Виленские раввины не могли уже справиться с хасидами своими силами и решили обратиться за помощью к русскому правительству. В то время в Петербурге опасались вредного влияния революционных событий во Франции, и потому ловили по всей стране собственных заговорщиков, явных и мнимых, и привозили их на допрос в столицу. Особенно преследовали тайные масонские общества и религиозные секты, а их руководителей ссылали в Сибирь - на поселение или даже на каторгу. Надо было доказать властям, что хасидизм - это одна из разновидностей тайных обществ, и в Петербург поступил из Вильно донос "о вредных для государства поступках руководителя каролинской секты Залмана Боруховича". Этого было достаточно, и осенью 1798 года пришло повеление: арестовать в местечке Лиозно главаря " секты" и двадцать два его "сообщника" и "под крепким караулом" отправить в Петербург.
На рабби Шнеура Залмана надели железные оковы, посадили его в телегу и под охраной отправили в Витебск, а оттуда уже, в почтовой карете, привезли в Петербург и поместили в одиночную камеру Петропавловской крепости. Известие об этом чрезвычайно обрадовало противников хасидизма, а "во всех городах, куда доходило повеление царя, был между хасидами великий плач и пост, и рыдания". Сразу же стали собирать деньги "на освобождение учителя" и среди прочего установили особый налог: каждый жених жертвовал на это благое дело часть полученного приданого. Собрали огромную сумму - около шестидесяти тысяч рублей, и с этими деньгами ходатаи отправились в Петербург.
С первого дня заключения рабби Шнеур Залман отказался есть тюремную некашерную пишу. Он заявил, что скорее умрет, нежели съест что-либо, приготовленное неевреями, и тюремные власти разрешили приносить еду из еврейского дома. Вскоре начались допросы узника в Тайной канцелярии, где обычно разбирались дела по особо важным государственным преступлениям. На допросах присутствовали сенаторы и высшие сановники, и глубокомысленные ответы обвиняемого только укрепляли поначалу следователей в их подозрениях. Рабби Шнеура Залмана обвинили в создании вредной религиозной секты, в распространении нежелательных религиозных идей и в нелегальной отправке денег в Палестину для каких-то политических целей - быть может, в заговоре с самим Наполеоном.
Хасиды деятельно хлопотали в столице и, возможно, щедрыми подношениями склонили на свою сторону некоторых влиятельных сановников. Во всяком случае, узник мог тайком передавать на волю свои письма, да и следствие проходило без задержек, чтобы ему не надо было долго томиться в одиночке. К последнему допросу следователи подготовили перечень вопросов, и хасидская легенда рассказывает, что в камеру к рабби Шнеуру Залману чудесным образом явились Баал Шем Тов и рабби Дов Бер и сообщили ему содержание вопросов и нужные на них ответы, - но, скорее всего, хасиды сумели заранее передать узнику эти вопросы, чтобы он мог к ним подготовиться. Как бы там ни было, но на последнем допросе рабби Шнеур Залман отвечал так точно и убедительно, что привел в изумление следователей. На самый главный и опасный пункт обвинения - в политической неблагонажедности - он написал небольшое рассуждение о том, что царь является истинным представителем власти, исходящей от Бога, и это произвело в Петербурге благоприятное впечатление. Павел I повелел освободить узника и всех арестованных, но сохранить за ними "строгое наблюдение". После двух месяцев заключения "Старого ребе" отпустили домой и в сопроводительном письме написали, что "секта евреев, каролины именуемая, остается при прежнем ее существовании". Дату его освобождения - девятнадцатый день месяца кислев- хасиды-хабадники празднуют и сегодня с особым торжеством.
Хасиды ликовали по поводу "чудесного избавления" своего учителя, рассказывали всем, что он творил в Петербурге удивительные чудеса перед царем и его сановниками, и потому они, хасиды, будто бы, находятся теперь под особым покровительством властей. Виленским хасидам даже удалось сместить прежних руководителей кагала за растрату общественных денег, которые пошли, скорее всего, на борьбу с хасидами. На новых выборах - впервые в истории Вильно! - хасиды даже попали в правление кагала; община раскололась, и враждующие партии посылали властям жалобу за жалобой. В начале 1800 года включился в борьбу бывший раввин Пинского округа Авигдор Хаймович, который из-за хасидов потерял свою должность. Говорили, что в один прекрасный день пинские хасиды вынесли из синагоги его кресло, а взамен него положили на пол комок грязи, таким способом намекнув раввину на его нежелательность. Авигдор Хаймович сговорился с виленскими противниками хасидов, поехал в Петербург и подал на имя императора жалобу на "вредную и опасную" секту, которая может "подать повод к величайшим дерзостям и злодеяниям". Извращенными толкованиями хасидских цитат Авигдор пытался доказать, что цадики внушают своим последователям послушание одному только Богу, а не людям, и потому у сектантов не будет страха и перед самим царем.