Сими злодеяниями очистив себе путь, Годунов старался поселить в умах понятие, что по пресечении царского корня венец никому приличнее поднесен быть не может, как ближайшему родственнику последнего государя, без разбора о происхождении сего родственника. Многие, вероятно, полагали действие сего правила обратить в пользу дома Романовых, вообще любимого в народе по воспоминанию о добродетельной матери царя Феодора Иоанновича, царице Анастасии Романовой, из сего дома произошедшей. Ближайшим родственником царя был двоюродный его брат, а царицы Анастасии родной племянник, боярин Феодор Никитич Романов. Не так рассчитывал Годунов! По наущению его царь духовным завещанием отказывал престол супруге своей, царице Ирине18. Честолюбец знал, что смиренная Ирина не пожелает царствовать, но для исполнения замыслов своих ему нужно было положить державу в руку ее хотя бы на несколько дней. Таким образом, последним государем был бы уже не Феодор, а Ирина, а у нее мог ли быть родственник ближе брата ее родного?
Все совершилось по желанию правителя. Седьмого января 1598 года Феодор скончался, и с ним пресеклось на престоле царское поколение, семьсот тридцать пять лет сряду дававшее повелителей России! Феодор, умирая, оставил, по словам важного современного акта, «на скипетродержании Российского царства» царицу Ирину. В сей решительный час Годунов бодрствовал. Он немедленно напомнил боярам, что должно присягнуть царице. Никто не только не противился, но даже все с радостью видели в воцарении Ирины удобнейшее средство к удалению роковой минуты, где должно будет заняться опасным и затруднительным выбором нового государя. Чиновники и граждане, одинаковыми чувствами одушевленные, с усердием последовали примеру знатных сановников.
Ненадолго успокоилась Москва. Пятнадцатого января царица объявила, что, желая принять монашеский чин, отрекается от престола и вверяет правление боярам и патриарху до тех пор, пока успеют собраться в Москве все чины Московского государства для избрания нового царя. Напрасно духовенство, сановники и граждане заклинали Ирину именем сиротствующего отечества не оставлять державы: она пребыла непреклонной и удалилась в Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры.
Годунов последовал за ней, по-видимому, оставляя бразды правления на произвол судьбы, как бы сам ища успокоения после утомительных трудов. Но многочисленные приверженцы его не дремали! Они повсеместно внушали гражданам, что одна, на опыте доказанная государственная мудрость Бориса может в сих трудных обстоятельствах сохранить величие и спокойствие России. Подстрекаемый сими ухищрениями, народ толпился в Кремле вокруг палаты, где заседали патриарх и бояре. Вышедший из оной государственный дьяк и печатник Щелкалов предложил, чтобы все целовали крест на имя Думы боярской. Ему отвечали, что не хотят и знать бояр и что присягали уже царице, которую и в черницах почитают государыней своей19. Щелкалов доложил о сем Думе, и снова вышел к народу, объявляя, что царица решительно не хочет заниматься делами светскими и что, если не присягнут боярам, то должно страшиться смут, от безначалия происходящих. Тогда все возопили: «И так да царствует брат ее!» Патриарх Иов, обязанный высоким своим саном Годунову, был ему совершенно предан. Бояре же, легко угадывая, что все уже уготовлено самим Борисом для исполнения давнишних замыслов, не смели противоречить. Положили немедленно идти всем собором в монастырь, дабы просить царицу благословить на царство брата своего. Но сие избрание не казалось довольно торжественным Борису. Желая получить державу не от одной Москвы, но от целой России, он лицемерил, клялся, что никогда не смел и помышлять о венце Мономаховом, говорил, что в России много вельмож, превышающих его знатностью и мудростью, и, наконец, решительно отрекся от престола, присовокупив, впрочем, что не жалеет себя для службы Отечеству, и с боярырадети и промышляти рад не токмо по-прежнему, но и свыше первого20.
Бояре поняли значение сих слов: Борис, оставляя за ними призрак власти, не хотел ни выпускать из рук своих сущность оной, ни дать родиться мысли, что и без него государство обойтись может. Решили, что в ожидании постановлений созываемого великого Земского собора Боярская дума будет управлять именем царицы-инокини Александры. Само собой разумеется, что на самом деле ничего не творилось без соизволения Годунова.