Складність питання про місцезнаходження і час виникнення першої Січі полягає в тому, що стихійно прибуваючі на Запорожжя козаки будували в різних місцях так звані «городці» та засіки або ж «січі» з повалених дерев для захисту від ворожих нападів. Проте такі імпровізовані населені пункти були слабоукріпленими і тому під натиском ворога досить швидко припиняли своє існування, не лишаючи після себе згадки, зафіксованої в історичних джерелах. Заснування першої Запорозької Січі історики, як правило, пов'язують з ім'ям козацького ватажка Дмитра Вишневецького.
Вишневецький Дмитро (Байда, 1516–1563) — один із перших відомих в історії українського козацтва гетьманів, нащадок великого князя литовського Ольгерда. У 1551 р. — черкаський і канівський староста, організатор відсічі татарським нападам. У1560 р. — на службі в московського царя Івана Грозного, у 1561 р. повертається в Україну. У1563 р. здійснив військовий похід до Молдавії. Через зраду одного з молдавських претендентів на владу козацьке військо зазнало поразки, а сам гетьман потрапив у полон, був відправлений до Стамбула і там страчений.
Під його керівництвом протягом 1552–1556 pp. на о. Мала Хортиця було побудовано фортецю, мури якої не тільки гарантували безпеку, а й надалі стали своєрідною базою для здійснення походів на Крим, осередком згуртування запорозького козацтва.
З часом на Запорожжі сформувалася нова українська (козацька) державність, яку називають праобразом справжньої держави. Головними ознаками держави є існування особливої системи органів та установ, що виконують функції державної влади; право, що закріплює певну систему норм, санкціонованих державою; певна територія, на яку поширюється юрисдикція даної держави. Січі були притаманні усі ці ознаки. Специфічні історичні умови та обставини життя запорожців помітно вплинули на процес самоорганізації козацтва, зумовивши неповторний імідж козацької державності. Вищим законодавчим, адміністративним і судовим органом Січі була січова рада, її рішення були обов'язковими до виконання. Як правило, рада розглядала найважливіші питання внутрішньої та зовнішньої політики, проводила поділ земель та угідь, судила злочинців, що вчиняли найтяжчі злочини та ін. Важливою функцією ради було обрання уряду Січі — військової старшини, а також органів місцевої влади — паланкової або полкової старшини. У різні часи чисельність козацької старшини була не однаковою й інколи становила понад 150 осіб. До цієї групи козацтва входили: військова старшина — кошовий отаман, військовий суддя, військовий осавул, військовий писар та курінні отамани; військові служителі: хорунжий, бунчужний, довбиш, канцеляристи та ін.; похідні та паланкові начальники — полковник, писар, осавул та ін. Старшина зосереджувала у своїх руках адміністративну владу та судочинство, керувала військом, розпоряджалася фінансами, представляла Січ на міжнародній арені.
Крім власних органів державного управління, в Січі функціонувало також власне козацьке право, яке було не писаним законом, а «стародавнім звичаєм, словесним правом і здоровим глуздом». Це пояснюється відсутністю традиції, оскільки козаки мали того часу порівняно коротку історію; перманентною воєнною конфронтацією, яка не давала змоги зосередитися на внутрішньому житті; побоюванням запорозьких козаків, що писані закони змінять та обмежать їхні свободи. Козацьке право фіксувало ті відносини, що уклались у Січі: утверджувало військово-адміністративну організацію (38 військових куренів і 5–8 територіальних паланок), зумовлювало правила військових дій, діяльність адміністративних та судових органів, порядок землекористування, укладання договорів, визначало види злочинів та покарань. Запорожжя мало і свою територію, яка називалася «землями Війська Запорозького». Розташовуючись на території Дніпропетровської, Запорізької, частково Херсонської, Кіровоградської, Донецької, Луганської та Харківської областей, Запорозька Січ у XVIII ст. за розмірами площі наближалася до острівної Англії. Територія Запорожжя постійно змінювалася, кордони переносилися. Проте це не може стати на заваді визнання козацької державності, оскільки у багатьох кочових народів кордони були постійно рухливими, а існування державності все ж таки визнавалося.