Положение фессалоникских братьев скоро изменилось к худшему: в августе 864 г. Людовик Немецкий с большим войском вторгся в Моравию, и Ростислав, осажденный в своей столице, вступил с ним в переговоры, дал заложников и принес клятву верно служить немецкому королю. Вскоре после этого Болгария стала союзницей империи; исчезла важнейшая побудительная причина
византино-моравского союза, и правительство Михаила III перестало уделять моравской миссии внимание. По-видимому, у братьев родилась мысль просить поддержку папского престола.
867 год принес изменение политической ситуации: и новый папа, Адриан II, и новый император, Василий I, готовы были к примирению. Константин и Мефодий прибыли в Рим, где Адриан II, хотя и чрезвычайно осторожно, стал оказывать помощь моравской миссии: он распорядился посвятить учеников Константина и Мефодия в священнический сан, а самого Мефодия в епископы27и даже позволил несколько раз совершить богослужение на славянском языке в самом Риме. Тут-то в Риме в феврале 869 г. Константин, постригшийся перед смертью в монахи и принявший монашеское имя Кирилла, умер. Мефодий же, получив официальное разрешение отправлять богослужение на славянском языке, уехал в Моравию.
Тем временем произошли два события, которые значительно повлияли на положение моравской церкви: во-первых, в августе 869 г. Ростислав, одержав победу над немцами, добился политической независимости Великоморавского княжества; во-вторых, папство, затянув решение о посылкев Болгарию архиепископа, потеряло Болгарию. Поэтому Адриан II, стремясь сохранить под своим контролем моравские земли, создал новую Паннонскую епархию и поставил во главе ее Мефодия как архиепископа Паннонии. Вскоре политические неудачи поставили под угрозу самое существование новой архиепископии. В Моравии произошел переворот, Ростислав был выдан немцам и передан суду, как вассал, поднявшийся против своего сеньора; ослепленный, он кончил жизнь в одном из баварских монастырей. Вслед за тем, осенью 870 г., состоялся собор баварских епископов, где в присутствии Людовика Немецкого Мефодий был осужден (не считаясь с решением Адриана II, епископы обвинили Мефодия в том, что он действует в области, подчиненной баварской церкви) и заключен во Фрейзингенский монастырь.
Возможно, что как раз в это время византийское правительство сделало попытку еще раз вмешаться в дела Моравии. В 872 и 873 гг. к Людовику Немецкому было отправлено два посольства из Константинополя; второе посольство возглавлял архиепископ Агафон — по-видимому, тот самый, который подписал в 879 г. акты Константинопольского собора как архиепископ Моравии. Весьма вероятно, что еще до 873 г. Агафон был рукоположен в архиепископы Моравии: если это так, можно было бы сделать вывод, что создание Паннонской архиепископии, подчиненной Риму, вызвало противодействие в Константинополе — и как бы в противовес этому была создана другая архиепископия Моравии, возглавляемая Агафоном28. В свете этих событий (восстановление которых остается, однако, гипотетическим) получили бы объяснение действия папской курии: свыше двух лет она мирилась с арестом Мефодия, но в мае 873 г. папа поспешно отправил своего легата в Германию и добился освобождения Мефодия и восстановления его на архиепископском престоле.
Впрочем, ни папству, ни константинопольскому патриаршеству не удалось удержать под своим влиянием моравскую церковь. «Моравская архиепископия» константинопольского патриархата, видимо, существовала лишь на бумаге; Мефодий же, хотя и действовал в Моравии, был скован интригами немецкого духовенства, находившего поддержку у нового князя Святополка. После смерти Мефодия в 885 г. славянское богослужение в Моравии было прекращено, а его ученики изгнаны из страны и нашли пристанище в Болгарии. В начале X в. перестало существовать и Великоморавское княжество, сокрушенноенатиском венгров. И хотя воздействие немецкого духовенства, а затем венгерское вторжение свело почти вовсе на нет и византийское культурное влияние, и зародившуюся славянскую литературу в Моравии, однако ученики Мефодия продолжали свою деятельность на болгарской территории, способствуя здесь расцвету славянской литературы на рубеже IX и X вв., в период политического подъема страны при Симеоне.
Византийскому правительству приходилось постоянно следить за племенами, населявшими Причерноморские степи. Во второй половине IX в. области от Дона до устья Дуная заселяли