Между братством, получившим такие права, и между епископом Гедеоном, ревнивым к своей власти, тотчас же начались столкновения; дело дошло до константинопольского патриарха Иеремии, тот взял сторону братства и в ноябре 1587 года писал Гедеону: «Мы судили, истинно испытали и нашли в тебе убийцу и ненавистника добру; не смей ничего говорить против Львовского братства, на котором бог почивает и славится, и если услышим, что ты возбраняешь дела благия, то будешь отлучен, а потом и другому церковному наказанию подвергнешься». Это грозное послание понудило Гедеона стать на точку зрения Скарги, убедиться, как вредно вмешательство мирян в дела церковные, убедиться, что уния с господствующею церковию освободит владык от унижения мирской цензуры; он сблизился с католическим львовским епископом и в 1588 году изъявил ему желание принять унию.
В таком состоянии находилась западнорусская церковь, когда в 1589 году посетил ее константинопольский патриарх Иеремия, возвращавшийся из Москвы. Мирские люди не замедлили подать ему сильные жалобы на церковные беспорядки, виною которых были епископы порочные и нерадивые. К числу последних принадлежал главный пастырь, митрополит киевский, Онисифор Девочка, к которому в 1585 году православные галицкие дворяне прислали с сейма следующую любопытную грамоту: «Великому несчастью своему приписать должны мы то, что во время вашего пастырства все мы страшно утеснены, плачем и скитаемся, как овцы, пастыря неимущие. Хотя вашу милость старшим своим имеем, однако ваша милость не заботитесь о том, чтоб словесных овец своих от губительных волков оборонять, нисколько не заботитесь о благочестии. С жалобою на великие несправедливости, нам сделанные, мы приехали на сейм в Варшаву, в надежде на ваше обещание явиться туда же, чтоб вместе бить челом королю, защищать права и вольности закона нашего греческого. Но ваша милость не хотите исполнять своих обязанностей, не хотите быть деятельным при таких великих бедах, больше которых не было и не будет. Во время вашего пастырства вдоволь всякого зла в законе нашем сталось, насилия святыни, замыканье св. таин, запечатание церквей святых, запрещение звонить, выволакивание от престола из церквей божиих попов как злодеев, запрещение мирским людям молиться в церквах: таких насилий не делается и под ногайскими царями, и все это делается в пастырстве вашей милости. Но этого мало: рубят кресты святые, захватывают колокола в замок, отдают их в распоряжение жидам, а ваша милость листы свои открытые против церкви божией жидам на помогу даешь. Из церквей делаются костелы иезуитские, имения, церкви божией данные, теперь к костелам привернуты. В монастырях честных, вместо игуменов и братьи, игумены с женами и детьми живут и церквами святыми владеют; из больших крестов маленькие делают; что было дано к божией чести и хвале, из того святотатство сделано: из вещей церковных делают себе пояса, ложки и сосуды, из риз саяны, из епитрахилей брамы. Но, что еще хуже, ваша милость поставляешь один епископов без свидетелей и без нас, братьи своей, что и правила запрещают, вследствие чего негодные люди становятся епископами и на столицах с женами своими живут без всякого стыда и детей родят. И других, и других, и других бед великих и нестроения множество! Наставилось епископов много, на одну епархию по два: от того и порядок згиб. Мы по обязанности своей вашу милость остерегаем, молим и просим: бога ради, вспомни святых предшественников своих, архиепископов киевских, и возревнуй благочестию их, а на нас не прогневайся: жаль нам души и совести вашей, за все ответ господу богу должны вы отдать».
