После этого великий князь Василий Васильевич решился писать к императору и патриарху. Сказав о принятии Россиею православия из Царьграда и о том, что оттуда она постоянно принимала своих митрополитов, иногда греков, а иногда русских, избранных в отечестве, князь продолжал с заметным огорчением, как и он по смерти митрополита Фотия посылал в Царьград епископа Рязанского Иону с просьбою о поставлении его в митрополита и как неизвестно почему просьбе этой не вняли. Иону на митрополию не поставили, а о ком не писал он, князь, кого не просил и не требовал, того прислали в Россию митрополитом, т. е. Исидора; как этот Исидор, которого князь едва-едва согласился принять, вопреки воле его отправился на Флорентийский Собор и, дав обещание сохранить православие, изменил ему, возвратился легатом папы к князю, привез от него послание, начал вводить латинские заблуждения и как, наконец, Собор русских епископов и прочего духовенства, рассмотрев внимательно послание папино, нашел "Исидорово все дело и прихождение чуждым и странным от Божественных и священных правил". Изложив это довольно подробно, князь обратился к императору и патриарху с словами: "Посему мы послали к вам наших послов и с ними писание папино, писанное по-латыни и по-гречески, которое принес к нам Исидор, и просим вас: воззрите в Божественные правила и в папино послание и рассудите, а нам дозвольте свободно совершать поставление для себя митрополита в нашей земле. Нужно это и по дальности и непроходимости пути к вам, по частым набегам татар в наши пределы, по нестроениям и мятежам в соседних нам странах. Нужно и потому, что всякому православному христианину приходится беседовать с митрополитом о духовных своих делах, а нам, государю, и о гражданских, иногда сокровенных, между тем с митрополитом из греков можно говорить не иначе как через молодых переводчиков, которые таким образом первые узнают то, чего им не следовало бы знать. Просим вас: пришлите нам ваше письменное разрешение, чтобы по святым правилам Собор епископов нашей земли, избрав человека доброго, мужа духовного, верою православного, поставил нам митрополита на Русь, как и прежде бывало по нужде поставление на Руси митрополита. А мы желаем, как было изначала, иметь сношения и любовь с святым царем и просить благословения и молитв у святейшего патриарха, пока будет стоять наша земля, и отнюдь не думаем разлучать от вас наше православное христианство". Из чтения этого послания легко приметить, что главным побуждением, почему великий князь Василий Васильевич решился ходатайствовать о поставлении Русских митрополитов в самой России, было вообще все прискорбное дело Исидорово... А остальные причины и обстоятельства, на которые ссылается князь, отнюдь не новые: на них русские могли бы ссылаться для той же цели и в прежние времена. Это послание, писанные в 1441 г. вдруг по осуждении Исидора в России, было отправлено в Константинополь, но вскоре пришедшая весть в Россию, что греческий император вместе с патриархом принял латинскую веру, заставила нашего князя воротить своих послов. Чрез два года послание было вновь приготовлено, с небольшими переменами, к отсылке в Царьград, но, может быть, по той же причине не было отправлено. И Рязанский епископ Иона все еще оставался епископом.
В 1446 г., когда великий князь Василий Васильевич был ослеплен князем Димитрием Шемякою, занявшим московский престол, и сослан в Углич, Шемяка, желая иметь в руках своих и малолетних детей Василия, которые были скрываемы в Муроме, вызвал Рязанского епископа Иону и обещал ему митрополию, если он отправится в Муром, возьмет "на свою епитрахиль" этих детей и привезет в Москву. Иона, не подозревая злых намерений Шемяки, исполнил его волю, привез детей в Москву и потом отвез к отцу в Углич. Тогда Шемяка повелел Ионе жить на митрополичьем дворе и Иона повиновался. Но скоро обстоятельства изменились. Василий Васильевич снова занял великокняжеский престол, и против Шемяки, бежавшего из Москвы и продолжавшего смуты, Собор русских владык и прочего духовенства издал (29 декабря 1447 г.) известное обличительное послание. В числе этих владык стоит и имя Ионы, только не митрополита, а владыки Рязанского, и не на первом, а на третьем месте, после владык Ростовского и Суздальского. Уже не прежде как в 1448 г. святой Иона достиг наконец митрополитского сана, к которому был избран семнадцать лет тому назад по смерти Фотия.
