Для Александра II и Горчакова день подписания Берлинского трактата стал, по их собственному признанию, самым черным днем в карьере. Протест панславистской общественности против уступчивости российской дипломатии выразил И. С. Аксаков, который на заседании Славянского общества произнес речь, где обрушился на тех, кто готов «по живому телу» расчленить Болгарию: «Нет таких и слов, чтоб заклеймить по достоинству это предательство, эту измену историческому завету, призванию и долгу России». Конгресс он понимал как открытый заговор против русского народа и видел в нем доказательство того, что «кривде и наглости Запада по отношению к России и вообще к Европе Восточной нет ни предела, ни меры». По указанию Александра II Аксаков был выслан из Москвы, московское Славянское общество упразднено.
По выходе из Восточного кризиса Россия получила ослабленную экономику и расстроенные финансы, опасность новой европейской изоляции и революционное брожение внутри страны. Позднее, став императором, Александр III сказал: «Нашим несчастьем в 1876–1877 гг. было то, что мы шли вместе с народами, вместо того чтобы идти с правительствами, русский император всегда должен идти только с правительствами».
В царствование Александра II получил завершение процесс строительства империи, определение ее азиатской и дальневосточной границ. Территориальная экспансия на Восток отвечала призыву Горчакова о необходимости для России «сосредоточиться в себе».
Среднеазиатская политика. Особое внимание дипломатия Горчакова обращала на Среднюю Азию. По мнению министра, Россия не могла допустить там роста английского влияния. Важная роль отводилась налаживанию торгово-экономических отношений с Бухарским эмиратом, с Кокандским и Хивинским ханствами. Безопасность границ и благоприятный режим торговли стали главными приоритетами горчаковской среднеазиатской политики, которая была составной частью русско-английского противостояния. В Министерстве иностранных дел считали, что «торговля есть основной клапан всей нашей политики в Средней Азии». Русские купцы были поставлены там в заведомо неравные условия, будучи вынужденными платить торговые пошлины в два-четыре раза выше, чем мусульмане. Дипломатические представители России отстаивали их интересы, оказывая давление на среднеазиатских правителей.
Горчаковскую политику неуклонного давления не разделяли власти Оренбургского и Туркестанского генерал-губернаторств, Военное министерство и особенно местные воинские начальники в Закаспии. Постоянно сталкиваясь с набегами кочевых племен на российские территории, с угоном пленных на невольничьи рынки Средней Азии, они стремились к военному решению вопроса. О военной помощи во время междоусобиц просили местные владетели. Нередко они проявляли инициативу, ставя Петербург перед свершившимися фактами. В николаевское время при Оренбургском генерал-губернаторе В. А. Перовском по берегам Сырдарьи были построены укрепления — Сырдарьинская военная линия. Тогда же был заложен город Верный, от которого до Семипалатинска шла Сибирская укрепленная линия, решение о соединении которых было принято в 1854 г. Перовский успешно отражал нападения кокандского хана, за которым стояла британская дипломатия.
В 1863 г. Александр II утвердил предложение военного министра о переходе к активным действиям в Средней Азии. Основой этого решения был фактор российско-британского соперничества. Сыграло роль и стремление установить границы империи по естественным рубежам. Русские части возглавил генерал М. Г. Черняев, направив главный удар против Кокандского ханства. Силы были неравны: при взятии Ташкента в 1865 г. русские войска потеряли убитыми 25 человек. В 1867 г. было образовано Туркестанское генерал-губернаторство, которое включало Сырдарьинскую и Семиреченскую области. Генерал-губернатором был назначен опытный администратор К. П. Кауфман, который получил право самостоятельного ведения военных действий и дипломатических переговоров со среднеазиатскими правителями.
Система управления Кауфмана основывалась на началах постепенности и осторожности. Он избегал применять силу и полагал, что «всякая крутая мера принесет более вреда, чем пользы, и вызовет фанатизм и упорство народа». Кауфман надеялся «ввести внешний порядок и спокойствие, обеспечить необходимые государству средства от взимания податей, установить мир с соседями и постепенно ввести население в состав Российской империи». Российские власти охраняли права мусульманского духовенства, не вмешивались в местные правоотношения. Огромное значение имело повсеместное запрещение всех форм рабства. Со временем потребности русской легкой промышленности привели к распространению посевов хлопчатника, что в свою очередь способствовало совершенствованию ирригации.