Новый регламент не понравился ученым членам Академии: права канцелярии были подтверждены и, что всего более раздражало, этими правами пользовался по-прежнему Шумахер. Ломоносов так отзывается о новом уставе: «В его расположении и составлении никого, сколько известно, не было из академиков участника. Шумахер подлинно давал сочинителю советы, что из многих его духа признаков, а особливо из утверждения канцелярской великой власти, из выписывания иностранных профессоров, из отнятия надежды профессорам происходить высшие чины несомненно явствует. Многие жалели, что оный регламент и на других языках напечатан и подан случай к невыгодным рассуждениям о Академии и в других государствах». В конце 1747 года в Академии произошел пожар, сгорело здание, где находились библиотека и кунсткамера, но президент донес Сенату, что, сколько в скорости узнать было можно, все нужные вещи благополучно вынесены, только лежат в крайнем непорядке. Императрица велела под библиотеку и кунсткамеру отдать дом дворян Демидовых впредь до указа.
Ломоносов обвиняет (хотя не непосредственно) Шумахера в этом несчастье: «Для большего уважения канцелярии при такой перемене (регламента) надобно было и место просторнее; прежнее рассудилось быть узко и тесно. Таковых обстоятельств не пропускал Шумахер никогда, чтоб не воспользоваться каким-нибудь образом к утеснению своих соперников. И для того присоветовал перенести канцелярию в рисовальную и грыдоровальную палату, а рисовальное дело перебрать в механическую экспедицию, где имел заседание Нартов, который для сего принужден был очистить место, рушить свое заседание, а инструменты и мастеровые разведены по тесным углам. Сие же было причиною академического пожара, ибо во время сей перемены переведены были некоторые мастеровые люди в кунсткамерские палаты, в такие покои, где печи едва ли с начала сего здания были топлены и при переводе тогдашних мастеров либо худо поправлены, или совсем не осмотрены. Сказывают, что близ трубы лежало бревно, кое от топления загорелось. Разные были о сем пожаре рассуждения, говорено и о Герострате; но следствия не произвелено никакого. А сторож тех покоев пропал безызвестно, о коем и не было надлежащего иску. Погорело в Академии кроме немалого числа книг и вещей анатомических вся галерея с сибирскими и китайскими вещами, астрономическая обсерватория с инструментами, готторпский большой глобус, оптическая камера со всеми инструментами и старая канцелярия с оставшимися в ней старыми делами. Однако повреждение двору и публике показано весьма малое, и о большом глобусе объявлено, что он только повредился, невзирая на то что оного в целости ничего не осталось, кроме старой его двери. Для лучшего уверения о малом вреде от пожару в Ведомостях описано хождение по кунсткамере некоего странствующего мальтийского кавалера Загромозы, в коем именованы оставшиеся в целости вещи, кои он, Загромоза, видел. Но если б и то объявлено в тех же Ведомостях было, чего уже он в кунсткамере не видал, то бы едва ли меньший реестр из того вышел».
В самое смутное для Академии Наук время, именно в конце 1743 года, Сенат потребовал от нее известия — для надзирания при сочинении истории Петра Великого из ученых достаточный к тому человек имеется ль и кто именно? Академия донесла, что «при ней имеются переводчик Иван Горлицкий, секретарь Василий Тредьяковский и уповательно, что оные в том надзирании способными себя учинить могут». Нашелся в это время для Петра историк незваный и непрошеный. В 1746 году Делиль заявил в профессорской конференции о желании Вольтера быть избранным в почетные члены Петербургской Академии, и желание было исполнено, а в следующем году новый почетный член стал хлопотать чрез Дальона и Разумовского, чтоб ему было поручено писать историю Петра Великого.
Мы видели, что на обязанности Академии Наук лежал перевод и издание нужных для России книг. В конце 1746 года канцелярия Академии Наук донесла Сенату, что переведенная с французского капитаном поручиком Ремезовым Вобанова книга «Об атаке и обороне крепостей» напечатана академическим иждивением, а Ремезову выдано за труд 300 рублей и велено те книги пустить в вольную продажу, но до сих пор и 50 книг не продано, потому что они нужны только людям, занимающимся фортификациею и инженерством, для которых она и напечатана, а хотя о взятии этих книг канцелярия Академии не раз просила письменно артиллерийских командиров, однако до сих пор не берут, и Вобанова книга лежит понапрасну, а употреблено на нее 3560 рублей казенных денег. Прежде в артиллерии напечатаны «Артиллерийския записки С. Реми», за которые артиллерия в Академию деньги заплатила, а книги раздала офицерам в жалованье. На этом основании канцелярия Академии просила, чтоб велено было Вобановы книги взять в артиллерию и раздать артиллерийским и инженерным офицерам как принадлежащие к их занятиям, а следующие в Академию деньги заплатить: этим академические служители, терпящие нужду от неполучения вовремя жалованья, могли бы быть удовольствованы. Сенат согласился. Потом канцелярия Академии донесла Сенату, что секретарь ее Волчков перевел с немецкого и французского на русский язык в разные годы три нравоучительные книги: 1) Наука счастливым быть; 2) Язык; 3) Житие и дела римского консула Цицерона с тремя частями о должности человеческой, и за то его должно наградить, и так как за перевод книги «Об атаке и обороне крепостей» выдано поручику Ремезову 300 рублей, да от Академии Наук за корректурный труд этой книги дано ему 46 экземпляров, да он же. Ремезов, переменен чином, то, по мнению канцелярии, секретарь Волчков против Ремезова большого награждения достоин.
В начале 1748 года Академия объявила: «Понеже многие и российских как дворян, так и других разных чинов людей находятся искусны в чужестранных языках: того ради по указу ее и. в-ства канцелярия Академии Наук чрез сие охотникам объявляет, ежели кто пожелает какую книгу перевесть с латинского, французского, немецкого, итальянского, английского или других каких языков, то б явились в канцелярию Академии Наук с тем намерением, что от них сперва будут пробы взяты их переводов, а потом буде найдется их искусство довольно к переводу книг, то дана будет книга для переводу, а как скоро оная будет переведена и, переписав начисто, принесена в канцелярию, то за труды оному, по напечатании с его именем, ежели он пожелает, выдано ему будет в подарок сто печатных экземпляров той же книги».
Сенат прислал в Академию поручика Быкова, как знающего китайский язык. Академия донесла, что Быков в манжурском языке искусен и учеников обучать может, но по-китайски может только говорить в просторечии о всяких делах; за великим множеством китайских литер всего вытвердить не мог, поэтому и в переводах будет недостаточен и учеников ему выучить невозможно, а так как при Академии находится с 1741 года прапорщик Рассохин, который китайский и манжурский языки довольно знает, переводить и учеников учить в состоянии, ученики же надобны такие, которые в латинском и французском языках хорошее начало имели, следовательно, двоим учителям при Академии быть не для чего. На основании этого донесения Быкова велено представить к другим делам.
В заключение приведем объявления от академической книжной лавки, из которых видно, какими книгами и за какую цену снабжались читающие русские люди. Публиковалась книга Марка Аврелия по 1 рублю; Истинная Политика с Катоновыми стихами по 35 коп.; Апофегмата — по 25 коп.; Юности честное зерцало — по 15 коп.; Троянская история — по 50 коп.; География русская и немецкая — по 60 коп.; Основательные примечания на манифест прусского короля против курсаксонского двора — по 30 коп.; Похождение Телемака сына Улиссова — по 1 р. 50 коп.