Первое знакомство японцев с европейской наукой состоялось в конце 16 -начале 17 вв. через португальских миссионеров. Миссионером Ж. Родригесом, опиравшимся на позиции европейского языкознания, была написана первая общая грамматика японского языка. Миссионерами же осуществляются первые опыты транскрипции японских текстов посредством латиницы.
В конце 17 в. японская наука о языке вступает в новый этап своего развития. Переход к этому этапу связан с деятельностью буддийского монаха Кэйтю (1640--1701). Он противопоставил себя как специалиста по истории японской национальной культуры по текстам на вабуне учёным, занимающимся изучением китайской культуры и памятников на камбуне. Ему принадлежит заслуга создания последовательной исторической системы орфографии. Кэйтю целенаправленно отбирает материал и чётко осознаёт методологические принципы. В основном он ориентируется на тексты 8 в. как образцы единообразных написаний. Им предпринимается исправление таблицы годзюона с учётом реконструкции законов организации древнеяпонского слога. Он устанавливает исторически верное написание для 1986 слов. Идеи Кэйтю позднее развивает и уточняет некоторые его результаты Катори Нахико (1765).
В конце 18 в. развёртывается новая дискуссия о взаимоотношении написания и произношения. В ней участвуют Уэда Акинари, не признававший изменений в произношении и подвергавший сомнению принципы Кэйтю, и выдающийся японский учёный Мотоори Норинага (1730--1801), который считал фонетические изменения закономерными, заложил основы исторической фонетики и завершил воссоздание первоначальной структуры годзюона, уточнил некоторые орфографические принципы Кэйтю, обратил внимание и на орфографию китайских заимствований. Дальнейшее развитие идеи Мотоори Норинага в области истории орфографии получили в трудах Мурата Харуми (1801), Тодзё Гимона (1827), Окумура Тэрудзанэ, Сираи Хирокагэ. Эти достижения исторической орфографии сохраняют свою значимость и в настоящее время. Надо отметить, что Кэйтю и Мотоори Норинага заложили основы современной японской фонологии.
Письмо всегда оставалось одним из центральных объектов японского языкознания (в отличие от европейской традиции, где этим проблемам уделяется незначительное внимание). И сегодня не утратили своего значения разыскания в области истории японских систем письма, происхождения каны, манъёнганы, японских иероглифов: Араи Хакусэки (1657--1725), Иноу Монно (1754), Сюнто (1817), Окада Масасуми (1821), Баннобу Томо. Были продолжены разыскания в области истории китайской иероглифики.
Была продолжена интенсивная работа по комментированию древних памятников, толкованию непонятных слов с использованием при их толковании перевода. Стали появляться переводы древних памятников на современный разговорный язык (Мотоори Норинага). Снова проявлялся интерес к вопросам этимологии, посвящённой разысканию первичного, данного богами смысла слов. При этом приёмы этимологического анализа в Японии оказались близки тем, которые использовались в античной и средневековой Европе. Главной целью ставилось отыскать первоначальный смысл слогов, которые в японской традиции принято считать нечленимыми.
Исследования исторических изменений в лексике сводились к установлению причин "порчи" слов. Были выявлены виды лексических изменений, обусловленные фонетическими и семантическими причинами (Кайбара Эккэн, 1699; Камо Мабути).
В качестве самостоятельной дисциплины, отличной от поэтики, формируется стилистика. В этой области активно работали Араи Хакусэки (1718; исследование архаизмов и неологизмов, литературного языка, просторечия и диалектов), Банкокэй (1777; классификация стилей), Мотоори Норинага (1792; классификация стилей-жанров и распределение лексики между стилями). Ими было зафиксировано различение стилей трёх периодов -- древнего (8 в.), среднего (9--12 вв.) и нового (с 13 в.), признаны образцовыми древний стиль и стиль среднего периода, начата борьба за изгнание слов, появившихся после 12 в., как "грубых".
Лексикографическая деятельность продолжается в русле старых традиций (с учётом достижений исторической орфографии). Наиболее крупным словарём этого периода является "Вакун-но сиори", который составил Танигава Котосуга (93 тома). Появляется диалектный словарь Косигая Годзана (1775).
