А у Стена Стуре было немало своих хлопот. Прежде всего он хотел укрепить свою власть, все еще облеченную во временные формы (он был только правителем страны), и принять меры для сохранения ее. Правда, у него были все основания добиться успеха: уже с конца 60-х годов XV в. он был признан способным военным руководителем; с течением времени он проявлял все новые стороны своего дипломатического дарования, свою способность к демагогической полемике и свою неутомимость. В то же время там, где требовалось, он умел «быть светлым и кротким». В своих постоянных разъездах по стране он вступал в самое тесное общение с крестьянством и всегда мог рассчитывать на поддержку с его стороны, в особенности со стороны далекарлийцев. В борьбе с непокорными феодалами из государственного совета, с архиепископом Якобом Ульфссоном во главе, он действовал самыми различными методами. Он часто говорил о своем намерении отказаться от управления страной (это, между прочим, стало тоже одной из традиций шведской государственной политики, развившейся особенно при Густаве Вазе), в ответ на что его упрашивали остаться у власти. Стен Стуре часто прибегал к угрозам, иногда открытым, а порой скрывавшимся под маской угрюмой иронии. Архиепископ сам рассказал один эпизод, характеризующий этот последний тактический прием Стена. Правителя обвинили в том, что он якобы заявил: «Того и гляди могут подняться двадцать или тридцать тысяч крестьян — и на голову государства свалится новый Энгельбрект!» (здесь народный вождь предстает перед нами в качестве некоего политического символа). На это «Стен Стуре ответил, что он говорил не больше, чем о 7–8 тысячах крестьян». Этот ответ довольно характерен для правителя. В то же время он обладал талантом агитатора и умел увлечь массы. Гибкая тактика Стена Стуре давала хорошие результаты. Так, после смерти своего брата, Нильса Стуре, в 1494 г. он успешно захватил лены, законным владельцем которых был сын Нильса, Сванте Стуре.
Стен Стуре поощрял развитие городов, тщательно контролировал торговлю и ремесло. У него были верные помощники, например духовенство и среднее сословие горожан Стокгольма. Своих фогдов он держал под постоянным надзором. Он бережливо вел государственное хозяйство, о чем свидетельствуют сохранившиеся правительственные счетные и налоговые книги.
Кризис в борьбе с Россией вскоре вызвал кризис внутри Швеции, который довольно серьезно отозвался на упроченном с таким трудом положении самого Стуре. В 1495 г. русские войска вступили в Карелию и начали осаду Выборга. Борьба была жестокая. Кнут Поссе, командовавший гарнизоном Выборга во время его осады, писал в октябре 1495 г. о действиях русских войск:
«К счастью, всемогущий бог по своей великой милости к нам сделал так, что у них было много убитых и раненых и они отступили к своему лагерю. Но едва они отступили на востоке, как с запада начала наступать другая часть и стала штурмовать крепость… Если они снова пойдут на штурм, то один бог знает, что будет с городом. Мы же будем делать все, что в наших силах».
Только к концу 1495 г. Стен Стуре решил направиться в Финляндию. Он предпринял свой знаменитый «крестовый поход» под знаменем Эрика Святого. Но к тому времени Кнут Поссе уже заставил русских снять осаду. Отношения между правителем и государственным советом стали напряженными. Стуре считал, что совет держит его и его войска в Финляндии только для того, чтобы он не мешал совету проводить в стране собственную политику. Государственный совет в свою очередь обвинял Стуре в том, что он не захотел бросить свои войска в бой против русских; духовенство также жаловалось на поборы, взимаемые им для обороны государства, и обвиняло его в жадности. В 1496 г. Сванте Стуре захватил и уничтожил русскую крепость Ивангород, против Нарвы, — с тех пор эти два города играли значительную роль в истории Швеции на протяжении более чем двух веков. После этого между ним и правителем возникла крупная ссора. В начале 1497 г. был заключен мир с русскими, однако в то же время назревал внутренний кризис в самой Швеции. Недовольство совета ростом влияния Стуре и его почти самодержавным правлением все усиливалось. Датский король Ганс вооружал свои войска для захвата Швеции. Правитель и архиепископ, игравший в совете главную роль, начали открытые действия друг против друга. Король Ганс со своим войском подошел к Стокгольму. Борьба кончилась поражением Стена Стуре. К нему пришли на помощь верные ему войска из Далекарлии, но они потерпели поражение от немецких ландскнехтов короля Ганса в битве при Рутебру, севернее столицы. Вылазка самого Стуре из Стокгольма потерпела неудачу. Начались переговоры, в результате которых датский король Ганс был возведен на шведский престол в соответствии с программой 1483 г. Стену Стуре были оставлены в виде «пенсии» Финляндия и шведские лены. Таким образом, снова победил конституционализм государственного совета. На сей раз это была победа над новой национальной централизованной властью, которую стремился установить Стен Стуре. В 1499 г. наследником шведского престола был избран Кристиан II, сын короля Ганса.
Победа государственного совета и короля Ганса была, однако, лишь случайной и эфемерной. Резко выявилось несоответствие между проводившейся ранее прорусской политикой датского короля и интересами его нового государства, а когда Ганс потерпел в 1500 г. известное тяжелое поражение в битве с дитмаровцами, его противники воспрянули духом, а шведские сторонники начали выражать недовольство его правлением. Стен Стуре и его друзья подняли восстание. Стен Стуре лично отправился в Далекарлию и стал разъяснять жителям, что он затеял новую войну отнюдь «не в целях личного обогащения, а для блага Швеции». В результате победы восстания Стен Стуре снова стал правителем государства, между прочим, при поддержке своего бывшего врага Сванте Нильссона Стуре.
В декабре 1503 г. Стен Стуре лично сопровождал к границам Халланда датскую королеву, супругу короля Ганса, возвращавшуюся на родину из шведского плена. На обратном пути правитель Швеции умер. Возник вопрос: кто явится его преемником? Ближайшие сторонники Стена Стуре и его вдова Ингеборг не были склонны поддерживать кандидатуру главного претендента на место Стена Стуре — его племянника Сванте Нильссона. Но Сванте Нильссону удалось добиться избрания при помощи хитрого маневра, характерного как для тогдашнего политического положения в стране, так и для самого инициатора этого маневра, «выборного» линчёпингского епископа Хемминга Гада. Гад сопровождал Стена Стуре в его последней поездке. Чтобы дать Сванте Нильссону время добиться своего избрания, Гад подговорил какого-то торговца перевезти тело Стена вместе с кожаными шкурами «в качестве товара». Одного из слуг покойного правителя Гад нарядил в богатое платье с золотыми застежками, принадлежавшими Стену Стуре, украсил его золотой цепью и кольцами, и тот поехал в крытых санях, выдавая себя за больного Стена Стуре. Одновременно Гад уведомил Сванте Нильссона Стуре о смерти Стена Стуре и о своих действиях. Этот трюк удался, и Сванте был избран группой членов совета в качестве правителя, а его противники, не знавшие о смерти Стуре, были захвачены врасплох.