Дон не тронулся на призыв Брюховецкого, ибо, к счастию для Москвы, силы голутьбы с господином Стенькою были отвлечены на восток; но козачество Малороссийской Украйны поднялось против государевых ратных людей. Еще 25 января черниговский полковник Иван Самойлович (будущий гетман) с козаками и мещанами осадил в малом городе царского воеводу Андрея Толстого, покопав кругом шанцы. 1 февраля к Толстому явился священник с предложением от Самойловича выйти из города, потому что гетман Брюховецкий со всею Украйною отложился от государя, присягнул хану крымскому и Дорошенку. В ответ Толстой сделал вылазку, зажег большой город, побил много осаждающих и взял знамя. 16 февраля воеводе подали грамоту от самого гетмана Боярин и гетман царского величества писал приятелю своему Толстому, что все верное Войско Запорожское и весь мир украинский умыслили изо всех городов выпроводить государевых ратных людей, потому что они жителям великие кривды и несносные обиды починили; Брюховецкий предлагал также приятелю своему выйти из Чернигова, оставивши наряд, по примеру воевод – гадяцкого (!), полтавского и миргородского. Толстой не принял приятельского предложения. Воеводы: сосницкий Лихачев, прилуцкий Загряжский, батуринский Клокачев, глуховский Кологривов были взяты козаками. В Стародубе погиб воевода князь Игнатий Волконский, когда город был взят козацкими полковниками – Сохою и Бороною. В Новгороде-Северском сидел воевода Исай Квашнин; несколько раз присылали к нему козаки с предложением выйти из города. «Умру, а города не отдам», – отвечал воевода. 29 февраля на рассвете явились к нему три сотника с тем же предложением; Квашнин велел убить посланных; рассвирепевшие козаки полезли на приступ и взяли город, но воевода, прежде чем сам был сражен пулею из мушкета, отправил на тот свет более десяти козаков; рассказывали, что Квашнин хотел убить свою жену, ударил ее саблею по уху и по плечу, но удар не был смертельный: судьба жены воеводской в Гадяче объясняет поступок Квашнина. К Переяславлю и Нежину козаки делали по два приступа, но понапрасну. К Остру приступил полковник Василий Дворецкий, но не мог взять города благодаря помощи, присланной из Киева Шереметевым. Но положение самого Шереметева было незавидное. Донося, что в Остре, Переяславле, Нежине и Чернигове ратные люди храбро отбиваются от козаков, Шереметев писал государю: «Только в городах скудость большая хлебными запасами, беда, если засидятся долго! Изменники везде поставили заставы крепкие, в Киев и из Киева мещан для покупки хлебной никуда не пропускают, и если возьмут Остер, то Киеву еще больше тесноты будет. В Киеве в казне денег нет ничего, и хлебных запасов скудость великая, на март месяц мы роздали хлеба ратным людям в половину меньше прежнего, апрель кой-как прокормили с большою нуждою, а потом, если лошадей станут есть, то больше как на два месяца не хватит. Дорошенко дожидается татар и сейчас с ними нагрянет под Киев, а у нас ратных людей мало, да и те наги, голодны и скудны вконец, многие дня по три и по четыре не едят, а Христовым именем никто не даст».
В это время в Варшаве находился московский посланник Акинфов. Узнав о малороссийских событиях, он потребовал у сенаторов, чтобы согласно с условиями король высылал свое войско на бунтовщиков на помощь войскам царским. «Обманы их козачьи нам уже знакомы, – отвечали сенаторы, – и теперь писал Дорошенко к гетману Собескому, чтобы войск коронных король посылать не велел, а он, Дорошенко, сделает так, что обе стороны Днепра будут за королем. Но это явный обман: будто королевскому величеству радеет, а сам турку уже давно поддался; также и той стороны козаков бунтует, чтобы и их поддать турку. Поэтому надобно хана теперь как-нибудь приласкать, чтоб он к ним не пристал. Король послал универсалы к гетманам коронному и литовскому, чтобы собирали войска и ссылались с царскими воеводами». Литовский гетман Пац говорил присланному к нему подьячему Полкову: «Надобно обоим великим государям, совокупя войска, высечь и выжечь всех изменников-черкас, чтобы места их были пусты, потому что они обоим государям присяги никогда не додерживают, да и вперед от них никогда доброго не чаять; а что они султану турецкому поддались, то султану ежегодно защищать их за дальностию трудно, а царскому и королевскому величеству их, собак, сгубить можно». Сам Ян-Казимир писал царю, что он велел гетману коронному вести свои войска для соединения с войсками царскими, и просил, чтобы часть русских полков переправилась на западную сторону Днепра, ибо надобно опасаться волохов. Все ограничилось одними обещаниями со стороны Польши; надобно было управляться своими силами. В апреле царские воеводы князь Константин Щербатый и Иван Лихарев поразили козаков под Почепом, в июне под Новгородом-Северским и на возвратном пути к Трубчевскому разорили много сел и деревень, верст по двадцати около дороги. Князь Григорий Григорьевич Ромодановский облег своими войсками города Котельву и Опошню.
