Вскоре скорбь святителя Ионы должна была еще увеличиться. Король Казимир мало того что принял сам Григория, прислал и к великому князю Василию Васильевичу просить о принятии Григория на место Ионы, как уже престарелого. Это значило, что Казимир желал сделать для Григория даже более, нежели сколько требовал папа: папа предоставил ему только девять епархий в Литве и Польше, а Казимир старался распространить власть его и на все епархии, находившиеся в России. Само собою разумеется, что Василий Васильевич и слышать не хотел о таком предложении и решительно отказал королю. А святитель Иона пригласил в Москву всех епископов своей, собственно Русской митрополии. Эти епископы, собравшись (к концу 1459 г.) в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы у гроба святого чудотворца Петра, где каждый из них принял рукоположение от митрополита Ионы, постановили: "Видя на самом деле, что по грехам нашим и по еретичеству отступника от православной веры Исидорова ученика Григория, называющего себя митрополитом Киевским, совершилось разделение Божиих Церквей Московской и Киевской и от этого разделения произошла великая пагуба для православия, мы как при нашем поставлении дали отцу нашему Ионе, так и теперь повторяем обещание - быть нам неотступными от святой Церкви Московской и от него и во всем повиноваться ему, а по отшествии его к Богу повиноваться нам тому митрополиту, который по правилам святых апостолов и отцов будет поставлен в соборной церкви на Москве у гроба святого чудотворца Петра. К отступнику же от православной веры Исидорову ученику Григорию, отлученному от святой соборной Церкви, нам, архиепископам и епископам Русской митрополии, не приступать, грамот от него никаких не принимать и совещаний с ним не иметь ни о чем". На этом Соборе не было только двух владык: Новгородского Ионы и Тверского Моисея. Но первый лишь незадолго пред тем был поставлен в сан архиепископа и при самом поставлении своем дал обет и грамоту за своею подписью и печатью, чтобы быть верным рукоположившему его святителю и не принимать пришельца из Рима Григория. Потому, может быть, митрополит и не счел нужным звать этого владыку на Собор, а только по окончании Собора послал ему известие о соборных совещаниях и убеждал его, чтобы он помнил данное им при поставлении своем обещание, стоял твердо в православной вере, укреплял в ней свою паству и пребывал в единодушии с своею братиею - русскими епископами. Что же касается до Тверского епископа, который, несмотря уже на двукратное приглашение митрополита, не ехал в Москву на Собор, то первосвятитель написал к нему в третий раз и наказывал ему непременно явиться к назначенному сроку, угрожая в противном случае своею строгостию. Вероятно, этому-то епископу и принадлежит та повольная грамота, которую дал или прислал неизвестный епископ Собору русских епископов и в которой он один повторяет то же самое, что они соборне постановили, именно: что он вместе с ними признает своим отцом и настоятелем во всем рукоположившего его митрополита Иону, а по отшествии его к Богу обещается признавать того митрополита, который будет поставлен у гроба святого чудотворца Петра в доме Пречистой Богородицы, и что с лжемитрополитом Григорием не будет иметь никакого общания и единения. Русские святители, собравшиеся на Собор с прочим духовенством, не ограничились тем, что торжественно заявили свой обет оставаться верными святому Ионе и не признавать Григория, но вместе от лица всего своего Собора послали (13 декабря 1459 г.) воззвание к литовским епископам и прочим пастырям и писали: "Мы слышим, что к вам пришел из Рима ученик Исидоров Григорий, который называет себя митрополитом Киевским и всей России и, по словам его, принял поставление от патриарха Григория, прежде бывшего в Царьграде и обличенного там в латинской ереси. Этот лжемитрополит Григорий носит с собою листы от папы и от того ложного патриарха, в которых они именуют господина нашего Иону отщепенцем и отступником, тогда как сами они отступники от закона нашей православной веры. А наш митрополит Иона поставлен в митрополита по правилам святых апостолов и святых отцов Собором своих архиепископов и епископов. И вы бы, наши духовные братья, помнили свое исповедание и обещание, которое дали господину нашему Ионе, что вам не отступать от него и не принимать иного митрополита от латинян; вы бы не принимали того отступника, ученика Исидорова Григория, и не имели с ним общения, а братства с нами и единения во Христе не отлучались".
