А сам папа – достиг ли он своей цели: утвердил ли чрез Флорентийский Собор свою власть, колебавшуюся тогда на Западе, и подчинил ли себе греков? Нисколько. Противопоставив Ферраро-Флорентийский Собор, на котором присутствовали и представители Востока, Собору Базельскому, папа напрасно рассчитывал смирить тем отцов этого последнего Собора. Базельский Собор не переставал считать себя Вселенским, не прекращал своих занятий и, не более как за десять дней до состоявшегося и обнародованного во Флоренции (5 июля) соединения Церквей повторив свое прежнее постановление, что Вселенский Собор выше папы, осудил папу Евгения как еретика и объявил его низложенным (23 июня). Не утешили папу и греки: они решительно не хотели принимать привезенного из Флоренции соединения. И хотя на кафедру Константинопольскую по настояниям императора возводимы были один за другим два патриарха, преданные этой унии, – Митрофан Кизический и Григорий, духовник царский, но оба они ничего не могли сделать: и духовенство, и народ чуждались их. А прочие патриархи Востока – Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский, узнав о состоявшемся на Флорентийском Соборе соединении с Римом, объявили этот Собор нечестивым и уполномочили митрополита Кесарийского Арсения всюду и пред всеми проповедовать против беззаконного соединения (1443). В то же время знаменитый Марк Ефесский своими окружными посланиями заклинал всех православных удаляться этого соединения как богоненавистного. И голос великого поборника православия имел неотразимую силу на всех. Флорентийский Собор не только не привлек к папе, не покорил ему греков, а еще сильнее возбудил в них нерасположенность к нему и ненависть.
Более ли успел папа по отношению к России? Первосвятитель Русский был одним из самых главных виновников Флорентийской унии. Папа наградил его за это, равно как Виссариона, митрополита Никейского, более всех других греческих иерархов, возведши того и другого в сан кардиналов. И Исидор, почтенный, кроме того, пред отправлением из Италии (6 сентября 1440 г.) званием легата от ребра апостольского в Литве, Ливонии, России и во всех местах Польши, подведомых его митрополии, намеревался действовать с гораздо большею смелостию и решительностию, нежели как действовали в Греции император и его единомышленники. Достигнув столицы венгерской Будина, Исидор разослал отсюда во все подведомые ему страны следующее воззвание: «Возрадуйтесь и возвеселитесь ныне все христиане: Церкви Восточная и Западная, столько времени разделенные и враждебные между собою, ныне соединились истинным, древним, изначальным единством и миром. Вы, христоименитые греки, и все, принадлежащие к святой Константинопольской Церкви: Русь, сербы, валахи и другие, примите это святое соединение с великою радостию и честию, и да не будет у вас никакого разделения с латинянами. Равно и вы, племена латинские, не чуждайтесь исповедующих греческую веру: и они крещены, и их крещение так же свято и истинно, как латинское. И если греки живут в земле латинской или в их земле есть латинские церкви, то пусть ходят они и в эти церкви к Божественной службе и воздают в них чествование Телу Христову, как в своих собственных церквах, пусть приносят покаяние и пред латинскими священниками и приемлют от них святое причастие. А латиняне также должны ходить в греческие церкви, слушать в них Божественные службы и с теплою верою поклоняться Телу Иисуса Христа, потому что таинство Тела равно истинно, совершено ли оно греческим священником на квасном хлебе или латинским на опресночном. Вместе с тем пусть приходят латиняне и на покаяние к греческим священникам и приемлют от них причастие. Так постановил Собор Вселенский во Флоренции». Прибыв в столицу Польши Краков, Исидор совершил здесь торжественное богослужение в латинской церкви, и вскоре затем вступив в пределы своей паствы (1 октября), он во Львове также совершил литургию в латинском храме, а не в русском; для Владимира Волынского поставил епископа Даниила, согласившегося признать Флорентийскую унию, в Холме дал грамоту в защиту одного священника, подвергавшегося притеснениям от своих сограждан. Не знаем, как приняли Исидора в Киеве православные христиане и духовенство, но известно, что он прожил в Киеве всю зиму, и в феврале киевский князь Александр Владимирович вместе с своими князьями, панами и всею радою дал ему грамоту, в которой называл его своим господином и отцом и утвердил за ним все митрополичьи отчины и доходы. На вербной неделе 1441 г. Исидор прибыл в Москву и привез от папы великому князю Василию Васильевичу послание. Папа льстил нашему князю, относя и к его «похвале и славе» флорентийское соединение, на котором русский митрополит так много потрудился, и потом просил князя за такие заслуги Исидора принять его с честию и оказывать ему всякую помощь в делах церковных и особенно в церковной пошлине. Но в Москве знали ужеюдробно от бывших в свите Исидоровой, что такое это пресловутое соединение и в чем состояли заслуги Исидора; знали, как ратовал он за папство, как приневоливал своих, русских, к принятию латинского учения, как похвалялся в Риме своею властию над всеми русскими князьями и епископами, называя последних «некнижными». А потому можно судить, какое действие должно было произвесть на великого князя папское послание. Князь, однако ж, молчал до времени. Но когда Исидор, отправляясь в Успенский собор для богослужения, велел нести пред собою латинский крест и три серебряные палицы, когда во время литургии начал поминать папу вместо Восточных патриархов, а по окончании приказал прочесть с амвона велегласно флорентийское определение, в котором излагались латинские лжедогматы, столько противные православным, тогда князь более не выдержал. Он не принял от митрополита благословения и всенародно назвал его латинским прелестником и еретиком, велел низложить его с престола и заключить в Чудовом монастыре до соборного решения дела. По воле князя на Собор явились епископы Ефрем Ростовский, Иона Рязанский, Варлаам Коломенский, Иов Сарайский, Герасим Пермский и в числе их Авраамий Суздальский, бывший с Исидором во Флоренции, а также множество архимандритов, игуменов и иноков. Они рассмотрели флорентийское определение и признали его противным Божественным правилам и преданию; убеждали Исидора покаяться и возвратиться в недра православия, но он не согласился и, проведши в чудовском заключении всю весну и лето, наконец тайно бежал с учеником своим Григорием в Тверь. Но и тверской князь Борис заключил беглеца под стражу и отпустил его не прежде средокрестной недели Великого поста (1442), и следовательно, продержав всю осень и часть зимы. Из Твери Исидор отправился в Новгородок Литовский к великому князю Казимиру. Но как этот князь литовский еще прежде объявил себя пред Европою не на стороне папы Евгения, а на стороне Собора Базельского и поставленного им нового папы Феликса, то очень понятно, почему Исидор не захотел или даже не мог оставаться и в Литве, а навсегда переселился в Рим к своему покровителю. Таким образом, Флорентийская уния была решительно отвергнута собственно в России и не могла оказать никакого вредного влияния на православие Русской Церкви, напротив, принесла даже ей некоторую пользу. Русские, узнав, что сам греческий император и тогдашний патриарх Константинопольский изменили православию и держатся Флорентийской унии, решились сами, Собором своих епископов, поставить себе православного первосвятителя вместо отступника Исидора. А это послужило началом для целого непрерывного ряда таких же действий; началом для самостоятельности Русской Церкви и независимости от Цареградского патриарха, хотя еще не всецелой; началом и для нового периода истории Русской Церкви.