В весьма серьезную проблему вылилось даже сокращение реестра с трех до одной тысячи человек, поскольку денег в казне для выплаты обещанной реестровцам платы не было, а шляхта, убедившись в уменьшении угрозы турецкой войны, платить необходимые для ее наполнения налоги отказывалась. Точно так же игнорировались и выданные накануне реестровой старшине нобилитации и земельные пожалования.
В августе 1591 г. Косинский выступает с обращением, призывая казачество силой оружия добиваться справедливости. К концу года ему удается штурмом овладеть Белой Церковью, существенно пополнив при этом запасы оружия и продовольствия. Тем временем стихийное возгорание восстания приводит к тому, что в течение следующего года под контролем восставших оказывается не только Киевщина, где казачество овладело Переяславским и Киевским замками, но и Брацлавщина и даже часть Волыни. В августе князь К. Острожский во главе своих надворных войск безуспешно пытается подавить выступление. Это еще более усиливает позиции восставших, и казацкие порядки внедряются на территории Волыни и северо-западной части Подолья.
Решающую роль в победе над восставшими сыграла шляхта украинских воеводств, возглавляемая киевским воеводой князем К. Острожским. 2 февраля 1593 г. в генеральном сражении под городком Пятка на Волыни казачество потерпело поражение, вынудившее Косинского принять капитуляцию. Впрочем, учитывая тот факт, что победа шляхты не была тотальной, а казачество имело достаточно сил для продолжения сопротивления, акт капитуляции по своему духу был весьма либеральным. Согласно достигнутым договоренностям, восставшие просили прощения у короля и Речи Посполитой за учиненный вред, обещали верно служить монарху и его администраторам, самовольно не ходить в походы на соседние земли, отойти за Днепровские пороги, отчислить из войск всех княжеских слуг, примкнувших к выступлению, а также возвратить прежним хозяевам захваченное имущество и оружие.
Весной 1593 г. Косинский предпринимает попытку реанимировать восстание, выступив с Запорожской Сечи на волость (за пределы территории Сечи). Однако после того как во время подготовки к штурму Черкасс от рук слуг черкасского старосты князя А. Вишневецкого Косинский погибает, восстание идет на убыль. Впрочем, инерция выступления сохраняет свою устрашающую силу, и Вишневецкий вынужден, усмиряя выступления, предложить казачеству довольно приемлемые условия капитуляции. В частности, запорожцы получали право свободного выхода на Днепровский Низ, участникам восстания гарантировалась амнистия, а черкасский староста обязывался возвратить отобранное у казаков имущество и лошадей.
Тем временем Европа стояла накануне большой войны с османами, инициированной папой Климентом VIII и императором Священной Римской империи Рудольфом II Габсбургом. Акции украинского казачества вновь стремительно пошли вверх. Весной 1593 г. в Запорожскую Сечь прибыл посол императора Эрих Ляссота, передавший казачеству императорское жалование и хоругвь с символами императорской власти, а взамен призывая присоединиться к Священной Лиге, готовящей войну с Османской империей. Осенью того же года к участию запорожцев в борьбе с магометанами призывает специальный посланник папы римского А. Комулович, на которого было возложено задание организации антиосманской коалиции в составе Молдавии, Трансильвании, Валахии и Войска Запорожского.
Руководство Речи Посполитой, помня о турецкой угрозе, очень осторожно отнеслось к своему участию в Лиге. Более решительными в этом отношении были украинские князья. В частности, активным приверженцем мобилизации казачества на борьбу с турками был киевский воевода Я. Острожский. Казачество также стремилось к участию в антиосманской борьбе. Во многом этому способствовало татарское вторжение на украинские земли. Воспользовавшись отсутствием основных сил запорожцев, занятых в сражениях, в 1593 г. татарам удалось захватить и разорить Сечь.