Как только начался повторный подсчет голосов, начали обнаруживаться странности. Многие чернокожие жители Флориды не могли проголосовать из-за того, что их ошибочно лишили гражданских прав, задержав в результате «чистки» как осужденных за фелонию. Благодаря сбивающему с толку «мотыльковому голосованию» в округе Палм-Бич, три тысячи пожилых еврея ошибочно проголосовали за представителя правого крыла республиканцев Пэта Бучанана, вместо Гора. Кроме того, в нескольких районах с преобладанием чернокожего населения, устаревшая техника, применяемая при голосовании, не смогла проколоть необходимые дырочки, оставив тысячи бюллетеней негодными, с так называемыми «беременными» или «висящими» кусочками бумаги, выбиваемыми при перфорации.
Конституция традиционно интерпретировалась таким образом, чтобы превратить соревновательные выборы в скорее политическое, чем судебное мероприятие; таким образом Конгресс принял решение относительно тупикового решения, возникшего в 1876 г. Тем не менее, вероятно, частично из-за того, что официальный представитель штата Флорида, наблюдавший за проведением выборов, Катерина Харрис также занимала должность председателя избирательной кампании Буша, в то время как Гор сам в качестве вице-президента имел бы решающий голос, если бы дело было передано на рассмотрение в Сенат, к решению об итоге выборов были привлечены суды. У Гора были многочисленные весомые моральные аргументы, включая большинство голосов избирателей, но имелось меньше доводов, подкрепленных законом. Поэтому в том, чтобы устанавливать новые стандарты законности при пересчете голосов, было мало смысла.
Пересчет голосов начался и закончился в соответствии с чередой поступавших решений судов до того, как консервативно настроенный Верховный суд 12 декабря вынес вердикт о недостатке времени для проведения полного пересчета и необходимости принять существующие цифры. Буш выиграл президентскую гонку с соотношением 271 против 267 голосов коллегии выборщиков. Обвинения в том, что он «украл» выборы, серьезно ухудшили его положение в самом начале президентского срока, в то время как власти Верховного суда были серьезно предупреждены относительно восприятия его правления как незаконного. Но в связи с событиями 11 сентября 2001 г. оба эти вопроса ушли на задний план.
1999 г. 19 января Клинтон выступает в Конгрессе с ежегодным посланием о положении Союза, говоря, что все по-прежнему и никоим образом не упоминая о процедуре импичмента, проводимой в тот момент в Сенате.
12 февраля Сенат голосует за представление двух оснований для импичмента. Голоса относительно обвинения в лжесвидетельстве распределяются следующим образом: 55 — невиновен, 45 — виновен. По поводу обвинения в противодействии правосудию количество голосов делится поровну — 50 на 50. Для объявления импичмента требуется набрать две трети голосов за, и президента Клинтона оправдывают.
В марте, вслед за рядом попыток со стороны США сдержать разрушительные действия правительства Сербии во главе с президентом Милошевичем относительно албанского населения в Косово, НАТО решается на проведение широкомасштабной военной кампании в Европе, первой такого размаха со времен Второй мировой войны, известной как операция «Союзная сила». Бомбовые удары продолжаются до 8 июня, в ходе обстрела случайно повреждено посольство Китая в Белграде (за что впоследствии США выплатят компенсацию в размере 28 млн долл.). Вследствие проведенной операции сербы выведут свои войска с территории Косово.
20 апреля двое учеников застрелили пятнадцать учащихся и преподавателей в средней школе «Колумбайн» в Литтлтоне, штат Колорадо, а затем совершили самоубийство.
30 апреля США предлагают списать долги со стран Третьего мира для того, чтобы они имели возможность направить деньги, предназначенные для выплаты долгов, на борьбу с бедностью.
13 октября Сенат с небольшим преимуществом голосует за ратификацию Договора о всеобъемлющем запрещении ядерных испытаний, по поводу которого в 1996 г. Клинтон вел переговоры.
Переговоры, организованные Всемирной торговой организацией в Сиэтле в ноябре, прерываются из-за выступлений тысяч протестующих антиглобалистов.
25 ноября пятилетний кубинский мальчик Элиан Гонсалес спасен во Флориде после того, как его мать утонула во время побега в США. Кубинцы, бежавшие из страны и проживающие в Майями, подают петицию в суд, в которой просят разрешение для мальчика остаться в Америке, в то время как демонстранты на Кубе требуют его возвращения. В конце концов, он будет отправлен обратно на Кубу в июне 2000 г.
14 декабря бывший президент Картер представляет США на церемонии в честь передачи зоны Панамского канала Панаме.
2000 г. 14 января индекс Доу Джонсона, до этого остановившийся на отметке 3241,95, когда Бил Клинтон занял пост президента страны, взлетает до отметки 11722,98.
12 октября террористы атакуют военный корабль США Коул недалеко от Йемена, убив семнадцать американских моряков.
Выдержав непростую схватку с сенатором Джоном Маккейном, губернатор Техаса Джордж У. Буш, сын 41-го президента, избирается кандидатом на пост президента от Республиканской партии. Вместе с ним в избирательной компании выступает бывший государственный секретарь его отца Дик Чейни в качестве кандидата на пост вице-президента. Демократы выбирают в качестве своего представителя вице-президента Ала Гора, который проводил довольно тусклую кампанию, сознательно дистанцируясь от Била Клинтона.
В первый год своего пребывания на посту президента Джордж У. Буш намеревался вывести Америку из заключенных ранее международных соглашений и обязательств, и, как стало очевидно, стремился ввести страну в новую эру изоляционизма. Затем наступило 11 сентября 2001 г.
В то утро девятнадцать террористов, включая пятнадцать граждан Саудовской Аравии, вооруженные ножами, захватили четыре пассажирских самолета, сразу же, как только они вылетели из аэропортов Восточного побережья. Команды кораблей предположили, что они будут вынуждены изменить курс и направить самолеты к новому месту назначения. Но вместо этого сами самолеты, с количеством топлива, необходимым для совершения дальнего перелета, стали управляемым оружием. В 8 ч 46 мин самолет авиакомпании «Американ эрлайнз», рейс № 11, совершавший полет из Бостона в Лос-Анджелес, под управлением одного из захватчиков, который получил необходимые навыки управления самолетом в одной из американских летных школ, врезался в здание Всемирного торгового центра. Целых 16 мин считалось, что это несчастный случай, но затем самолет «Юнайтед эрлайнс», рейс № 175, врезался в Южную башню, служащим которой посоветовали оставаться на своих местах. Сорок минут спустя, когда по специальному федеральному приказу о чрезвычайной ситуации все американские воздушные судна были посажены на землю, третий самолет врезался в Пентагон. К тому моменту тактика террористов смертников перестала быть неожиданностью. Пассажиры четвертого самолета, услышав по сотовым телефонам о том, что произошло, предприняли отчаянную попытку обезвредить захватчиков, что привело к крушению самолета в сельскохозяйственном районе Пенсильвании в 10 ч 10 мин утра. Как потом выяснилось, этот самолет направлялся к Белому дому или Капитолию.
К 10 ч 28 мин обе башни рухнули. Многие из тех, кто находился ниже линий удара, выжили, а те, кто находился выше, а также сотни членов спасательных бригад погибли. Несколько дней встревоженные родственники не покидали то место, которое теперь называется Нулевой зоной, в надежде получить хоть какие-то известия о своих близких, однако среди руин не было выживших. Общее число жертв трагедии составило 2666 человек, погибших под обломками зданий Всемирного торгового центра, 125 в Пентагоне и 266 в четырех самолетах.