Онисифор, по приезде Иеремии, должен был оставить митрополию, и на место его патриарх поставил в митрополиты известного уже нам архимандрита минского Михаила Рагозу, по представлению христианства, т. е. всех православных Западной России. Любопытно, что при посвящении Михаила Иеремия произнес следующие многозначительные слова, обращаясь к окружавшей знати: «Если он достоин, то по вашему глаголу буди достоин, если же недостоин, а вы его достойным выставляете, то я чист, вы узрите». Из этих слов ясно видно все значение мирских людей при избрании Рагозы, причем патриарх выделил совершенно свою волю; мирские люди представили ему незначительного, ему вовсе неизвестного архимандрита, и патриарх уступил их желанию, снявши с себя всю ответственность. Вглядываясь внимательнее в характер и поведение Рагозы, можно понять, почему выбор мирских людей пал на него: в новом митрополите мирские люди искали именно такого пастыря, который не был бы похож на тогдашних западнорусских епископов, не похожих вообще на епископов. Михаил был человек благочестивый, скромный, сравнительно безукоризненной нравственности, далекий от дел насилия, но, к сожалению, с этими достоинствами частного человека, монаха и епископа Михаил не соединял других достоинств, необходимых для западнорусской церкви в то бурное время: не соединял твердости и энергии, был слаб, боязлив, вследствие чего должен был играть такую жалкую, двоедушную роль во время дела об унии.
Как бы то ни было, Михаил был избранник мирских людей и потому должен был держать их сторону, сторону братств. Патриарх действовал в том же смысле. В Вильне 1589 года он издал окружную грамоту епископам о низвержении из сана священников двоеженцев и троеженцев, с выговором, что пинский епископ Леонтий утаил таких в своей епархии. В грамоте этой патриарх говорит, что он слышал от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сам глазами своими видел, как позволялось священнодействовать двоеженцам и троеженцам. Тогда же Иеремия благословил учредить братство в Вильне у церкви св. Троицы, которое обязывалось раздавать милостыню по госпиталям, тюрьмам и нищим по улицам два раза в год – на Светлое воскресенье и на Рождество Христово; обязывалось в школе даром учить детей братских и других убогих сирот языкам: русскому, греческому, латинскому и польскому; для науки школьной содержать людей ученых, печатать книги церковные и школьные на языках греческом, славянском, русском и польском. Иеремия же подтвердил прежние постановления и права Львовского братства, а также и новые: 1) Не быть другому общественному училищу во Львове, кроме училища братского, в нем одном учить православных детей священному писанию, славянскому и греческому языкам. 2) Братство имеет право печатать не только церковные книги: часословы, псалтири, апостолы, минеи, триоди, требники, синаксари, евангелия, метафрасты, торжественники, хроники или летописцы и прочие богословские книги, но и другие нужные для училища, именно грамматику, пиитику, риторику и философию. 3) Священника, избранного братством к церкви Успения, епископы львовские должны благословлять без всякой отговорки и противоречия; братство же и удаляет от должности священника, если он станет жить неприлично.
Но, согласившись на поставление Рагозы по представлению мирских людей, Иеремия, спустя немного времени, в знак ласки и благоволения своего, дал старшинство над всеми епископами, экзаршество – должность, старшую в духовных делах, – епископу луцкому, Кириллу Терлецкому, видя в нем мужа искусного, ловкого и ученого. Экзаршество, или наместничество патриаршее, состояло в том, что Терлецкий имел право исправлять всех епископов, блюсти за порядком между ними, негодных извергать. Что побудило Иеремию на установление такой важной должности подле митрополичьей, отнять у митрополита почти все значение и передать епископу луцкому? Успел ли Терлецкий разными средствами подбиться к патриарху, представить ему неспособность Рагозы, опасную силу мирских людей, выразившуюся при назначении Михаила, свою собственную обиду при этом? Действительно ли патриарх, признавая неспособность Михаила в такое опасное и бурное время, спешил облечь властию своего наместника – человека более ловкого и деятельного? А быть может, и сами мирские люди, знатные паны, видя, что обидели Терлецкого, обойдя его митрополией и не желая лишиться помощи такого деятельного и ученого человека, содействовали или, по крайней мере, нисколько не мешали назначению его экзархом? Источники не отвечают на эти вопросы, и потому, оставя все предположения в стороне, заметим одно, что назначение Терлецкого экзархом было странно и вредно.