Линкольн был «взбешен тем, что Макклеллан не сумел как одержать решающую победу при Антиетаме, так и догнать Ли в Вирджинии. Его гнев выразился в письме, состоявшем всего лишь из одного предложения: «Если Вы не желаете использовать свою армию, я хотел бы взять ее у Вас взаймы на время». В ноябре он увольняет Макклеллана, и на его место приходит генерал Эмброуз Бернсайд. Впрочем, вместе с победой войск США у Перривилла в Кентукки 8 октября Антиетама было достаточно, чтобы осенью помешать выборам демократической Палаты представителей, которая могла бы приступить к переговорам о мире и убедить европейские державы не признавать Конфедерацию.
К июлю десятки тысяч беглых негров добрались до линии фронта северян, создавая практическую проблему для фронтовых генералов и политическую — для Вашингтона. Аболиционистские настроения соединялись с осознанием того, что не только нет смысла и далее относиться с уважением к «собственности» южан, но и что освобождение рабов может сильно повлиять на ход военных действий. Линкольн информирует свой кабинет, что освобождение рабов является военной необходимостью, жизненно важным делом для сохранения США, но решает отложить объявление об этом до успеха на поле боя. Победа при Антиетаме создала подходящий момент, и 22 сентября Линкольн издает предварительную Прокламацию об освобождении. Она гласит, что с 1 января 1863 г. рабы в штатах или на территории отделившихся штатов будут свободны, и что они смогут поступать на военную службу в армию Соединенных Штатов. В конце года генерал Бернсайд предпринимает попытку удовлетворить требование правительства по вторжению в Вирджинию. Он также движется слишком медленно, для того чтобы атаковать отдельные подразделения армии Конфедерации, и вместо этого предпринимает разрушительное прямое наступление на объединенные укрепленные войска у Фредериксберга 13 декабря. Кровопролитная схватка пошатнула боевой дух северян.
Тем временем Конгресс, воспользовавшись отсутствием представителей южных штатов, принимает множество законов, определяющих для будущего курса Соединенных Штатов. Акт о законном платежном средстве обязывал граждан, банки и федеральные учреждения принимать денежные купюры, выпущенные в США. Его дополнил Закон о внутренних доходах, который облагал налогом целый ряд продуктов и услуг, доходов и наследуемого имущества и учреждал Налоговое управление. В мае был подписан Закон о гомстедах, гарантирующий каждому поселенцу 60 га общественных земель, если он проживает на нем пять лет. В июле Закон Моррилла предоставил каждому штату землю для поддержки колледжей, где преподавались науки, связанные с сельским хозяйством и техникой. Тогда же был принят Закон о Тихоокеанской железной дороге, отводивший земли и государственные субсидии под строительство железной дороги из Омахи в Сан-Франциско.
К концу года цены в южных штатах выросли в семь раз по сравнению с началом войны, в то время как в северных штатах — всего на 14 %.
«Авраам Линкольн, вероятно, и не желал этого; он не мог предотвратить это; нация, наверное, не желала этого; но и государство не могло это предотвратить. Меня не заботит, что люди желают или хотят; негр — это камешек в шестеренке, и станок не будет работать, пока вы не удалите его оттуда».
Оба наиболее известных генерала армии Конфедерации закончили военную академию в Вест-Пойнте и были ветеранами Мексиканской войны. В других отношениях тем не менее между ними была огромная разница. Повсеместно воспевались такие черты Роберта Э. Ли, как шарм, сдержанность и справедливость, а Томаса «Каменную стену» Джексона считали более холодным, чем рыба, суровым пресвитерианином — скорее пуританином, чем рыцарем. Да и сам он говорил о себе: «Я люблю крепкие напитки, поэтому я к ним никогда не притрагиваюсь», — и постоянно потягивал лимонный сок.
Ли, который был сыном героя Войны за независимость, ставшего в последствии губернатором Вирджинии, Линкольн предложил командование войсками США 18 апреля 1861 г. В тот же самый день Ли узнал о выходе Вирджинии из состава США и решил, что его долг заключается в защите родного штата. Существует общее заблуждение, что он выступал против отмены рабства. Ли владел и торговал рабами и даже в 1865 г. описывал такое положение вещей, как «наилучшее [отношение], какое только возможно между белой и черной расой, если они смешаны, как в настоящее время в этом округе». До начала войны Джексон был скучным профессором Военного института в Вирджинии, получившим прозвище «Старый глупый Том», которое сопровождало его до битвы при Манассасе в июле 1861 г., где он сам стоял, «как каменная стена», и так же твердо командовал войсками.
Эти два человека образовали команду в 1862 г. Ли возглавил армию Северной Вирджинии в июне того года, вскоре после наиболее выдающегося подвига Джексона, кампании Шенандоа, в ходе которой его 17-тысячная армия одержала победу над 45-тысячной армией США. В следующий год Джексон служил главной тактической силой в наступательно-оборонительной стратегии генерала Ли, всегда стараясь максимально «озадачить, запутать и удивить врага». Затем Джексон был ранен своими же солдатами, когда возвращался с ночной разведки, вскоре после своего триумфа в Ченселлорсвилле 2 мая 1863 г. После того как «Каменной стене» ампутировали руку, Ли заметил, что хотя Джексон потерял свою левую руку, он сам потерял правую. Джексон заболел пневмонией и умер восемь дней спустя.
1863 г. 1 января вступила в силу Прокламация об освобождении. Джефферсон Дэвис назвал ее «самой отвратительной мерой, когда-либо записанной в истории виновного человека», а Клемент Валландигэм, самый выдающийся из «медянок» (демократов Севера, выступавших против войны) и кандидат на пост губернатора штата Огайо, говорил, что война ведется «за освобождение чернокожих и порабощение белых людей». Его арестовывают и депортируют в Конфедерацию.
3 марта Конгресс принимает Закон о призыве, объявляющий воинскую повинность мужчин в возрасте от 20 до 45 лет. Добровольцам по закону выплачивалось денежное вознаграждение в 300 долл. Этот закон вызвал волну недовольства и сопротивления. Первый набор в Нью-Йорке 11 июля становится причиной наихудшего бунта в истории Америки, в котором погибли 120 человек. Неуправляемая толпа, в основном состоящая из ирландцев, в ярости нападает на темнокожее население. На Юге также вспыхивают волнения: голодающие женщины поднимают «хлебные бунты» от Мобила до Ричмонда.
25 января Линкольн заменяет Бернсайда генералом Джозефом Хукером, чье имя входит в обиходный язык в связи с проститутками, часто посещавшими его штаб. После нескольких месяцев реорганизации он вовлекает Ли в открытое сражение у Ченселлорсвилля в штате Вирджиния, но теряет терпение, делает ошибки и позволяет Ли провести ряд искусных маневров с 1 по 4 мая. Но победа Ли достается дорогой ценой, поскольку был случайно ранен своими же солдатами отважный командир, правая рука Ли, — «Каменная стена» Джексон, возвращавшийся из разведки.