Прочнее, чем на низовьях Камы, утвердилось русское владычество в верхних ее частях. Мы видели, что еще в княжение Димитрия Донского св. Стефан крестил часть народонаселения Пермской земли, именно зырян; из описаний этого события видно, что последние еще прежде были подчинены великим князьям московским: св. Стефан является ходатаем за новообращенных перед правительством; дело Стефана в Перми довершено было одним из преемников его: под 1462 годом встречаем известие, что епископ пермский Иона крестил Великую Пермь и князя ее, поставил церкви, игуменов и священников. В каком отношении находилась эта Великая Пермь и князь ее к Москве, мы не знаем; новгородцы даже в Шелонском договоре включили Пермь в число своих владений, но тотчас по заключении этого договора, в 1472 году, великий князь послал воеводу князя Федора Пестрого на пермяков за их неисправление; 26 июня пришла в Москву весть, что Пестрый завоевал Пермскую землю; с устья Черной реки воевода плыл на плотах с лошадьми до городка Анфаловского; здесь сошел с плотов и отправился на лошадях в верхнюю землю, к городку Искору, отпустивши отряд под начальством Нелидова в нижнюю землю, на Урос, Чердынь и Почку, где владел князь Михаил. Не доходя до Искора, на реке Колве, Пестрый встретил пермскую рать, разбил ее, взял в плен воеводу Качаима. Отсюда русские пошли к Искору, взяли его, взяли и другие городки и пожгли; Нелидов делал то же в нижней земле. Пришедши на место, где река Почка впадает в Колву, Пестрый сождался со всеми своими отрядами, срубил городок, сел в нем и привел всю землю за великого князя, к которому отправил пленного князя Михаила с воеводами его и добычу - шестнадцать сороков соболей, шубу соболью, двадцать девять с половиною поставов сукна, три панциря, шлем и две сабли булатные. После, впрочем, во все продолжение княжения Иоаннова в Перми оставались туземные князья; последним из них был Матвей Михайлович, вероятно сын упомянутого выше Михаила; этого Матвея великий князь свел с Великой Перми в 1505 году и послал туда первого русского наместника, князя Василия Ковра.
Новгородцы и Югру причисляли к своим волостям; но мы видели, как непрочно было там их владычество. В 1465 году Иоанн велел устюжанину Василию Скрябе воевать Югорскую землю; с ним пошли охочие люди, пошел также князь Василий Ермолаич Вымский с вымичами и вычегжанами. Выведши много полона, они привели Югорскую землю за великого князя, двоих князей доставили в Москву, где великий князь пожаловал их опять югорским княжением и отпустил домой, наложивши дань. Давно уже вогуличи нападали на русские владения в Перми; мы видели, что епископ Питирим, один из преемников св. Стефана, пал их жертвою. В 1467 году 120 человек вятчан вместе с пермяками воевали вогуличей и взяли в плен князя их Асыку. В 1481 году вогуличи напали на Великую Пермь, проникли до Чердыни, но здесь настигли их устюжане под начальством Андрея Мишнева и побили. Асыка каким-то образом успел освободиться из плена, и в 1483 году великий князь послал на него воевод - князя Федора Курбского Черного и Салтыка Травина с устюжанами, вологжанами, вычегжанами, вымичами, сысоличами, пермяками. На устье Полыми встретили они вогуличей и разбили с потерею только семи человек своих, отсюда пошли вниз по Тавде, мимо Тюмени в Сибирскую землю, дорогою воевали, добра и пленных взяли много; от Сибири пошли вниз по Иртышу, с Иртыша на Обь, в Югорскую землю, где взяли в плен большого ее князя Молдана и других, и возвратились в Устюг 1 октября, вышедши оттуда 9 мая. В 1485 году по старанию пермского епископа Филофея князья югорские, кодские - Молдан, отпущенный из плена с детьми, да трое других - заключили мир под владычним городом Усть-Вымским с князьями вымскими - Петром и Федором, с вычегодским сотником и с владычним слугою, клялись лиха не мыслить и не нападать на пермских людей, а пред великим князем вести себя исправно; для подкрепления клятвы пили воду с золота, по своему обычаю. В последний год XV века был последний поход на Югорскую землю, на вогуличей, ходили воеводы: князь Семен Курбский, Петр Ушатый и Заболоцкий-Бражник с 5000 устюжан, двинян, вятчан; разными реками и волоками достигли Печоры, построили на берегу крепость и отсюда отправились за Уральские горы, которые перешли с большим трудом.
