Однако положение Ермака как бека Искера было еще более непрочно, чем положение Кучум-хана. Фактически взятие Искера и Абалакское сражение привели к распаду Сибирского ханства на отдельные феодальные владения, существовавшие независимо от Искера. В этих условиях Ермак принял решение обратиться за помощью к русскому правительству.
Эта акция Ермака перевела военные действия в новый разряд: из полуразбойничьего набега небольшого казачьего отряда война перешла в ранг межгосударственной русско-сибирской войны, направленной на присоединение к Русскому государству обширного лесного края.
После поражения под Абалаком Кучум-хан отступил к Кызыл-Туре на Ишиме. Утрата контроля над Искером и на иртышском речном пути привела к фактической независимости Пелыма, Коды и других угорских объединений. Именно против слабых «княжество» обских угров и был направлен поход Ермака из Искера на север летом 1583 г., в результате которого к Русскому государству были присоединены территории по Нижнему Иртышу и Нижней Оби.
Военные неудачи сразу же усилили разброд среди татарских аристократов Сибирского юрта. В своих междоусобицах они были готовы даже обращаться за помощью к Ермаку: например, мурза Саинбахт (судя по имени, возможно, он был родственником Тайбугидов) из вражды к шейбаниду Мухаммад Кули-султану организовал поход казачьего отряда на Вагай против ставки султана. В результате этого неожиданного набега Мухаммад Кули-султан был взят в плен и немедленно отправлен в Москву. Впоследствии Мухаммад Кули-султан находился на военной службе у Бориса Годунова, Василия Шуйского, касимовских ханов Ураз Мухаммад-хана и Алп Арслан-хана б. Али-хана б. Кучум-хана и умер в Касимове в 1618 г. (где сохранилось его надгробная плита) [Вельяминов-Зернов, 1866, с. 47].
Пленение Мухаммад Кули-султана резко пошатнуло опору Кучум-хана. От подчинения хану отказался Кадыр Али-бек джалаир, который заключил союз с Тайбугидом Саййид Ахмад-беком (князем Сейдяком русских летописей) и Ураз Мухаммад-султаном б. Ундан-султаном б. Шигай-ханом — казахским султаном, нашедшим убежище при дворе Кучум-хана. Этот союз оформился окончательно к 1584 г., когда его члены начали активную борьбу против казаков Ермака.
Силы казачьего отряда таяли в столкновениях с сибирскими феодалами, существенной помощи из России не поступало. В этой обстановке в 1584 г. Ермак предпринял поход на Пелым. Вероятно, главной целью этого похода было открытие наиболее удобного — Лозьвинского — пути из Перми в Сибирь, однако поход, хотя и завершившийся разгромом и гибелью пелымского князя Патлика, не достиг цели: водный путь по Тавлде и Лозьве остался закрыт для казаков, а новый правитель Пелыма Аблегирим был настроен столь же враждебно к русскому отряду, как и его предшественник.
В планах 1585 г. для Ермака главным было пленить Кучум-хана: пока хан не находился в плену, власть Ермака в Сибирском юрте оставалась непрочной. В походе 1585 г., направленном вверх по Иртышу, Ермак погиб, а остатки его отряда (к 1585 г. уцелело 90 из 500 казаков, пришедших в Сибирь в 1582 г.) приняли решение покинуть Сибирь. Искер был оставлен казаками и вскоре был занят отрядом Али-султана б. Кучум-хана. Однако война продолжалась: пришедший (и опоздавший) на помощь Ермаку отряд воеводы И. Мансурова основал осенью 1585 г. Обский городок — первый опорный пункт русских в Зауралье. В 1586 г. воевода В. Сукин на месте древней Чимги-Туры основал Тюменский острог, а в 1587 г. Д. Чулков основал Тобольск — укрепление в 15 верстах от Искера. Русские практически беспрепятственно закреплялись в Западной Сибири.
Этому способствовала развернувшаяся в Сибирском юрте междоусобная война. После гибели атамана Ермака, в условиях фактического распада Шейбанидского Сибирского ханства, наследник Тайбугидов сделал попытку восстановить свое государство. В 1586 г. Саййид Ахмад-бек захватил Искер, изгнав оттуда шейбанидского правителя Али-султана, старшего сына Кучум-хана. Правители «княжеств» Западной Сибири охотно поддержали восстановление «своей» династии. Фактически у власти в новом Тайбугидском государстве встал триумвират: Саййид Ахмад-бек Тайбугид; Кадыр Алибек карачи джалаир, правитель влиятельного Джалаирского улуса, расположенного на нижнем течении Тобола; Ураз Мухаммад-султан, внук казахского хана, впоследствии хан касимовский (видимо, признанный остальными членами триумвирата в качестве хана Сибири). Однако русское правительство не было склонно ожидать окончательной реставрации Искерского бекства или нового возвращения Шейбанидов в Искер: его программа предусматривала окончательное присоединение территории Сибирского юрта к Русскому государству. Реализации этих планов способствовали возникшие в 1585–1587 гг. остроги в центральной части юрта на стратегически выгодных местах, прежде всего Тобольск. Уже в начале 1588 г. тобольский воевода Д. Чулков сумел хитростью пленить Саййид Ахмад-бека, Кадыр Али-бека и Ураз Мухаммад-султана — всю верхушку сибирско-татарской знати реставрированного Тайбугидского государства. Захваченные в плен сибирские аристократы были высланы в Москву, а Искерское княжество было ликвидировано. Тем не менее, война продолжалась: оставался непокоренным Кучум-хан, сохранялись независимые Пелым и Кода.