Исидор, осужденный в России за измену православию, удалился в Рим и хотя продолжал титуловать себя Русским митрополитом, но не был признаваем Русскою Церковию. Великий князь Василий Васильевич многократно пытался послать своих послов в Константинополь известить царя и патриарха об измене Исидора и просить их о поставлении для России нового митрополита, но не находил возможности. Ему постоянно препятствовали домашняя кровавая борьба, которую он вел с князем Димитрием Шемякою, грабежи и разбои, совершавшиеся на пути из России в Константинополь, а особенно то, что в самом Константинополе не к кому было обратиться: и царь и патриарх держались Флорентийской унии. От них нельзя было ожидать ни осуждения Исидору, ни назначения на место его нового православного митрополита. Напротив, второй после Митрофана (4 мая 1440 г. - 1 августа 1443 г.) латинствовавший патриарх Григорий Мамма (7 июля 1446 г. - август 1451 г.) принимал у себя Исидора и рукоположил вместе с ним в Константинополе епископа Даниила на епархию Владимиро-Волынскую, а когда киевский князь Александр Владимирович, зять великого князя Василия Васильевича московского, спросил его, патриарха, чрез своего слугу о Флорентийской унии, то написал к этому князю, восхваляя унию, чтобы он принял "кира Исидора, митрополита и кардинала", имел к нему послушание и не принимал к себе никакого епископа или инока, которые учат несогласно с Флорентийскою униею. Что же оставалось делать? Ждать более благоприятных обстоятельств? Но Россия и без того ждала уже очень долго и около семи лет оставалась без митрополита. А притом неизвестно было, настанут ли и скоро ли настанут такие обстоятельства в Константинополе. И вот Василий Васильевич решился на последнее средство, какое у него оставалось, - решился созвать всех епископов своей земли и предложить им, чтобы они сами поставили для России митрополита, и именно Иону, епископа Рязанского, как избранного к тому еще прежде. По зову великого князя прибыли в Москву епископы: Ефрем Ростовский, Аврамий Суздальский, Варлаам Коломенский, Питирим Пермский, а владыки Новгородский Евфимий и Тверской Илия прислали свои грамоты, в которых выражали свое согласие на поставление Ионы в митрополита. Собор открылся в церкви святого архангела Михаила, и здесь присутствовали, кроме святителей, множество архимандритов, игуменов и прочего духовенства. Прежде всего обратились к правилам святых апостолов и Соборов и нашли, что правила эти не только не возбраняют, напротив, повелевают епископам известной области поставлять большего святителя или митрополита. Чувствовали, что в России для этого нужны согласие и благословение Цареградского патриарха, и сослались на то, что патриарх с своим освященным Собором уже давно благословил Иону быть митрополитом после Исидора, когда Иона ездил в Константинополь. Припомнили, что в России и прежде по нужде ставились митрополиты Собором своих архиереев: Иларион при великом князе Ярославе и Климент при Изяславе. Вследствие всего этого Иона, епископ Рязанский, 5 декабря 1448 г. поставлен был в митрополита. Самое поставление состояло в том, что при совершении Ионою Божественной литургии на него возложен был митрополичий омофор, а в руки ему дан был великий митрополичий посох символ митрополитской власти. Это был первый митрополит, поставленный своими епископами собственно в Москве, тогда как прежние два опыта совершены были еще в Киеве.
Поставление митрополита Ионы, хотя имело все свойства законности, но как выходившее из ряда естественно должно было привлечь на себя внимание и возбудить мнения и толки. Потому сам святитель сознавал нужду выяснять значение этого события верующим. Едва только взошедши на свою кафедру, он в своей окружной грамоте ко всем христианам русским между прочим писал: "Вам известно, дети, сколько лет вдовствовала Церковь Божия без большего святителя, без митрополита, и оттого много учинилось лиха и истомы христианству нашей земли. И ныне, волею Божиею, собрались на священный Собор владыки, и архимандриты, и игумены со всем великим Божиим священством нашей земли и, припомнив прежнее о нас повеление святого царя и благословение святого Вселенского патриарха и всего святого Вселенского Собора, поставили меня митрополитом по Божественным правилам и по думе господина сына моего великого князя Василия Васильевича и младшей его братии - князей, которые, пока было в Царьграде православие, оттуда принимали и благословение и митрополита". Еще подробнее излагал дело святой Иона в послании к киевскому князю Александру Владимировичу: "Ты сам знаешь, что сталось в Царьграде в царях и в патриаршестве... В великой соборной церкви и в палате царской начали поминать имя папы, тогда как ни в монастырях, ни в одной из церквей во всем Царьграде и во всей Святой горе нигде не поминается имя папино, а держат все по милости Божией добрую старину. Посему доселе в Русской митрополии не было митрополита - не к кому было посылать: царь не таков, и патриарх не таков; они иномудрствуют и приближаются к латинам". Затем Иона говорил, как великий князь Василий Васильевич, ревнуя об отечественной Церкви, многократно ("во многия времена") совещался со всеми святителями и другими пастырями своей земли, сносился со всеми православными князьями, разыскивал старину, представившую примеры поставления митрополитов если не в Москве или Владимире, то в Киеве, и как наконец Собор русских иерархов поставил его, Иону, митрополитом по священным правилам и по прежнему благословению, данному ему еще в Царьграде от патриарха. Эти же самые мысли и объяснения святой Иона повторял и впоследствии в своих посланиях к литовским епископам. И не напрасны были такие объяснения: известно, например, что даже преподобный Пафнутий Боровский соблазнялся поставлением митрополита Ионы, не велел называть его митрополитом, не хотел исполнять в своей обители его пастырских распоряжений и объяснялся с ним непочтительно, так что Иона жаловался великому князю Василию Васильевичу, и Пафнутий, заключенный в оковы, должен был довольно времени просидеть в темнице, пока не смирился, не покаялся и не получил благословения от митрополита возвратиться в свою обитель.