На перший погляд, розпочалася розбудова досить стрункої і зваженої системи управління, проте майже з самого початку свого функціонування вона стала давати збої. Механізм влади або ж пробуксовував при прийнятті рішень, або гальмував практику реформування, або не забезпечував належного соціального захисту населення, або самоусувався від керівництва господарськими процесами. Внаслідок цього замість цивілізованого і демократичного розподілу влад виникло двовладдя, а згодом три центри влади — Президент, Верховна Рада та Уряд. Причому складові владної тріади виявилися далеко не рівноправними. За оцінкою експертів Національного інституту стратегічних досліджень (1993), криза влади в Україні значною мірою була зумовлена кризою існуючого державного ладу, його несистемним характером. В основі державного устрою республіки лежало, по суті, механічне поєднання елементів парламентської республіки, президентського правління і радянської влади, що зумовлювало чимало внутрішніх протиріч.
Найслабшою ланкою в трикутнику протистояння центрів влади був уряд, який не мав достатньої самостійності та свободи дій, але в критичні моменти перетворювався на головного винуватця; ставав своєрідним політичним громовідводом для зняття соціального напруження. Верховна Рада 12 скликання за час свого функціонування змінила чотири уряди — В. Масола (травень — жовтень 1990р.), В. Фокіна (листопад — жовтень 1992р.), Л. Кучми (жовтень 1992—вересень 1993 р.), Л. Кравчука — Ю. Звягільського (вересень 1993—червень 1994 p.).
Жорстке протистояння лягло в основу відносин між Президентом і Верховною Радою. Український парламент, надавши Президентові значні повноваження для практичного державотворення, одразу почав їх обмежувати. Л. Кравчука намагалися максимально позбавити впливу на вирішення внутрішніх проблем і локалізувати його компетенцію міжнародною сферою. Вже в січні 1992 р. відбулося закрите засідання президії Верховної Ради з участю Президента і прем'єр-міністра, на якому розглядалося питання про структуру державного управління в Україні. Під час обговорення тодішній Голова Верховної Ради І. Плющ, звертаючись до Л. Кравчука, запропонував йому таку альтернативу: «Є два шляхи. Сьогодні в нас записано не в Конституції, а в Законі про Президента, що Президент є глава держави і глава виконавчої влади. Якщо ви хочете бути таким… — управляйте всім і вся. Я вам цього не раджу. Є другий шлях. Обирайте найпрестижніше місце у Києві… і представляйте державу».
Президент не дуже поспішав скористатися всією повнотою наданих йому повноважень. Водночас Л. Кравчук періодично вдавався до спроб шляхом концентрації влади зміцнити свої позиції всередині держави. У травні 1993 р. він виступив з пропозиціями, суть яких полягала в тому, що Президент формує уряд, бере на себе безпосереднє керівництво Кабінетом Міністрів, тобто реально очолює виконавчу владу. Парламент зосереджує свою увагу на прийнятті законів, постанов та здійснює тільки повноваження, передбачені Конституцією. Характерно, що Президент не ставив питання про додаткові повноваження. Верховна Рада мала надати йому лише одне право: видавати укази з невизначених, неврегульованих економічних питань, які втрачають силу після прийняття Верховною Радою відповідних законів.
Під час свого виступу в парламенті Л. Кравчук, намагаючись досягти бажаної мети, вдався навіть до такого аргументу: «Зрештою, я маю право на звернення до народу, щоб пояснити свою позицію». Проте Верховна Рада його не підтримала.
Протистояння Президент — Верховна Рада мало місце не тільки в центрі, а й у регіонах, де воно набуло форми конфлікту між місцевими радами та органами місцевої державної адміністрації. Останні були створені навесні 1992 р. відповідно до Закону України «Про представника Президента України» та Положення «Про місцеву державну адміністрацію», затвердженого Указом Президента. Запровадження посади представника Президента, формування апарату місцевої державної адміністрації були спробою реформувати радянську систему, створити жорстку виконавчу вертикаль, підпорядковану Президентові, та здійснити реформування місцевої влади не вдалося. Верховна Рада 1994 р. ліквідувала місцеві державні адміністрації і повернула державну владу на місцях радам народних депутатів та їхнім виконкомам.
Отже, на початковому етапі державотворення (1991 — перша половина 1994 р.) в процесі розбудови та становлення владних структур визріла криза, яка виявилася в низці негативних тенденцій: