Трудности, с которыми сталкивалось правительство во второй половине VII в., можно понять на примере временного изменения роли чиновников, именовавшихся коммеркиариями (kommerkiarrioi), прежних comites commerciorum. Прежде подчинявшиеся «сакральной казне», они в середине VI в. перешли в распоряжение префектов претория, и до начала VII в. их основная роль состояла в контроле за производством и продажей шелка, являвшимися государственной монополией. Позднее они становятся ответственными за военное интендантство и за сбор натуральных налогов. Таким образом, kommerkiarrioi и связанные с ними склады представляют собой учреждение, прежде ведавшее государственным производством и продажей предметов роскоши, но в результате административного кризиса середины VII в. сделавшегося ответственным за важнейшее дело снабжения армии, по всей видимости, залатав тем самым брешь, с которой, видимо, не смогли справиться префектуры. Такая структура сохранялась вплоть до административных реформ Льва III (717–141).
Примерно с 730–731 гт. роль отдельных kommerkiarrioi начинает постепенно урезаться. Вместо высокопоставленных, наделенных широкими полномочиями коммеркиариев, связанных со складами (apothkkai), появляются имперские коммеркии (kommerkia), исполняющие родственные, но более ограниченные обязанности по крайней мере до 830-х гг.; сами же kommerkiarrioi действуют теперь вместе с провинциальными военными властями в районе портовых центров, превратившись в своего рода таможни, контролирующие внешнюю торговлю империи. Свидетельством дальнейшей эволюции византийской фискальной системы стало появление в провинциях и военных округах-фемах фискальных чиновников-диокетов (dioiketai), собиравших налоги, которые учитывали и проверяли эпопты (epoptai) и экзисоты (exisotai); все они находились в подчинении логофета геникон. Координацией сбора гражданских и военных податей и фискальной деятельностью в фемах занимались особые чиновники — протонотарии (protonotarios), появившиеся в 820-х гг. и несшие ответственность перед центральным финансовым департаментом — сакелл ионом (sakellion).
Эти структуры функционировали с незначительными модификациями до конца XI столетия. Начиная с этого времени сбор и контроль налогов в каждой провинции все более сосредоточиваются в руках единственного чиновника-практора (praktor), первоначально представлявшего собой мелкого фискального агента. К XII столетию практоры превращаются в координаторов сбора и контроля налогов, работавших вместе с писцами-апографами (apographeus), на которых была возложена обязанность составления подробных описей всех подлежащих налогообложению земель.
Ряд новых реформ центральных и провинциальных налоговых служб империи провел император Алексей I. Были назначены новые управители центральных служб: логофеты секрета (logothetes secreta), то есть отдельных служб, исполнявшие роль верховных контролеров; великие логариасты (logariastks), ведавшие службой налогообложения, и великие логариасты имперских владений (включая государственные приюты). Император также пересмотрел все основные налоги и реформировал чеканку монеты, значительно увеличив количество младших номиналов с учетом растущего спроса на драгоценные металлы в торговле и повседневном товарообмене.
Значительные изменения в хозяйственном управлении империей произошли также в XII столетии с распространением институции пронойи, дословно — «попечительство» или «забота» (pronoia). Этот термин в Византии означал передачу государством права собирать в определенных фискальных районах или имперских поместьях налоги, подати или арендную плату за пользование государственным имуществом, получая определенную часть этих доходов. Подобное право жаловал подданным сам император, как носитель государственного интереса, и хотя термин «пронойя» обладал широким толкованием, особенно часто она жаловалась в награду за военную службу. Этот новый институт, связанный с уступкой государства частным лицам части фискальных функций, стал частью процесса децентрализации власти в империи, о чем говорилось выше. Важно подчеркнуть, что первоначально пронойя жаловалась только в рамках правившей императорской семьи Комнинов, включая дальних родственников, и что хотя император Мануил как будто бы обращался с этим правом довольно либерально, в более широком масштабе оно распространяется лишь после событий 1204 гг. и появления в Византии феодальных институтов западного происхождения. Вне сомнения, эти события не могли не повлиять на образ жизни византийцев и, конечно, ускорили процесс расширения диапазона лиц, которым могла жаловаться пронойя. Однако пронойя предоставлялась не только отдельным лицам с широким кругом полномочий — она могла жаловаться и группам лиц иногда и с суженными правами; правительство, по крайней мере, формально, сохраняло за собой право отобрать собственное пожалование, и это пожалование почти никогда не носило наследственного характера.