Что же Брюховецкий? Ему было не до Ромодановского. Полковники восточной стороны не любили его и прежде, а теперь еще более возненавидели, потому что он окружил себя запорожскою чернью и дал ей волю: запорожцы что хотели по городам, то и творили. Полковники призывали Дорошенка; тот вместе с Тукальским послал сказать Брюховецкому, чтоб привез свою булаву к нему и поклонился, а себе взял бы Гадяч с пригородами по смерть. Рассвирепел обманутый Брюховецкий, сейчас же порвал все сношения с Чигирином, начал хватать дорошенковых козаков и отправил посланцев в Константинополь, поддаваясь султану. 2 апреля приехали в Адрианополь, где жил тогда султан Магомет, полковник Григорий Гамалея, писарь Лавринко, обозный Безпалый и били челом, чтоб гетману Брюховецкому и всем черкасам быть под султановою рукою в вечном подданстве, только бы с черкас никаких поборов не брать, да указал бы султан оберегать их от царя московского и от короля польского. В Гадяч явилась толпа татар под начальством Челибея для принятия присяги. Брюховецкий должен был дать гостям 7000 золотых червонных, а Челибею подарил рыдван с конями и коврами да двух девок русских. Вместе с татарами выступил Брюховецкий из Гадяча против государевых ратных людей и остановился под Диканькою, сжидаясь с полками своими, как вдруг пришла весть о приближении Дорошенка. Кручина взяла Ивана Мартыновича: он стал просить татар, чтобы велели Дорошенку удалиться на свою сторону. Но татары не вступились в дело и спокойно дожидались, чем оно кончится. Сперва явились к Брюховецкому десять сотников с прежним предложением от Дорошенка – отдать добровольно булаву, знамя, бунчук и наряд. Брюховецкий прибил сотников, сковал и отослал в Гадяч; но на другой день показались полки Дорошенковы, и, как скоро козаки обеих сторон соединились, раздался крик между старшиною и чернью: «Мы за гетманство биться не будем! Брюховецкий нам доброго ничего не сделал, только войну и кровопролитие начал!» И тотчас побежали грабить возы восточного гетмана Дорошенко послал сотника Дрозденка схватить Брюховецкого и привести к себе. Иван Мартынович сидел в палатке своей, в креслах, когда вошел Дрозденко и взял гетмана под руку; но тут запорожский полковник Иван Чугуй, верный приятель Брюховецкого, безотлучно находившийся при нем с начала его гетманства, ударил Дрозденка мушкетным дулом в бок так, что тот упал на землю. Это, однако, не спасло Брюховецкого: толпы козаков восточной стороны с криками и ругательствами ворвались в шатер, схватили гетмана и потащили его к Дорошенку. «Ты зачем ко мне так жестоко писал и не хотел добровольно булавы отдать?» – спросил его Дорошенко. Брюховецкий не промолвил ни слова. Не добившись никакого ответа, Дорошенко дал знак рукою – и толпа бросилась на несчастного, начали резать на нем платье, бить ослопьем, дулами, чеканами, рогатинами, убили как бешеную собаку и бросили нагого. Чугуй храбро защищал его и тут, но ничего не мог сделать один с немногими товарищами. Дорошенко уверял Чугуя, что вовсе не желал смерти Брюховецкого. Его самого чуть было не постигла та же участь: вечером козаки обеих сторон, подпивши, зашумели, стали кричать, что надобно убить и Дорошенка, тот едва утишил их, выкативши несколько бочек горелки, а ночью со всею старшиною выехал для осторожности на край обоза. Тело Брюховецкого велел он похоронить в Гадяче, в построенной им церкви (июнь 1668 г).