Политическая история государства Тайбугидов в период 1495–1555 гг. остается полностью неизвестной. Тайбугидское государство этого времени представляло собой своеобразную федерацию владений угорских племенных князей и сибирско-татарских улусных владетелей (беков, мурз и т. д.) с крайне слабой центральной властью. Вероятно, власть тайбугидских беков реально распространялась только на район Искера и на Ишимский улус — родовое владение Тайбугидов. Можно предполагать, что многочисленные племенные княжества манси и хантов (в том числе Пелым, Конда, Кода, Таборинская волость и др.) признавали верховенство бека Искера. Население земель, подвластных Тайбугидам, по русской оценке достигало в середине XVI в. 30 000 взрослых мужчин (т. е. общая численность населения составляла около 120–180 тыс. чел.; вероятно, цифра преувеличена). Распространение ислама в Сибирском княжестве только начиналось. Вероятно, правители государства считали себя мусульманами; население же, в том числе татарское, сохраняло древние языческие верования. Активных распространителей ислама среди тайбугидских правителей не нашлось.
Середина XVI в. стала переломной в истории Сибирского юрта в целом и Тайбугидского государства в частности. Присоединение ханств Поволжья к Российскому государству в 1552–1556 гг. превратило Сибирский юрт в непосредственного соседа русских владений не только на Северном Урале, но и на протяжении всей западной границы. Тайбугиды утратили возможность прямой связи с мусульманскими государствами Крыма и Турции, а также потеряли поддержку правителей Казани, не заинтересованных в восстановлении власти Шейбанидов в Сибири. Угроза шейбанидского вторжения резко усилилась, особенно после сближения наследников Сибирских Шейбанидов Кучум-хана и Ахмад Гирей-хана с правителями Мангытского (Ногайского) улуса и Казахского ханства.
В этих условиях Йадигар-бек Тайбугид попытался заручиться поддержкой русского правительства: в январе 1555 г. в Москву прибыла сибирская миссия с просьбой о принятии Сибирского государства в русское подданство. По числу взрослых мужчин послы согласились выплачивать России ежегодную дань в 30 000 соболей. Иван IV торжественно согласился принять Сибирь «под свою государеву руку». Иван IV включил в свой титул слова «и всея Сибирския земли повелитель» [ПСРЛ, 13, 1957, с. 248], но реальной помощи сибирским бекам не оказал. Однако расчеты обеих сторон соглашения не оправдались. На протяжении 1556–1557 гг. Россия и Сибирь обменивались миссиями, причем русские послы ограничивались требованиями выплаты дани и задолженности по дани, а сибирские послы требовали военной помощи и привозили дань в очень небольших размерах (всего было доставлено 1870 соболей вместо 60 000), ссылаясь на то, что Сибирь «воевал шибанской царевич и людей поимал многих». В 1557 г. посол Йадигар-бека Истемир доставил в Москву грамоту бека, который гарантировал выплату дани и сохранение вассальной зависимости Сибирского княжества от Москвы, а также вновь обращался с просьбой о военной помощи. В дальнейшем переговоры не велись: правительство Ивана IV ограничилось включением в царский титул слов «и всея Сибирския земли повелитель» и, убедившись в невозможности получения значительной дани, фактически отказало Тайбугидам в помощи. Со своей стороны, тайбугидские правители вели борьбу с наступлением Шейбанидов на Западную Сибирь и не имели возможности продолжать бесплодный диалог с Москвой.
В 1563 г. Искер пал. Беки Йадигар и Бекбулат были убиты, их наследник Саййид Ахмад-бек (Сейдяк русских летописей — сын Бекбулата) был отправлен в Среднюю Азию. Тайбугидское государство прекратило существование.