Не удовольствовался, однако ж, и этим святитель Иона. Чрез несколько дней (20 декабря 1459 г.) он написал и от себя послание к князьям, боярам и всем православным мирянам земли Литовской. Извещал их, что желал бы и сам побывать у них и благословить их, да не в состоянии по великой своей немощи; напоминал им всю историю отпадения Исидора от православия и с "великим молением" умолял, не ради себя, а ради спасения душ их, чтобы они не принимали никого, кого бы ни прислал к ним отступник Исидор, и непоколебимо стояли в православии, хотя бы им грозили за это смертию, в полной надежде, что если кому случится и умереть за веру Христову, то такой увенчается венцом мученика. Еще чрез несколько месяцев святитель написал новое послание ко всем епископам литовским: подробно говорил об измене Исидора, о своем поставлении в митрополита, о своих трудах для литовских епархий; извещал, что король Казимир присылал двух своих послов к великому князю Василию Васильевичу с просьбою о принятии Григория, что князь на это не согласился, а он, митрополит Иона, со всеми архиепископами и епископами Русской земли признал Григория отлученным от святой Церкви и чуждым православию; в заключение убеждал литовских епископов, чтобы и они не принимали Григория, считали его отлученным от Церкви и, если он начнет учить или писать к ним, не слушали его, а если начнет делать запрещения, не обращали на них внимания, помня слова Господа: Не убойтеся от убивающих тело, души же не могущих убити. Наконец, сохранилось послание святителя Ионы, которое он адресовал отдельно каждому из епископов земли Литовской в конце 1460 или в начале 1461 г. Повторив и здесь с подробностию то же самое, о чем писал прежде, святитель еще раз убеждал каждого из этих епископов не сообщаться с отступником Григорием, блюсти от него свою паству, стоять твердо за православие и присовокуплял: "А если, сын мой, будет тебе от кого-либо истома за то и нужда, ты бы по своему к нам исповеданию и обещанию, не принимая пришедшего из Рима и не сообщаясь с ним, ехал ко мне. А не поедешь ко мне, забыв свое исповедание и обещание, данное при поставлении своем, и пожелаешь вступить в общение с отcтупником Григорием или с кем другим, поставленным от латинян, ты сам наложишь на себя страшную и великую церковную тягость".
Это послание митрополита Ионы в Литву, по всей вероятности, было уже последнее, потому что вскоре, 31 марта 1461 г., великий святитель Божий скончался. В тяжкие времена для Церкви и отечества протекла его жизнь. Много сделал он, при своей пастырской мудрости и ревности, для той и для другого, но не успел предотвратить разделения Русской митрополии: то, что предвидели уже давно, на что не раз покушались и прежде, что рано или поздно, но неизбежно должно было совершиться, совершилось теперь. Половина древних русских православных епархий находилась в странах не русского государя, а литовского и польского. Литовский великий князь и вместе король польский не мог без опасений смотреть на подчинение своих подданных иноземному первосвятителю, действовавшему под влиянием своего великого князя, часто неприязненного Литве и Польше; не мог не желать, чтобы точно так же быть самостоятельным в своих владениях, даже по церковным делам, как был самостоятельным государь русский, а не зависеть от Москвы. Не мог тем более признавать духовную власть Русского митрополита и содействовать его видам, что сам был другого исповедания, римского, враждебного православию, и особенно тогда, когда из Рима прислано было повеление действовать совсем иначе. И король Казимир, исполняя волю папы, вопреки всем усилиям московского великого князя и митрополита, отнял у последнего все литовско-польские православные епархии и подчинил их особому митрополиту. Так состоялось окончательное разделение Русской Церкви на две митрополии: Восточнорусскую, или Московскую, и Западнорусскую, или Литовскую. В той и другой митрополии начался непрерывный ряд своих первосвятителей, и первосвятители первой начали называться митрополитами всея Руси, а первосвятители последней - митрополитами Киевскими и всея Руси. Обе эти митрополии существовали совершенно отдельно одна от другой, не находились между собою ни в каких отношениях и имели совершенно различные судьбы. А потому и в "Истории" будут рассматриваемы нами отдельно.