В русле этимологических исканий в начале 19 в. формируется первая в Японии теория происхождения языка. Её создатель Судзуки Акира (1764--1837) говорил о четырёх путях -- подражание голосу животных, подражание человеческому голосу, подражание звукам природы, изображений действий и состояний. Он отдавал предпочтение звукоподражательным объяснениям в силу богатства японского языка звукоподражательной и звукосимволической лексикой. Этот учёный отходит от представлений о том, что язык был передан людям синтоистскими богами в готовом виде.
Первые эпизодические попытки сопоставления японского языка с другими предпринимают Араи Хакусэки (сопоставление японской и корейской лексики) и Тодзё Тэйкан (возведение японского языка к корейскому). В это время господствуют убеждения в исключительности и наивысшем совершенстве японского языка, которые поддерживал ещё Мотоори Норината. В лингвистических кругах закрепляется тенденция к изучению преимущественно своего языка.
Только в 18--19 вв. грамматика превращается в самостоятельную науку, независимую от поэтики, в рамках которой началось изучение тэниоха -вспомогательных грамматических средств. В её разработке приняли участие: Сасакиба Нобуцура (1760), установивший закономерности употребления спрягающихся слов в зависимости от наличия определённых тэниоха; Мотоори Норинага (1771, 1779), систематизировавший разрозненные наблюдения над употреблением тэниоха и осуществивший их классификацию, а также построивший оригинальную классификацию спрягающихся слов по их последним слогам.
Основоположником учения о частях речи в японском языке явился Фудзитани Нариакира (1738--1779). Он установил для японского языка 4 части речи -имена, ёсои (спрягаемые слова глаголы и прилагательные) , ка 'головные украшения' -- стоящие перед словами первых двух классов, аюи 'ножные обмотки' -- служебные слова и морфемы, стоящие после слов первых двух классов. Слова первых двух классов были отнесены к основным (на основе логико-философских принципов конфуцианства), а слова двух других классов, т.е. тэниоха, к вспомогательным (на основе структурных признаков, прежде всего синтаксических). Тэниоха рассматривались как слова, не имеющие вещественного значения и выполняющие служебные функции. Была выделена особая часть речи -ёсои 'облачение', выражающая понятия действия (в одном из классов -собственно глаголов) и состояния (в другом классе -- собственно прилагательных). В рамках первого класса были выделены глаголы со значением бытия. Прилагательные были разделены по типам спряжения. Была построена классификация форм изменения ёсои, учитывающая их подразделение на типы в зависимости от наличия или отсутствия определённых показателей. Была, наконец, дана детальная классификация вспомогательных слов.
Эту тему продолжили: Кэйтю (1695), разделивший все слова на спрягающиеся и неспрягающиеся; Танигава Котосуга (1709--1776) и Камо Мабути (1769), разработавшие -- независимо друг от друга -- схемы спряжения с опорой на годзюон и предложившие системный подход к спряжению.
Судзуки Акира (1803) явился первым японцем, создавшим грамматику своего языка. Он предложил собственную классификацию форм спряжения, учитывая как фонетические изменения в конечном слоге, так и соединяющиеся с ними тэниоха. Тэниоха он объединил в одну часть речи на основе таких признаков, как отсутствие вещественного значения и самостоятельного употребления, обслуживание изменения слов и синтаксических связей. Внутреннюю классификацию тэниоха он строил на основе их отношения к словам трёх других классов --междометий, наречий и местоимений. Он исследовал спряжение прилагательных. Наконец, слогу он придал самостоятельный статус (как морфеме).
Сын Мотоори Норинага Мотоори Харунива (1763--1828) предложил классификацию спряжений глагола с учётом форм изменения в вертикальном ряду годзюона. Он сократил число форм спряжения за счёт омонимичных форм и упростил схему спряжения, провёл анализ проблемы переходности -- непереходности с учётом различий в спряжении, дал квалификацию грамматических показателей пассива, каузатива, потенциальности как глагольных окончаний, предложил семантическую классификацию глаголов. Курокава Харумура (1799--1866) уточнил трактовку переходности -- непереходности.