Смуты начались еще прежде, чем патриарх успел выехать из пределов Западной России. Терлецкий наговаривал патриарху на других епископов, Мелетий владимирский уличал Терлецкого в насильственном поступке с посланцем патриаршим; Иеремия послал сказать митрополиту, чтобы созвал собор для решения этих дел и заплатил ему, патриарху, пятнадцать тысяч аспр (250 талеров) за поставление, ибо если бы Рагоза должен был за этим поставлением ехать в Константинополь, то дороже бы ему стало; митрополит, недовольный патриархом, который поставил его митрополитом, давши всю власть другому, подчиненному епископу, отвечал посланному: «Не обязан я ничего давать патриарху, и собора теперь созвать не могу». Митрополит был недоволен учреждением экзархата в пользу Терлецкого; Терлецкий был недоволен тем, что, несмотря на звание экзарха, не пользовался полною доверенностью патриарха, который велел созвать на него собор; Гедеон Балабан львовский был сильно недоволен тем, что патриарх подтвердил права ненавистного ему братства; тем же самым должны были быть недовольны все вообще епископы, которых ставили под цензуру мирских людей. Между привилегированным Братством Успенским во Львове и другими – непривилегированными, меньшими братствами встала рознь: в 1590 году четверо граждан львовских с другими потаковниками своими, принадлежа к братствам Никольскому, Федоровскому и Богоявленскому, соединились с епископом Гедеоном и стали вооружаться против Успенского братства и его школы, уговаривая многих не посещать ее. Митрополит Михаил, заступаясь за Успенское братство, отлучил их от церкви.
В таком положении находились дела, когда в июне 1590 года созван был собор в Бресте, на котором присутствовали митрополит Михаил, Мелетий Хребтович, епископ владимирский, Кирилл Терлецкий, епископ луцкий, Леонтий Пельчинский – пинский, Дионисий Збируйский – холмский, Гедеон Балабан – львовский; были приглашены также Адам Потей, каштелян брестский, и все крилошане соборные. Отцы рассуждали о великих притеснениях, которым подвергается православная церковь, о великом нестроении в духовенстве, о разврате, несогласиях, непослушании и бесчинствах между некоторыми христианами. Для предотвращения подобного нестроения и своевольств, для установления порядка, для рассуждения о школах, науках, госпиталях и других благочестивых делах отцы постановили собираться ежегодно в Бресте Литовском в июне 24 числа; кто не явится на собор, должен заплатить 50 коп грошей литовских на общие потребы духовные; кто поставит причиною отлучки болезнь, тот, приехавши на собор следующего года, должен присягнуть, что действительно был болен; если же кто и на другой год не приедет и присяги не даст, тот будет лишен епископии. Архиереи обязались привозить на собор всех архимандритов, игуменов, протопопов и других пресвитеров, в св. писании знающих; обязались не позволять, чтоб простые люди держали монастыри; обязались не вступаться в чужие епархии, не ставить недостойных пресвитеров под пенею ста коп грошей литовских; кто же не заплатит, тот подпадает проклятию. На соборе явилось семеро депутатов Львовского братства (из них двое греков) с жалобою на епископа Гедеона, который не исполняет постановлений патриарших относительно братств Львовского и Рогатинского, уже после уговора и примирения своего с ними. На эти жалобы Гедеон отвечал одно: «Братство не хочет воздавать мне надлежащей епископской чести, потому я и сержусь на него». Но собор решил дело в пользу братства: так как Гедеон никогда не соглашался благословлять священников для братства, почему церковь братская бывала без службы к соблазну христианам, то братство передано в непосредственную зависимость киевского митрополита, который и благословляет священников братских, братством избранных.
После собора Кирилл Терлецкий занемог и поехал в Сендомир лечиться; потом пришла весть, что он при смерти. Тогда один из урядников замковых острожских, Боровицкий, по давнему обычаю, вошел в дом епископа и захватил его пожитки. Но Терлецкий выздоровел и, возвратясь из Сендомира, обратился с жалобою к князю Острожскому в надежде на большую любовь этого вельможи к себе. Но Боровицкий пользовался также сильным расположением князя, вследствие чего успешно защищался, и когда Терлецкий уехал из Острога, то Боровицкий стал обносить его перед князем и так успел очернить Кирилла, что князь вместо прежней любви стал оказывать презрение к нему. Легко понять теперь положение луцкого епископа, разладившего с самым могущественным вельможею своей епархии и столпом православия! С одной стороны, разлад с своими в лице самого сильного из своих, с другой – поднимается ожесточенное преследование от чужих. Секретарь королевский Мартын Броневский напал с толпою вооруженных людей на церковное владение Фалимичи, завладел церковным и епископским имением; староста луцкий, Александр Семашко, сделавшийся из православных католиком, наложил подать за вход в соборную луцкую церковь; в апреле 1591 года, в Страстную субботу и Светлое воскресенье, Семашко велел впустить в замок, где находилась церковь, только одного епископа с слугою, без духовенства, почему в соборной церкви не было в эти дни богослужения, а епископ два дня не пил и не ел, между тем как пьяный Семашко в притворах соборной церкви заводил танцы и игры и приказывал гайдукам своим стрелять в купол и крест церковный.
