6 сентября стрельцы потребовали выдачи Ф. Шакловитого.
7 сентября он был перевезен в Троицу и через 5 дней казнен с группой сообщников. Став отныне «зазорным лицом», Софья Алексеевна была заточена в Новодевичьем монастыре в Москве, где и умерла в 1704 г.
Петр на троне. Учебные бои потешных войск. Придя к власти, Петр не погрузился в текущее государственное управление. Этим занималось новое правительство (Л. К. Нарышкин, Б. А. Голицын, П. А. Лопухин. Т. Н. Стрешнев и др.). Сам же семнадцатилетний царь по-прежнему был целиком поглощен любимыми занятиями: военными играми и строительством кораблей. В последнем случае он как бы на ощупь двигался ко все более масштабным делам. Началось с найденного среди старья в амбаре Н. И. Романова маленького ботика, который после ремонта был спущен на реку Яузу. Потом ботик переправили на Просяной пруд в селе Измайлове. Затем Петр уже ищет большую воду и устремляется на Плещеево (Переяславское) озеро, зимой 1692 г. он строит там почти вполне серьезные корабли, распорядившись заготовить для этого большое количество материалов и продовольствия. В следующем году Петр отправляется с многочисленной свитой в Архангельск — настоящий порт, где знакомится с голландскими, английскими и иных стран кораблями, закладывает свой первый морской корабль.
Игра в сухопутные войны со временем также обретает все более серьезный объективный смысл, хотя внешне это вроде бы была потеха, в коей участвовали шутейные «генералиссимусы», «карлы», в ходу были карикатурные гербы и знамена. В течение пяти лет Петр разыгрывал сражения, где с традиционными стрелецкими формированиями, хотя последние были набраны из придворных конюхов, новых охочих людей и т. п., сражались войска нового строя. Объективно же военные маневры служили прекрасной школой для рождавшейся новой армии и прежде всего потешных Преображенского и Семеновского полков. Учебные бои были далеко не безопасны. В одном из «боев» в июне 1690 г. порохом опалило лицо и самому Петру Алексеевичу. Самые грандиозные многодневные маневры состоялись 23 сентября — 18 октября 1694 г. под селом Кожуховым у Москвы-реки. Это были сложные учения с применением переправы через реку, осады, подкопов и устройства редутов. Был и штурм крепости, повторенный дважды. В маневрах участвовали многие тысячи людей.
В годы своеобразных «Петровых университетов» вокруг царя сплотилась неформальная, внешне эпатирующая своим поведением московскую традиционную знать «компания», с нарочитым демократизмом установившая «рядовое положение» в ней царя, который был как бы и не царь вовсе, а просто «господин капитан» Петр Алексеев. В этой компании был свой, ходульный, конечно, король, или «князь-кесарь» — князь Ф. Ю. Ромодановский. Правила игры были таковы, что «князь-кесарь» мог даже призвать к почтению по отношению к своей особе и «капитана Петра Алексеева».
Такая форма общения позволяла молодому царю действительно без обиняков овладевать навыками простого командира в бою, выслушивать и резкие замечания, что во много крат ценнее пустого угодничества. Вместе с тем петровская компания постоянно чередовала военные игрища и будничный труд с бурными застольями, сопровождавшимися инсценировками и экспромтами в шутовском иронично-саркастическом стиле. Пиршеством командовал «всешутейный отец Иоанникий, Пресбургский, Кокуйский и Всеяузский патриарх» Никита Зотов. Вполне возможно, что этот стиль был избран молодым Петром как стихийная реакция на весь уклад жизни старого московского царского двора, когда безумная роскошь, громоздкость и мучительнейшая величавая занудность придворных торжественных церемоний грозили утратой самой логики и цели этих действий.
В немалой степени этому способствовало и тесное общение юного царя с иностранцами, которые еще со времен царя Михаила Федоровича стали все чаще наезжать в Москву, где в конце концов образовалась обширная Немецкая слобода (Кокуй). Здесь было множество разных типов: это и заезжие авантюристы и любители легкой наживы, однако много было и очень хороших специалистов-ремесленников, были и заводчики, купцы и т. д. Среди них у молодого Петра появилось множество знакомых, а потом и друзей, была и пассия: Анна Монс. Возможно, что именно этот круг людей принес Петру простоту и демократизм в обращении, зачатки которого он усвоил еще мальчишкой в свободном уличном общении, живя без особой опеки и присмотра в Воробьеве, Измайлове, Преображенском.