Так утверждение русского владычества на Каме, в Перми имело необходимым следствием подчинение и отдаленнейших стран северо-восточных, переход через Уральские горы, потому что дикие жители этих стран нападали на Пермь и тем самым вызывали на себя русское оружие. Но, вдаваясь все более и более на северо-восток по искони принятому направлению, распространяясь легко на счет диких финских племен, редко разбросанных по огромным пространствам, русские владения не могли с такою же легкостию распространяться на юго-восток, ибо там еще стояли своими вежами татары, ослабленные разделением на несколько орд, потерявшие для Руси прежнее значение безусловных повелителей, но в первую половину княжения Иоаннова еще не отказывавшиеся от притязаний на дань и долго после опасные, как разбойники неукротимые. Казань благодаря усобице между детьми Ибрагимовыми была приведена в волю великого князя московского, но отложилась перед смертью Иоанна и после долгих усилий окончательно была покорена только при внуке его. Золотая Орда рассыпалась окончательно при Иоанне III, но перед падением своим привела в сильный страх Московское государство, не оставляя своих притязаний на господство над ним. Увлекаемый новгородцами в борьбу с московским князем и не имея досуга и средств к этой борьбе, Казимир литовский хотел остановить Иоанна посредством татар. В 1471 году он послал в Золотую Орду к хану Ахмату татарина Кирея Кривого, холопа Иоаннова, бежавшего от своего господина в Литву. Приехавши к Ахмату, Кирей начал говорить ему от короля на московского князя многие речи лживые и обговоры, поднес богатые дары хану и всем вельможам его и бил челом, чтоб вольный царь пожаловал, пошел на московского князя со всею Ордою, а король с другой стороны пойдет на Москву со всею своею землею; вельможи были за короля, но хану в это время был недосуг; целый год продержал он у себя Кирея, не имея с чем отпустить его, а между тем вятчане, приплывши Волгою, овладели Сараем во время отсутствия хана, разграбили город, взяли пленных множество.
Не успевши вовремя отвлечь Иоанна от Новгорода, Ахмат пришел к московским границам только летом 1472 года, когда новгородский поход был уже кончен и великий князь мог направить все свои силы в одну сторону. Узнавши, что хан под Алексином, Иоанн велел идти к Оке братьям своим и воеводам и сам немедленно поехал в Коломну, а оттуда в Ростиславль, куда велел следовать за собою и сыну Иоанну. В Алексине было мало ратных людей, не было ни пушек, ни пищалей, ни самострелов, никакого городного пристрою, и потому великий князь велел воеводе алексинскому Беклемишеву оставить город по невозможности держаться в нем, но воевода не хотел выйти из города, не взявши посула с жителей; те давали ему пять рублей, но он требовал шестого для жены, и, в то время как происходила эта торговля, татары повели приступ. Воевода бросился с женою и слугами на другой берег, татары кинулись также в Оку догонять его, но поймать не могли, потому что в это время приспел на берег князь Василий Михайлович Верейский и не дал им переправиться. В тот же день пришли к Оке двое братьев Иоанновых, Юрий из Серпухова и Борис с Козлова Броду, да воевода Петр Челяднин с двором великого князя. Хан велел своим взять Алексин, но граждане храбро оборонялись и побили много татар. Скоро, однако, нечем стало более обороняться, не осталось ни стрелы, ни копья; татары зажгли город, и он сгорел с людьми и добром их; кто же выбежал из огня, те попались в руки татарам. Князь Юрий Васильевич и воеводы стояли на другом берегу и плакали, но помочь не могли по глубине Оки в этом месте. После хан спросил одного пленника: "Куда девались алексинцы? Сгорело их мало и в плен попалось также мало?" Пленник, которому посулили свободу за открытие, объявил, что более тысячи человек со всем добром забежали в тайник, выведенный к реке; татары взяли тайник, и тут уже ни один алексинец не ушел от них. Истреблением Алексина, впрочем, и ограничились все успехи Ахмата; слыша, что сам великий князь стоит в Ростиславле, царевич Даньяр Касимович с татарами и русскими - в Коломне, брат великого князя Андрей Васильевич - в Серпухове, видя перед собою многочисленные полки князя Юрия, как море колеблющиеся в светлом вооружении, хан двинулся назад, в свои улусы. По некоторым же известиям, Ахмат принужден был отступить вследствие моровой язвы, открывшейся в его войске; впрочем, страх Ахматов будет понятен и без моровой язвы, если справедливо известие одного летописца, что у русских было 180000 войска, стоявшего в разных местах на пространстве 150 верст.