23 ноября въехал Иоанн в город (крепость), где был встречен владыкою со всем духовенством, как приказал сам великий князь. В этот день он слушал обедню у св. Софии и обедал у владыки, причем получил дары: три постава сукон, 100 корабельников (червонцев), зуб рыбий да на проводях две бочки вина. На другой день пошли к великому князю с челобитьем, дарами и жалобами разные люди, а на третий явились главные жалобщики - две улицы, Славкова и Никитина, да братья Полинарьины - и жаловались в присутствии владыки, старых посадников, других бояр и житых людей. Иоанн сказал владыке и посадникам: "Ты, богомолец наш, и вы, посадники, объявите отчине нашей, Великому Новгороду, чтобы дали на этих обидчиков своих приставов, как я дал на них своих, потому что я хочу дело рассмотреть; и ты бы, богомолец мой, и вы, посадники, тогда у меня были: хочется мне обиженным управу дать". Новгородцы дали своих приставов, и в воскресенье 26 ноября обидчики и обиженные все стали перед великим князем на Городище в присутствии Феофила и старых посадников; начался суд, и было решено, что жалобы справедливы. Тогда великий князь велел взять обвиненных, главных посадить за приставами, товарищей их отдать на поруку крепкую, в 1500 рублях; архиепископ взял их на поруку. В то же время Иоанн выслал от себя вон и велел схватить Ивана Афанасьева с сыном за то, что советовали Новгороду отдаться за короля.
Прошел день, другой; на третий явился на Городище владыка и посадники бить великому князю челом от Великого Новгорода, чтобы пожаловал, смиловался, велел освободить посаженных бояр и отдать их на поруку. Великий князь челобитья не принял и сказал: "Известно тебе, богомольцу нашему, и всему Новгороду, отчине нашей, сколько от этих бояр и прежде зла было, а нынче, что ни есть дурного в нашей отчине, все от них; так как же мне их за это дурное жаловать?" В тот же день посадник Ананьин с тремя главными товарищами скованные были отправлены в Москву. Спустя несколько времени пришел опять Феофил с посадниками и многими другими людьми бить челом о помиловании тех товарищей Ананьина, которые даны были на поруку; это челобитье великий князь принял, велел только взыскать с виноватых 1500 рублей истцовых убытков да свои судные пошлины (свою вину). По окончании этих дел, с 4 декабря, начались пиры у знатнейших новгородцев для великого князя и продолжались до 19 января: каждый хозяин дарил гостя ковшами золотыми, деньгами, мехами, рыбьими зубьями, сукнами, ловчими птицами, вином, лошадьми. Те посадники и тысяцкие, которые не успели дать пиров для великого князя, подносили ему дары, какими хотели дарить на пирах; из купцов и житых людей не остался ни один, который бы не пришел с дарами, даже и молодые (незначительные) люди многие были у него с дарами и челобитьем; новоизбранный степенный посадник Фома Андреевич Курятник вместе с тысяцким поднесли ему 1000 рублей от всего Великого Новгорода. Во время пиров приехал шведский посол с просьбою о продолжении перемирия; великий князь пожаловал, велел владыке и Новгороду заключить с шведами перемирие по старине и с честью отпустил посла. При всех этих распоряжениях Иоанновых ни один из старых обычаев, ни одно из старых условий не были нарушены: перемирие с соседним государством было заключено владыкою и Новгородом, но с ведома и по приказанию князя; по жалобе новгородцев Иоанн судил, сменил и наказал посадника, ибо имел право верховного суда над всеми, имел право сменять чиновников, объявив только их вину; при этом Иоанн выполнил в точности старинный обычай: давши на обличенных своих приставов, требовал, чтобы Новгород дал также и своих; он заточил осужденного посадника и его товарищей в Москву, но и это была старина: Владимир Мономах, Святослав Ольгович заточали на юг бояр новгородских, и после в договорах это право не было отнято у князей. Иоанн не нарушил ни в чем старины, но давно уже новгородцы отвыкли от нее, ибо в продолжение многих веков великие князья не пользовались своими правами, а новгородцы, пользуясь настоящим, забыли и о прошедшем и о будущем.
