали, которые Миллерову проекту противны, и для того он, Шумахер, Миллеру советовал этим делом обождать, пока президент определен будет. Что же на советника показано, что он сочиненной профессором Гмелиным книги о сибирских травах переписывать не велел, и то неправда! Гмелин сам представил для переписки информатора Германа, что по его представлению и сделано; но после того Гмелин в конференции ложно объявил, что так как Шумахер списывать не велит, то не прикажут ли профессора эту книгу Герману переписать; за такую ложь Шумахер Гмелина по справедливости плутом назвал. Советник Шумахер невиновен и в том, что великому князю Петру Федоровичу книгу в четверть листа посвятить был намерен, потому что не в форме или величине, но в доброте книги сила состоит: из этого можно явно видеть, с какою злостью профессора с ним, советником, обходились и такими неправдами облыгать старались. Главное намерение их было его от Академии отрешить, а правление ее к себе в руки взять.