Но эти увещания не действовали. Мефодий писал Брюховецкому: «Ради бога, не оплошайся. Как вижу, дело идет не о ремешке, а о целой коже нашей. Чаять того, что честной Нащокин к тому привел и приводит, чтобы вас с нами, взяв за шею, выдать ляхам. Почему знать, не на том ли и присягнули друг другу: много знаков, что об нас торгуются. Лучше бы нас не манили, чем так с нами коварно поступать! В великом остерегательстве живи, а запорожцев всячески ласкай; сколько их вышло, ими укрепляйся, да и города порубежные людьми своими досмотри, чтобы Москва больше не засела. Мой такой совет, потому что утопающий и за бритву хватается: не послать ли тебе пана Дворецкого для какого-нибудь воинского дела к царскому величеству? Чтобы он сошелся с Нащокиным, выведал что-нибудь от него и дал тебе знать; у него и своя беда: оболган Шереметом и сильно жалуется на свое бесчестие. Недобрый знак, что Шеремет самых бездельных ляхов любовно принимает и их потчивает, а козаков, хотя бы какие честные люди, за лядских собак не почитает и похваляется на них, да и с Дорошенком ссылается! Бог весть, то все не нам ли назло? Надобно тебе очень осторожну быть и к Нащокину не выезжать, хотя бы и манил тебя. Мне своя отчизна мила: сохрани бог, как возьмут нас за шею и отдадут ляхам или в Москву поведут. Лучше смерть, нежели зол живот. Будь осторожен, чтобы и тебя, как покойного Барабаша, в казенную телегу замкнув, вместо подарка ляхам не отослали!»
Брюховецкий не ограничился одною осторожностию: он прямо изменил, прямо поднял восстание против царя. Но неужели Мефодий так умел передать свое раздражение, свои опасения Брюховецкому, что тот по одним внушениям епископа решился сделать это? Нет сомнения, что Мефодий своими внушениями приготовил гетмана к измене, но окончательно Брюховецкий решился на нее по другим, более сильным побуждениям. Мы видели, какие замыслы питались на западном берегу Днепра, в Чигирине: Дорошенко хотел быть гетманом обеих сторон Днепра, Тукальский – митрополитом киевским и всей Малороссии. Тукальский был не прочь достигнуть своей цели и с помощию Москвы, и Дорошенко готов был называться гетманом царского величества, но старый соумышленник Выговского не хотел быть гетманом на условиях Брюховецкого, а других условий теперь трудно было получить от Москвы. И вот Дорошенко и Тукальский находят средство оторвать восточный берег Днепра от Москвы с помощию самого Брюховецкого. Тукальский завел переписку с последним, стал его обнадеживать, что Дорошенко уступит ему свою булаву и таким образом будет он, Брюховецкий, гетманом обеих сторон Днепра, но прежде всего он должен выжить из Украйны воевод московских, отложиться от царя и отдаться под покровительство султана. Сам Дорошенко писал, что царь прислал к нему Тяпкина с призывом на гетманство восточной стороны Днепра. Брюховецкий не преодолел искушения, тем более что внушения Мефодия уже сделали свое дело: Брюховецкий, потакая Москве, возбудил против себя ненависть в козачестве, но какого добра ждать от Москвы? Об этом знает епископ Мефодий, об этом знает бунчужный; надобно выйти из тяжелого положения между двумя огнями, между ненавистию козацкою и замыслами московскими – и средство готово: поднявшись против Москвы, против воевод царских, Брюховецкий приобретал расположение козаков, Дорошенко откажется от гетманства, и Иван Мартынович засядет в столице Богдана Хмельницкого.
И вот гетман шлет за полковниками, зовет их на тайную раду; в Гадяч съехались: нежинский полковник Артема Мартынов, возведенный на место сверженного Брюховецким Гвинтовки, черниговский Иван Самойлович (будущий гетман), полтавский Костя Кублицкий, переяславский Дмитрий Райча, миргородский Грицко Апостоленко, прилуцкий Лазарь Горленко, киевский Василий Дворецкий. Была рада о том, какими мерами дело начать, как выживать Москву из малороссийских городов? Сначала полковники слушали Брюховецкого подозрительно, думали, что он этими словами искушает их; Брюховецкий заметил это и поцеловал крест, и полковники ему поцеловали.
Уже в конце 1667 года между козаками пущена была весть, что Брюховецкий больше не нижайшая подножка царского престола, и волнения начались. В Батуринском и Батманском уездах козаки Переяславского полка начали разорять крестьян, бить их, мучить, править деньги и всякие поборы, вследствие чего уездные люди перестали давать деньги и хлеб в казну царскую. В январе 1668 года в Миргороде многие мещане записались в козаки и отказались платить подати в казну; приехал челядник Брюховецкого и запретил мельникам давать в казну хлеб. В Соснице нечего было взять с мещан и крестьян, которые от козацкого разоренья или разбрелись, или сами записались в козаки. То же самое произошло в Козелецком уезде. В Прилуках в большом городе стояла на площади вестовая пушка: полковой есаул велел пушку взять и поставить в проезжих воротах, и когда воевода прислал солдат взять пушку в верхний городок, то есаул бил солдат и пушки не дал. «Мы и из верхнего городка все пушки вывезем!» – кричал он. По его же наущению все мещане и поселяне перестали платить подати, и сборщикам нельзя стало появляться в уездах: им грозили смертию; козаки грабили мещан-откупщиков, резали им бороды и прямо говорили мещанам: «Будьте с нами, а не будете, то вам, воеводе и русским людям, жить всего до Масляницы». В Нежине откупщики были не из мещан, и тем сильнее сердились на них последние; но здешние мещане, довольные воеводою Ржевским, действовали законным путем, послали челобитчиков в Москву, чтоб государь хотя на один год льготою их пожаловал для уплаты долгов. «На арендовый откуп даны были грамоты самому городу, а теперь стрелец отпускает из наддачи, чиня великую обиду оплаканному месту; утвержденные грамотами доходы на ратушу: весчее, померное, с продажи лошадей, дегтярная торговля, табак и мельницы Авдеевские – все эти доходы стрелец Спицын с великою налогою выдирает. По жалованной грамоте, в случае большой неправды в суде, указано не звать магистрата к боярину и воеводе, но звать в Москву; а теперь киевский приказ все это разорил».