Месяц ехал великий князь из Москвы в Новгород; гораздо скорее возвратился из Новгорода в Москву, ибо не был задерживаем на пути: 26 января выехал он из Новгорода, 8 февраля был уже в Москве. И здесь соблюдено было условие старинных договоров: "Когда, князь, поедешь в Новгород, тогда тебе дары брать по постояниям (станциям); когда же поедешь из Новгорода, тогда дара тебе не надобно". В марте приехал в Москву владыка Феофил с боярами просить об освобождении заточенных новгородцев; Иоанн угостил владыку, но из заточенных не отпустил ни одного. Между тем многим понравилось искать защиты от обид на суде великокняжеском; ждать Иоанна, когда он опять приедет в Новгород, было долго, и вот забыли старинное условие: "На Низу новгородца не судить"; стали брать приставов и являться в назначенный срок в Москву на суд. В начале 1477 года приехал посадник Захар Овинов за приставом великокняжеским со многими новгородцами - одним отвечать, на других искать. Вслед за Овиновым приехали другие бояре и многие житые люди, также поселяне, монахини, вдовы и все обиженные, многое множество, искать удовлетворения в обидах и отвечать на жалобы других. "Этого не бывало от начала, - говорит летописец, - как земля их стала и как великие князья пошли от Рюрика на Киеве и на Владимире; один только великий князь Иван Васильевич довел их до этого".
Два шага было сделано; оставалось сделать третий, последний. Все было приготовлено: литовская сторона, пораженная бездействием Казимира, безмолвствовала без глав своих; народ начал смотреть на московского князя как на верховного судью; мало того, были в Новгороде люди, которых летописец называет приятелями князя московского; вече молчало. Но оно могло заговорить при первом удобном случае, при первой победе хана Золотой или Казанской Орды, и посадник все еще сидел в суде подле московского наместника; надобно было освободиться и от веча, и от посадника. Приехали двое послов новгородских, Назар Подвойский и Захар, вечевой дьяк, которые в челобитье назвали Иоанна государем, тогда как прежде, "с тех пор как земля их стала, говорит летописец, - того не бывало, ни одного великого князя государем не называли, а только господином". Летописи не сообщают ясных подробностей, кем собственно и как устроено было это дело. В следующем же месяце (апреля 24) отправились послы из Москвы спросить владыку и весь Великий Новгород: "Какого они хотят государства? Хотят ли, чтоб в Новгороде был один суд государя, чтобы тиуны его сидели по всем улицам, хотят ли двор Ярославов очистить для великого князя?" В некоторых летописях говорится, что послы назвали Иоанна государем по решению владыки, бояр, посадников, но без ведома Великого Новгорода; в других говорится, что новгородцы, услыхав запрос посла московского, пограбили этих посадников и бояр, дворы, доспехи и всю ратную приправу у них отняли; известный нам Захар Овин оговорил другого боярина, Василия Никифорова, будто бы тот во время поездки своей в Москву присягнул там служить великому князю против Новгорода. 31 мая встал мятеж, собралось вече, пришли на Василия Никифорова, взяли его и привели перед народ, который закричал ему: "Переветник! Был ты у великого князя и целовал ему крест на нас!" Василий отвечал: "Целовал я крест великому князю в том, что буду служить ему правдою и добра ему хотеть, а не целовал я креста на государя своего, Великий Новгород, и на вас, своих господ и братий". Его убили без милости, иссекли топорами на части; но потом убили и Захара Овина вместе с братом у владыки на дворе, сына Кузьмина замертво оставили, схватили и двоих других бояр. Луку Федорова и Феофилакта Захарьина, но, приведши на вече, пожаловали, взявши с них присягу, что будут хотеть добра Новгороду. С этого времени новгородцы взбесновались, как пьяные, по выражению летописца, посредничество псковитян отвергли, всякий начал толковать свое, и к королю опять захотели; но послов московских держали шесть недель с честью, с честью и отпустили, давши такой ответ великим князьям: "Вам, своим господам, челом бьем, но государями вас не зовем; суд вашим наместникам на Городище по старине, а тиунам вашим у нас не быть, и двора Ярославова не даем; хотим с вами жить, как договорились в последний раз на Коростыни; кто же взялся без нашего ведома иначе сделать, тех казните, как сами знаете, и мы здесь будем их также казнить, кого поймаем; а вам, своим господам, челом бьем, чтоб держали нас в старине, по крестному целованию". Послы и преданные великому князю посадники отправились в Москву и объявили здесь о новгородских событиях. Иоанн пришел к митрополиту с вестью о клятвопреступлении новгородцев: "Я не хотел у них государства, сами присылали, а теперь запираются и на нас ложь положили". Тоже объявил матери, братьям, боярам, воеводам и по общему благословению и совету вооружился на отступников и крестного целования преступников новгородцев.