Самая ужасная резня проходила в октябре 1941 года в сербских городах Кралево и Крагуеваце. Подразделения 717-й пехотной дивизии расстреляли в течение нескольких дней от 4000 до 5000 заложников мужского пола в качестве мести за нападения четников. Майор Эберхард Вильдермут был в то время в Кралево. В доверительной беседе в лагере для пленных Трент-парка он настаивал на том, что никогда не исполнял приказ об искуплении каждой смерти немецкого солдата жизнями сотни сербов. Говорил ли Вильдермут, который без сомнения был противником национал-социалистического режима и после войны стал федеральным министром строительства в кабинете Аденауэра, правду или он все же участвовал в массовом убийстве в Кралево, по переданным делам установить не удается. Он только записал в дневник: «Кралево стал мертвым городом. Жестокость наших ответных мер страшна».
Немецкие репрессии стали шоком для повстанцев. Драголюб Михайлович все больше сомневался в целесообразности мятежа, так как последствия для гражданского населения были разрушительными. К этому добавлялось и то, что между коммунистическими партизанами Тито и роялистским движением четников тем временем разразилась гражданская война. Поэтому в декабре 1941 года сербское восстание окончилось провалом.
Схожий — с немецкой точки зрения успешный — эффект имела борьба с партизанами в Греции. В Фессалониках в октябре 1941 года армия вермахта сожгла несколько деревень и уничтожила 488 гражданских лиц. Эти военные преступления привели к времепному крушению партизанского движения герильи в этом районе.
Конечно, Югославия и Греция не могли смириться с этим. В 1942 году снова вспыхнули действия оппозиционеров. Вплоть до освобождения во второй половине 1944 года на Балканах и прежде всего в Югославии бушевала жестокая партизанская война. Наряду с борьбой против немецких, итальянских и болгарских оккупантов коммунистические партизаны Тито, сербские четники и союзный с державами «оси» хорватский режим усташей вели кровавые бои между собой. Запутанная ситуация в некоторой степени могла бы разрешиться только посредством политического решения, которое Гитлер принимать, конечно же, не хотел. Жестокие репрессии запустили волну насилия, которую невозможно было остановить. Массовые расстрелы заложников, сжигания деревень, убийства непричастных гражданских лиц, уничтожение пленных оставались на повестке дня, хотя борьба против отлично оснащенных и по-военному четко организованных партизан едва ли отличалась от регулярных боев на линии фронта. Военные преступления регистрировались только тогда, когда они имели политические последствия, например, если были убиты гражданские лица в союзническом государстве Хорватии. Немецкие солдаты воспринимали Югославию в значительной степени как нелегальную зону, в которой царил закон сильнейшего. Число жертв из-за смешения партизанской и гражданской войн до сегодняшнего дня сложно определить. По оценкам военного историка Клауса Шмидера, из миллиона югославских военных жертв 300–350 тысяч погибли в ходе немецкой борьбы с партизанами. Треть из них — это непричастные гражданские лица.