В июне, по приговору, епископы съехались на собор в Брест, определили жаловаться королю, что урядники и землевладельцы Великого княжества Литовского вступаются в дела духовные, судят священников, разводят браки. Но Терлецкий с некоторыми товарищами решился избавиться от всех бед, грозящих как от своих, так и от чужих, прямым средством, на которое давно уже было указано иезуитами – униею. Король Сигизмунд получил следующую грамоту: «Мы, нижеподписавшиеся епископы, желаем признавать пастырем нашим и главою наместника св. Петра святейшего папу римского, от чего ожидаем великого умножения хвалы божией в церкви его святой; но, желая быть в повиновении у святейшего отца папы, мы желаем, чтоб оставлены были нам все церемонии, службы и порядки, какие издавна церковь наша св. восточная держит, и чтобы его королевская милость вольности нам грамотами обеспечил, и артикулы, которые нами будут поданы, утвердил; а мы обязуемся быть под властию и благословением отца папы, и лист этот с подписью наших собственных рук и приложением печатей дали мы брату нашему старшему, отцу Кириллу Терлецкому, экзарху и епископу луцкому и острожскому. Подписали: Кирилл луцкий, Гедеон львовский, Леонтий пинский и Дионисий холмский».
Только в январе 1592 года король отвечал на жалобу митрополита запрещением светским лицам вмешиваться в дела духовные, и только 18 марта написан был привилей королевский согласным на унию епископам: «Мы, господарь, им самим, епископам, пресвитерам и всему духовенству церкви восточной и религии греческой обещаемся сами за себя и за потомков наших, что если бы кто-нибудь из патриархов и митрополитов наложил на них клятву, то эта клятва им и всему духовенству их ни в чем не будет вредить; обещаем ни по каким обвинениям и клятвам не отнимать у них епархий и другим при жизни их не отдавать; обещаем приумножить к ним ласку нашу, придавая им и каждому, кто склонится к унии, свобод и вольностей в той же мере, в какой имеют их и римские духовные, что обещаем и другими привилеями нашими утвердить». В это время между православными еще ничего не было известно о замысле Терлецкого с товарищами; по крайней мере Львовское братство, продолжая борьбу с своим епископом, в грамоте к патриарху от 6 февраля 1592 года еще ничего не говорит об этом. В этой грамоте братство пишет: «Беспрестанными бедами томит нас Гедеон, епископ львовский, людей разделил и на братство наше вооружил, приказал всем под клятвою отвращаться от нас; монастырь св. Онуфрия, ставропигион наш ктиторский, под благословением митрополита находящийся, пограбил, игумена обесчестил. На соборе показали мы грамоту вашей святыни об этом монастыре и священнике нашего братского храма, которого архиепископ (т. е. митрополит Михаил) под благословение свое принял, а епископ проклинает. Мы жаловались на епископа на соборе, но бесчинного ради собора не было о том суда, на будущий собор отложили. Архиепископ с епископами утвердили, чтобы вперед священники братств Львовского и Виленского были под благословением архиепископским и под защитою всего собора, но епископ, по древнему своему противлению, и теперь противится, и всюду между всяких чинов людьми клевещет, что мы не можем ни церкви строить, ни школы заводить. Поэтому отпустили мы дидаскалов (учителей) Кирилла в Вильну, Лаврентия в Брест, другие по иным местам разошлись, а Стефан здесь живет; священники лучшие, ради гонения епископского, разошлись в иные страны, а двоеженцы водворились везде. Епископы холмский и пинский с женами живут и, видя это, двоеженцы смело литургисают. Сильно смущается церковь и вспять возвращается; люди знатные, в различные ереси впадшие, хотевшие прежде возвратиться к своему правоверию, теперь не хотят; хулят церковное бесчиние, и все люди единогласно вопиют: „Если не устроится церковь, то вконец разойдемся, отступим под римское послушание и будем жить в покое безмятежном“. Некоторые неправду сказали твоему святительству, будто у нас есть люди, не почитающие св. икон: нет таких ни в братстве нашем, ни в целом городе. Дело вот как было: когда архиепископ наш (Михаил) был здесь в Галиции, то в городе Рогатине нашел икону: вместо Спасова образа написан бог отец с сединами; то же и в Галиче. Архиепископ велел эту икону вынести из церкви и написать Спасово изображение. Но Гедеон, епископ львовский, по уходе архиепископа, велел в Галиче икону невидимого бога отца в церкви выше всех икон поставить, и подписал имя иконе: „Ветхий денми“, и, уча народ, обвинял архиепископа в иконоборстве. На Воскресение Христово какой-то хлеб, называемый пасха, по старому еретичеству приказывает освящать; пятницу празднуют, и на другой день Рождества Христова пироги приносят в унижение богородицы (так называемый полог богородицы, по нашему на зубок). Все это велит епископ по старому держать и не соблазняться прещениями твоего святительства. Сообщаем твоему святительству и радостные вести: в Вильне братство размножается. Федор Скумин (Тышкевич), воевода новгородский, и пан Богдан Сапега, воевода минский, со многими чиновными людьми вступили в братство церковное и утвердили единство свое с братством Львовским, дабы вместе промышлять об общей пользе. Кроме того, пан Адам Потей, каштелян брестский, сенатор королевский, заложил в Бресте чин братства Львовского».