Принятая по инициативе Джефферсона XII поправка к Конституции США исключила возможность повторения на президентских выборах 1804 г. ситуации 1800 г. Отныне голосование по кандидатурам на посты президента и вице-президента в Коллегии выборщиков проводилось раздельно. Бывший некогда соперником Джефферсона, а затем его вице-президентом А. Бёрр выбыл из игры. Выборы закончились триумфальной победой Джефферсона — он получил более 92 % голосов (162 голоса из общего количества 176 выборщиков от 17 штатов США).
В своей второй инаугурационной речи Джефферсон акцентировал внимание на достижениях его первой администрации, в числе которых президент счел необходимым особо выделить: в области внешней политики — сохранение стабильных отношений с иностранными государствами, а во внутренней политике — ликвидацию ненужных должностей и бесполезных учреждений и расходов, что сделало возможным отмену внутренних налогов.
В начале нового президентского срока Джефферсона правительство сочло невозможным дальнейшее бездействие перед лицом незаконных действий Англии на морях и потребовало вывода ее военных кораблей из американских территориальных вод. Однако эта акция не имела успеха. Все более обострявшееся англо-французское соперничество на морях подтолкнуло администрацию США к внесению на утверждение конгресса в декабре 1807 г. Закона об эмбарго (Embargo Act). После его утверждения американцам разрешалось торговать лишь в национальных границах. Запрет на торговлю с любой страной мира не мог не сказаться на объемах внешней торговли — только за один год (с 1807 по 1808 г.) объем экспорта США сократился в пять раз. Пропорционально реквизированным или бездействующим американским торговым кораблям в стране увеличивались нереализованные запасы продовольствия и товаров, росла безработица, множилось число обанкротившихся торговцев, промышленников и фермеров. Вина за невзгоды возлагалась на республиканскую администрацию и президента, инициировавших закон, который нарушал, по утверждению оппозиции, индивидуальные гражданские свободы и наносил больше вреда Соединенным Штатам, чем Англии или Франции. Повсеместно росло возмущение, грозившее привести к расколу страны и отделению от Союза некоторых штатов. Выборы в местные легислатуры Новой Англии впервые с 1800 г. принесли победу федералистам, ряд законодательных собраний штатов приняли резолюции о неконституционности Закона об эмбарго.[87]
Единственной акцией администрации Джефферсона, не вызвавшей критики оппозиции, были военные действия против морских разбойников «Пиратского берега» — Средиземноморского побережья Северной Африки (современной береговой линии Марокко, Алжира и Туниса), на протяжении многих лет грабивших иностранные суда и задерживавших их до выкупа владельцами за огромные суммы. Еще со времен английского владычества в североамериканских колониях пиратам выплачивались крупные суммы в качестве выкупа и за захваченных моряков. Такой же практики традиционно придерживались и администрации Вашингтона и Адамса. Джефферсон и его правительство решили, что война против пиратов является единственной возможностью защитить внешнюю торговлю Соединенных Штатов. В результате Триполитанской войны (1801–1805) с участием направленной Джефферсоном в Средиземное море военно-морской эскадры американскому правительству удалось заключить в 1805 г. относительно удовлетворительный мирный договор с Триполи. В результате были снижены размеры выплачиваемой пиратам контрибуции, но проблема морского разбоя в этом регионе мира продолжала существовать вплоть до 1816 г.
87
За несколько дней до окончания своего второго президентского срока Томас Джефферсон был вынужден подписать новый Закон о прекращении отношений (Non-Intercource Act). Он отменил Закон об эмбарго и восстановил торговые отношения со всеми странами, за исключением Англии и Франции, находившимися в состоянии войны друг с другом, а также их колоний. Торговля с ними была разрешена лишь при условии, что она не нарушит интересы нейтральных государств.