Жители Новгорода хотя заключили (1471) с Иоанном Васильевичем договор быть в покорности ему и не сноситься с польским королем Сигизмундом, но не переставали своевольничать. Иоанн употреблял против них разные меры: одних казнил, других отводил в Москву и заключал в темницы; поставил в Новгород своих наместников, взял оттуда в Москву вечевой колокол, отобрал (в 1478 г.) у новгородцев многие земли и волости, в том числе немало монастырских и владычних. Сначала он потребовал было себе половину всех волостей владычних и монастырских. Но потом смилостивился и взял у владыки вместо половины только десять волостей да все его новоторжские земли, а у монастырей взял только у шести по половине их волостей, именно: у Юрьевского, Благовещенского, Аркажа, Антониева, Никольского на Неревском конце и Сковородского; у прочих же монастырей, как бедных и малоземельных, ничего не взял, кроме земель, находившихся в Новоторжке. Но все это только увеличивало тайное недовольство в Новгороде против великого князя. И вот, когда Ахмат, царь ордынский, начал замышлять в союзе с Казимиром литовским свое последнее нашествие на Москву, новгородцы думали воспользоваться этим случаем для освобождения себя из-под власти Иоанна; они послали к Казимиру звать его к себе с войском, посылали с тою же целию и к немцам. Иоанн, как только узнал об этом, внезапно явился в Новгород со своими полками. И здесь при расследовании дела оказалось, что в заговоре участвовал сам владыка Новгородский Феофил, что он был недоволен на Иоанна за отобрание последним нескольких владычних и монастырских сел и волостей и потому желал, чтобы Новгород находился лучше под властию Казимира или другого государя, только бы не московского князя. Феофил за это был схвачен (19 января 1480 г.) и послан в Москву под стражею, а все имущество его, множество золота, сребра и сосудов взяты в княжескую казну. В Москве Феофил без всякого суда был заключен в Чудовом монастыре и оставался там до самой своей смерти (26 октября 1484 г.). Митрополит Геронтий не только не воспротивился такому распоряжению великого князя, но и согласился на место Феофила, давшего свою отреченную грамоту, поставить в Новгород нового архипастыря согласно с волею князя. Доселе новгородцы сами избирали себе владык, и непременно из природных новгородцев, которые потому с детства были пропитаны духом своих сограждан и, естественно, держали всегда их сторону. Иоанн Васильевич очень хорошо понимал невыгоду этого для своих целей и потому предложил (17 июля 1483 г.) митрополиту избрать для Новгорода нового владыку в Москве и непременно из иноков московских. Приготовлены были три жребия: Елисея, архимандрита спасского, Геннадия, архимандрита чудовского, и Сергия, инока троицкого (прежде бывшего Симеона, протопопа богородицкого) - и положены на престоле в Успенском соборе. Митрополит сам совершал литургию вместе с четырьмя другими владыками, и когда приступили к вынутию жребия, то вынулся жребий Сергия, который вскоре за тем (4 сентября) и был поставлен в архиепископа Новгороду. Таким образом, у новгородцев отнято одно из важнейших преимуществ, которым они доселе пользовались. Впрочем, Сергий недолго управлял своею епархиею: всего девять месяцев и 24 дня, а потом по болезни отошел в Троицко-Сергиев монастырь, в свое прежнее уединение. Замечательно, как объясняют эту болезнь Сергия наши летописи. Московская говорит, что новгородцы не хотели покоряться ему, за то что он ходил не по их мысли, а он не смел этого, так как великий князь послал с ним своего боярина, и казначея, и дьяка, потому новгородцы и отняли у него ум волшебством и сказали, будто Иоанн чудотворец наказал его. В новгородских летописях помещен рассказ, что Сергий еще на пути в Новгород заехал в Сковородский монастырь и когда после обычного молитвословия в церкви вышел на паперть и здесь ему указали на гроб строителя монастыря архиепископа Моисея, то приказал одному из священников открыть этот гроб. Священник не посмел и заметил: "Подобает святителю открывать святителя". Тогда Сергий, надмеваясь высотою своего сана и тем, что пришел из Москвы к гражданам как бы плененным сказал с гордостию: "Стоит ли и смотреть этого смердовича?" Затем вышел из монастыря, сел на коня и отправился в Новгород. С того времени нашло на него изумление, т. е. умопомешательство: иногда видели его на