МиГ-23Б оборудовали комплексной системой управления, значительно повысившей безопасность полёта и обеспечившей высокую эффективность боевого применения за счёт точности управления и облегчения условий работы лётчика. Она включала в себя систему автоматического управления САУ-23Б, комплекс навигации КН-23, прицельный комплекс «Сокол-23С» (С-23), систему индикации и радиовысотомер РВ-5Р. В состав «Сокола» вошли прицел ПБК-3-23С, АСП-17 с визирной головкой С-17ВГ и лазерный дальномер «Фон».
Разработанный в московском ЦКБ «Геофизика» дальномер «Фон» являлся новинкой, обеспечивавшей высокую точность определения расстояния до цели — важнейшего параметра при прицеливании. Лазерный дальномер (или, как его тогда называли, оптический квантовый локатор) выдавал на его вычислитель прицела текущее значение дальности, бравшееся за основу при бомбометании, стрельбе и пуске ракет. В качестве передатчика использовался оптический квантовый генератор, а приёмником служил фотодиод на основе кремния. Наклонная дальность до наземной цели могла определяться в диапазоне от 400 до 5000 м и вычислялась по разнице во времени между моментом излучения и приёмом светового импульса. Подвижное зеркало «Фона», связанное с автоматикой прицела, отслеживало угол визирования подвижной марки, и его луч синхронно следовал вместе с маркой, отклоняясь на угол от 0° до -17° в вертикальной плоскости.
При атаке «Фон» включали за 5–10 с до начала прицеливания, а через полминуты после совмещения прицельной марки с целью он автоматически выключался, излучая за это время 32 импульса с частотой повторения 1 Гц. Лазерный дальномер был весьма эффективен, однако, как и все оптические устройства, обеспечивал выполнение задачи преимущественно в ясную погоду при метеорологической видимости не менее 10 км, в то время как туман, дождь, снег и, особенно, пыль или дым, обычные над полем боя, значительно поглощали луч и затрудняли работу «Фона».
В состав вооружения самолёта входил практически весь арсенал тогдашних авиационных средств поражения наземных целей — от пушки до специальных (ядерных) бомб и управляемых ракет. На МиГ-23Б сохранялась двухствольная подфюзеляжная пушка ГШ-23Л с боекомплектом 200 патронов.
Пушка являлась достаточно эффективным оружием, при небольшой собственной массе в 50 кг обладая скорострельностью до 3200 выстр./мин и обеспечивая десятикилограммовый секундный залп. ГШ-23Л могла использоваться не только в борьбе с легкоуязвимыми целями — её 180-г снаряды пробивали броню до 15 мм, позволяя поражать БТР и БМП. Предусматривалась также подвеска ещё двух таких пушек в унифицированных пушечных контейнерах УПК-23-250 с боезапасом по 250 патронов.
Неуправляемые ракеты С-5 калибра 57 мм могли применяться из 16- и 32-зарядных блоков УБ-16-57 и УБ-32, которых самолёт мог нести до четырёх штук. 57-мм ракеты предназначались для поражения не только наземных, но и воздушных целей. По замыслу, залп нескольких десятков ракет градом в состоянии был накрыть самолёт противника даже на предельных дальностях, надёжно поражая цель типа истребителя даже одним попаданием полуторакилограммового заряда. На узлах под крылом и фюзеляжем могли подвешиваться до четырёх тяжёлых НАР С-24 калибра 240 мм и массой 235 кг. С-24 комплектовались как механическим ударным взрывателем В-24А, так и радиовзрывателем РВ-24, подрывавшим ракету над целью, что значительно повышало эффективность воздействия — фугасный удар и тысячи осколков поражали цель сверху.
В то же время на МиГ-23Б не предусматривалось использование управляемых ракет «воздух — воздух». Как было сочтено, для «ударного бомбардировщика» борьба с воздушными целями не является приоритетной, а для самообороны будет достаточно пушки и НАР