Вероятно, около 1589 г. Кучум-хан получил, наконец, какую-то помощь от Абдаллаха II. Это вызвало резкую тревогу Таваккул-хана казахского и в конечном итоге привело его к решению обратиться за помощью против Шейбанидов в Москву. Таваккул-хан предложил русскому правительству признать Казахское ханство зависимым от Русского государства при условии заключения антишейбанидского союза, направленного против Абдаллаха II и Кучум-хана [Казахско-русские, 1961, № 1–5]. Кодское княжество было нейтрализовано: его правитель Игичей Алачев был признан кодским князем и участвовал в 1594–1595 гг. в разгроме Пелыма и Конды.
Наиболее серьезным противником оставался Кучум-хан. Он неоднократно совершал набеги на русские владения в Сибири, хотя, судя по всему, к концу жизни примирился с падением шейбанидской власти на большей части территории Сибирского юрта и вел борьбу уже не за территорию, а за население, стремясь вынудить его к откочевке за пределы русских владений. Русские воеводы принимали соответствующие контрмеры: например, в августе 1591 г. на р. Ишим был разбит большой татарский отряд, в плен попал сын Кучум-хана Абу-л-Хайр-султан. Положение хана оставалось очень сложным: татарским воеводам постоянно предписывалось вести против него боевые действия, а Абдаллах II смирился с мыслью об утрате далекого сибирского вассала и перестал оказывать помощь Кучум-хану. Из повиновения хану стали выходить отдельные члены многочисленной ханской семьи, прежде всего Али-султан и Канай-султан. Сибирский юрт Шейбанидов окончательно развалился.
В 1593–1594 гг. Кучум-хан обратился к русскому правительству с предложением мира. Он гарантировал свое подчинение при условиях возвращения ему Сибирского юрта «под царскою высокою рукою» отпуска из плена Мухаммада Кули-султана. Русское правительство игнорировало мирные заверения Кучум-хана, отнеся их за счет его вероломства: зачем, если не для войны, нужен Кучуму Мухаммад Кули-султан? [Собрание, 1819, с. 9–10]. В 1595–1596 гг. Кучум-хан в последний раз обратился за помощью к Абдаллаху II, но Абдаллах II, занятый борьбой за Хорезм и, кроме того, возмущенный захватом Кучум-ханом мангытского владения Аулия-бека — вассала Абдаллаха II — отказал Кучуму в непосредственной помощи и потребовал от него немедленно вернуть Аулия-беку все его владения и заключить с ним союз для совместной борьбы против русских [Зияев, 1968, с. 9–10].
В 1596 г. русский воевода князь Федор Елецкий разбил Кучум-хана у городка Тунус. Главным результатом этого поражения был отход от хана значительной группы сибирско-татарских феодалов, увидевших бесперспективность продолжения борьбы [Собрание, 1819, с. 134]. Узнав об этом, русское правительство через пленного Абул-Хайр-султана б. Кучум-хана обратилось к хану с предложением вступить в русское подданство [Там же, с. 121]. Кучум-хан не отреагировал на этот демарш московского правительства. В 1597 г. по поручению русского правительства Кучум-хану было направлено совместное письмо Абу-л-Хайр-султана и Мухаммад Кули-султана, в котором хану, в случае перехода в русское подданство, гарантировалось либо обширные владения в Москве, либо власть над Сибирским юртом под верховной властью царя. Русское правительство выписало Кучум-хану «опасную грамоту» с гарантией свободного проезда в Москву, но Кучум-хан, вероятно, не доверявший таким русским предложениям, отказался от мирных переговоров. В 1597 г. ему удалось восстановить свою власть в некоторых районах Западной Сибири, уже подчинившихся Москве. Ответное письмо Кучум-хана русскому правительству, датированное 1597 г., показывает, что хан в любом случае не желает подчиниться Москве: по сути, в его послании содержалось предложение о равноправном мире [Нестеров, 2004, с. 281]. Естественно, что для русского правительства такое предложение оказалось неприемлемым: ему была необходима капитуляция Кучум-хана.