Евфимиевской паперти сидящим в одной ряске, без клобука и без мантии, а иногда в полдень замечали его в таком же виде у святой Софии. Как больного свели его в Сергиев монастырь. Наконец, Псковская летопись повествует, что Сергий, прибыв в Новгород, стал теснить игуменов и священников и ввел многие новые пошлины. Потом к нему начали являться иногда во сне, а иногда наяву Новгородские святители, погребенные в церкви святой Софии, с укоризнами, зачем он вопреки священным правилам занял престол при жизни еще прежнего владыки, не обличенного в ереси и изгнанного несправедливо, и повергли его, Сергия, в тяжкие болезни. А как он не обратил на то внимания, то вскоре невидимая сила поразила его так, что он едва остался жив и несколько времени был нем. Вследствие чего, оставив епископство, постригся в схиму в Хутынской обители. Но там мучения его сделались еще сильнее, пока не отъехал он в Москву со всею своею дворнею. Все такие рассказы о архиепископе Сергии, цель которых легко понять, нисколько, однако ж, не помогли новгородцам. Новый архипастырь для них был избран также в Москве, именно чудовский архимандрит Геннадий Гонзов, "муж сановитый, разумный, и добродетельный, и Божественному Писанию довольный", и поставлен митрополитом Геронтием (12 декабря 1484 г.), и право избрания для себя владыки новгородцам уже никогда не возвращалось.
Последним памятником деятельности Геронтия в видах отечественного правительства служат послания архипастыря в землю Вятскую: одно к духовенству, другое ко всем жителям. Оба эти послания почти буквально сходны с теми, какие отправлены были некогда на Вятку святителем Ионою. В первом послании Геронтий сильно укорял вятское духовенство за его крайнюю небрежность к своему долгу и за то, что оно позволяло не только брачиться в родстве и кумовстве, но и вступать в пятый, шестой, даже седьмой браки и предаваться грабежу, убийствам и всякого рода нечестию, и угрожал священникам отлучением от Церкви, если они не исправятся сами и не позаботятся об исправлении своих духовных чад и о покорности их великому князю. В последнем писал к вятчанам: "Вы зоветесь христианами, а живете хуже язычников: обижаете соборную Церковь Русской митрополии, разоряете церковные законы, грубите своему государю - великому князю и издавна пристаете к его недругам да и сами воюете беспрестанно его вотчину, губите христиан убийством, пленом и грабежом, разоряете церкви, а челом своему государю за грубость не бьете. До сих пор государь по моему ходатайству терпел и не казнил вас, ожидая вашего челобитья и покаяния, а вы все не исправляетесь. Теперь пишу к вам в последний раз: перестаньте от своего злого дела. Церковь соборную Русской митрополии держите честно по старине, а государю нашему бейте челом, все пограбленное возвратите, пленников отпустите. А если не послушаете нас и своему государю не покоритесь, то я уже написал вашим духовным отцам, чтобы они затворили Божии церкви и ушли вон из вашей земли, иначе и сами они вместе с вами будут неблагословенны и прокляты". Неизвестно, когда именно написаны и, главное, когда доставлены вятчанам оба эти послания митрополита: в то ли время, как в землю Вятскую явилась многочисленная рать и обступила (16 августа 1489 г.) город Хлынов с требованием покорности, или несколько прежде. Но известно, что вятчане, заметив приготовление рати зажечь город, не стали сопротивляться, изъявили полную покорность великому князю и вскоре были отведены в Москву и расселены по разным городам.
II
По смерти Геронтия (28 мая 1489 г.) кафедра митрополии более года оставалась праздною. Наконец в 1491 г. по повелению великого князя собрались в Москву для избрания нового первосвятителя архиепископ Ростовский Тихон и епископы - Нифонт Суздальский, Симеон Рязанский, Вассиан Тверской, Прохор Сарский и Филофей Пермский, а Новгородский архиепископ Геннадий, которому велено было не отлучаться в это время из Новгорода по каким-то важным гражданским делам, прислал свою только повольную грамоту. Выбор великого князя и Собора пал на симоновского архимандрита Зосиму: сентября 19-го его возвели на двор митрополичий, а 26-го поставили митрополитом. К сожалению, настоящий выбор скоро оказался крайне неудачным, потому что Зосима держался тайно так называемой ереси жидовствующих, или новгородских еретиков, с которою пора нам познакомиться.