Не маючи змоги самотужки вгамувати непокірних магнатів, польський уряд звернувся по допомогу до Росії. На Правобережжя для боротьби з конфедератами вступає російське військо на чолі з генералом М. Кречетниковим. Місцеве українське населення сприйняло появу російських збройних формувань як допомогу в боротьбі проти офіційної польської влади. Блискавично набула поширення чутка про те, що нібито Катерина II видала «золоту грамоту», в якій закликала селян до боротьби з польською шляхтою. Всі ці обставини сприяли розгортанню та поглибленню селянсько-козацького виступу на Правобережжі.
Навесні 1768 р. запорожець М. Залізняк сформував під Чигирином повстанський загін, його ядром були запорожці, навколо яких об'єдналися тисячі селян. На бік повсталих перейшов уманський сотник І. Гонта зі своїми козаками. Повстанці взяли Умань — міцну фортецю, одну з опорних точок польської шляхти в цьому регіоні, що стало переломним моментом у розгортанні Коліївщини. Ця перемога робила досить реальною перспективу розростання гайдамацького руху як у західному, так і в східному напрямках, що означало його поширення не тільки на власне польські землі, а також і на Лівобережжя.
Катерина II чудово розуміла, що в основі Коліївщини лежать не лише національно-визвольні змагання та релігійне протистояння. Важливою складовою цього руху була антифеодальна боротьба, і тому попадання на російський ґрунт навіть іскри гайдамацького руху спричинили б серйозні соціальні наслідки: російські селяни також могли піднятися проти феодалів. Непокоїла російський уряд й участь у гайдамацькому русі російських селян, міщан і навіть солдатів, які після повернення на батьківщину могли стати носіями небезпечних для правлячих кіл ідей, організаторами антиурядових акцій. До того ж тактика доброзичливого ставлення до гайдамаків ускладнила російсько-турецькі відносини, оскільки повстанці, переслідуючи шляхту і євреїв, перейшли кордон і спалили турецьке місто Балту. Цей інцидент викликав бурхливий протест турецького султана, кримського хана та молдавського господаря. Причому Туреччина загрожувала навіть війною, до якої Росія у той час не була готова. Усі ці фактори зумовили зміну тактики російського уряду стосовно гайдамацького руху — після зближення з Польщею Росія розпочинає в другій половині червня 1768 р. каральні акції проти повстанців. Підступно були схоплені М. Залізняк та І. Гонта. Протягом липня — серпня було розгромлено більшість гайдамацьких загонів, але остаточно Коліївщина була придушена лише навесні 1769 р.
Жорстоко і люто розправилася з повстанцями Польща. Лише в містечку Кодні (поблизу Житомира) поляки знищили 3 тис. осіб. І. Ґонту після жахливих тортур (здерто смуги шкіри) було порубано на частини, а його голову прибито до воріт Могилева. Що стосується гайдамаків — підданих Росії, то їхнє покарання мало характер демонстрації. Росія мусила переконати турків і поляків у своїй непричетності до виникнення Коліївщини. Саме тому частина вироків гайдамакам була здійснена або ж на польській території, або на турецькому кордоні. Водночас, чудово розуміючи, що жорстокі репресії проти повстанців зашкодять іміджу Росії в очах українців Правобережжя, російський уряд в останній момент замінює М. Залізняку та 250 гайдамакам смертний вирок довічним засланням до Сибіру.
Росія постійно проводила двозначну політику щодо соціальних рухів на Правобережжі. Це пояснюється тим, що, з одного боку, вона бачила в гайдамаччині засіб дестабілізації та ослаблення Польщі, з іншого — не хотіла, щоб цей антифеодальний рух поширився на російську територію. Стратегічною метою імперської політики Росії було встановлення цілковитого контролю над правобережними землями, але здійснити ці плани їй вдалося лише наприкінці XVIII ст. Внаслідок другого поділу Польщі (1793) до Росії відійшли Київщина, Східна Волинь, Поділля, Брацлавщина, а після третього поділу (1795) під владу російського царя відійшла і Західна Волинь. Незабаром на інкорпорованих землях було утворено Київську, Подільську та Волинську губернії.
Безумовно, об'єднання в межах однієї держави більшості українських земель (майже 80 %), етнічне возз'єднання лівобережних та правобережних українців, поновлення позицій у суспільстві православної церкви сприяли консолідації української нації. Однак наприкінці X VIII ст. автономії Лівобережжя не існувало, і тому Правобережжя з-під влади одного іноземного уряду потрапило під владу іншого, що не могло забезпечити повноцінний, динамічний розвиток краю.