Гаден погиб во время восстания стрельцов в 1682 году, обвиненный в отравлении царя Федора. Его притащили на Красную площадь, царица Марфа и царевны уверяли стрельцов, что Гаден невиновен, что он сам прежде отведывал лекарства, которые затем подавали царю, но это не помогло. "Он чернокнижник! - кричали стрельцы. - Мы в его доме нашли сушеных змей, и поэтому его надобно казнить смертью!" Несчастного поволокли в застенок и пытали. Там, не выдержав боли, он наговорил на себя и попросил дать ему три дня сроку, после чего он укажет на тех, кто более его достоин смерти за убийство царя. Очевидно, он просто хотел выиграть время, но стрельцы на это не согласились. "Долго ждать!" - закричали они, разорвали записку с его пыточными показаниями, снова потащили Гадена на Красную площадь и там подняли на копья, а затем изрубили на куски. Вместе с ним был убит и его сын. В документе того времени, при перечислении жертв стрелецкого бунта, сказано о нем среди прочих: "а именно убиты насмерть…Данило фон Гаден, жид". Еврейский свидетель тех событий сообщил следующее: "Я приехал в Москву через три или четыре дня после погрома и пошел на похороны с другими анусим (тайными евреями), ибо дан был приказ от царя похоронить убитых. Даниил (Гаден) был изрублен на куски: отрублены были одна нога и одна рука, тело проколото копьем, а голова разрезана топором. Я и другие анусим похоронили Даниила и его сына Цви в поле."
Реформы царя Петра I широко открыли двери в Россию для всех иностранцев, кроме евреев. Рассказывали, что когда Петр жил в Голландии и приглашал в Россию разных мастеров, амстердамские евреи тоже попросили права переселиться, обещали от этого громадные выгоды казне и на первых порах предлагали преподнести государю сто тысяч гульденов. На это Петр I будто бы так ответил посреднику в переговорах: "Вы знаете евреев, их характер и нравы, знаете также русских. Я тоже знаю и тех и других, и поверьте мне: не настало еще время соединить обе народности. Передайте евреям, что я признателен за их предложение и понимаю, как выгодно было бы им воспользоваться, но мне пришлось бы пожалеть их (переселенцев), если бы они поселились среди русских." Известен, правда, и другой случай, прямо противоположного характера, когда в Россию соглашался приехать врач-еврей - при условии свободы вероисповедания. Петр ответил на это: "По мне будь крещен или обрезан - едино, лишь будь добр человек и знай дело". Но Петербург во времена Петра оставался закрытым для евреев. Купцы могли приезжать туда только по делам, и непродолжительное время там жили поставщики и посредники - финансовый агент царя Израиль Гирш, поставщик серебра на монетный двор Зундель Гирш, прусский банкир Либман. Среди тех, кто противился в России реформам, ходили слухи, что Петр I - это антихрист, который соберет всех жидов, поведет их на Иерусалим и будет там царствовать над ними; еще говорили, что истинный Петр умер за границей во время путешествия, а вместо него приехал в Россию "жидовин из колена Дана", - быть может, и это в какой-то мере повлияло на решение Петра не приглашать евреев в Россию?… Во всяком случае, в своем манифесте за 1702 год о приглашении в Россию "искусных" иностранцев Петр I сделал оговорку: кроме евреев.
Во время Северной войны русские войска продвигались по Польше, и тамошнее еврейское население очень страдало от грабежей и поборов. В еврейских летописях отмечен один только случай, когда Петр I лично заступился за евреев. Это случилось в городе Мстиславле в 1708 году, когда солдаты русской армии начали грабить местное население, но царь немедленно прекратил погром и строго наказал зачинщиков. В кагальной книге города Мстиславля это событие было записано "на память грядущим поколениям": "28 элула 5468 года пришел Кесарь, называемый царь Московский, по имени Петр сын Алексея, со всей толпой своей - огромным, несметным войском. И напали на нас из его народа грабители и разбойники, без его ведома, и едва не дошло до кровопролития. И если бы Господь Бог не внушил царю, чтобы он самолично зашел в нашу синагогу, то наверное была бы пролита кровь. Только с помощью Божией спас нас царь и отомстил за нас, и приказал повесить немедленно тринадцать человек из них, и успокоилась земля". Еще известен случай, когда во время войны со шведами Петр 1 был в Могилеве, "и евреи могилевские пришли встретить его с хлебом и живого осетра в чане принесли государю; но государь на них и не взглянул, только хлеб велел от них принять".