Починати реалізацію своїх планів гетьманові довелося в дуже складних умовах: Правобережжя того часу справді являло собою руїну, втрати населення сягали 65–70 %; на гетьманську булаву претендували ще двоє —Дрозденко і С. Опара; поглиблювався розкол суспільства; ускладнювалася геополітична ситуація.
Спочатку, заручившись нейтралітетом Польщі, П. Дорошенко зміцнив свої внутрішні позиції й переміг своїх суперників у боротьбі за владу. Проте вже того часу відносини з Польщею були досить своєрідними: декларуючи свою прихильність, правобережний гетьман водночас відмовляв у розміщенні польських залог на його території, вимагав скасування унії, зменшення податкового тягаря та ін.
Андрусівське перемир'я (20 січня 1667 р.) між Польщею та Росією, укладене на 15,5 років, ставило під загрозу стратегічні об'єднавчі плани гетьмана. Відповідно до його умов територія козацької України поділялася на три частини: Лівобережжя закріплювалося за Росією, Правобережжя — за Польщею, а Запорожжя потрапляло під спільне управління обох країн. Тому українське територіальне питання набуло міжнародного характеру. Намагаючись зміцнити свої внутрішні позиції, П. Дорошенко здійснює кілька реформаційних кроків: починає систематично скликати військову раду, щоб заручитися народною підтримкою, створює постійне наймане військо, так звані сердюцькі полки, забезпечуючи цим незалежність від козацької старшини. На кордоні проводить нову митну лінію, розпочинає випускати власну монету, енергійно заселяє спустошені окраїни Правобережжя.
Активною була і зовнішньополітична діяльність П. Дорошенка. Спочатку, спираючись на підтримку татар, він намагається витіснити поляків з Правобережжя і водночас проводить переговори з Росією. Основна мета переговорів — повернення в повному обсязі прав і вольностей Війську Запорозькому, возз'єднання у межах єдиної держави усіх етнічних українських земель по Перемишль, Львів, Галич і Володимир. Однак ці переговори закінчилися безрезультатно.
Відкрите збройне протистояння з Польщею, непоступливість Росії змусили П. Дорошенка шукати підтримки в Оттоманської Порти та порозуміння з гетьманом Лівобережжя І. Брюховецьким. Восени 1667 р. під тиском об'єднаних турецько-козацьких військ польський король визнав суверенітет гетьманату на Правобережній Україні. Ці успіхи посилили протурецьку орієнтацію П. Дорошенка. У серпні 1668 р. у відповідь на турецьку пропозицію прийняти підданство султана на умовах «удільності» (подібно Кримському ханству) він направляє до Стамбула свою делегацію, що мала на меті домогтися гарантії забезпечення єдності українських земель у межах національної держави.
Зміцнивши свої позиції на Правобережжі, відчуваючи за спиною підтримку могутньої держави, П. Дорошенко разом з військом переходить на лівий берег Дніпра і після вбивства козаками І. Брюховецького 1668 р. його проголошено гетьманом усієї України. Мети було досягнуто, але цей успіх не вдалося закріпити надовго, оскільки він був наслідком складних політичних комбінацій і майстерного балансування П. Дорошенка як у внутрішній, так і в зовнішній політиці. Зведена гетьманом будова мала надзвичайно слабку конструкцію і достатньо було вийняти бодай одну цеглину з її фундаменту, щоб вона похитнулася, чим і скористалися вороги. Спочатку польська воєнна активність змусила гетьмана, залишивши Лівобережжя, поспішати на правий берег Дніпра. У цей час не зацікавлені в зміцненні української державності татари підтримали претензії на гетьманську булаву П. Суховія, якого висунуло Запорожжя. Ситуацію ще більше ускладнив наступ російських військ, внаслідок якого значна частина лівобережної старшини на чолі з наказним гетьманом Д. Многогрішним змушена була визнати верховенство царя. Аналізуючи перебіг подій, один із сучасних дослідників пише: «Між собою українці воюють, здається, з більшим завзяттям, як із чужинцями, котрі приходять на їхню землю й успішно її грабують, плюндрують та поневолюють».
За тих обставин П. Дорошенко посилює протурецьку орієнтацію. Корсунська генеральна старшинська рада (березень 1669р.) погоджується на офіційне прийняття турецького протекторату, хоча і відмовляється від принесення присяги турецькому султанові. Влітку 1672 р. Оттоманська Порта розпочала воєнні дії проти Польщі, Правобережна Україна знову стала театром воєнних дій, а П. Дорошенко змушений був виступити на турецькому боці. Від перемоги Туреччини гетьман майже нічого не виграв, адже відповідно до Бучачського мирного договору Порта отримала Подільське воєводство, а за ним визнавалася територія «у старих кордонах». Більше того, Туреччина дедалі наполегливіше прагне перетворити Україну на безправного васала. Наприкінці 1672 р. Порта вимагає від гетьмана руйнації усіх фортець, за винятком Чигирина, сплати данини, роззброєння населення.