К началу 1865 г. Стебут окончил диссертацию. Совет университета одобрил ее и она была напечатана. «В ней, думается мне, я в первый раз познакомил русского читателя с полезной составной частью почвы»,— писал Стебут. Университет выпустил его диссертацию отдельным изданием под заглавием «Известкование почвы».
В мае 1865 г. Стебут приехал в Смелу — владение известного основателя свеклосахарного дела А. А. Бобринского. Смелянская экономия представляла собой большое хозяйство, где сахарная свекла занимала 10% посевной площади. Здесь же проводились селекционные и опытные работы, а также практиковалось разведение леса. При экономии работал огромный по тому времени опытный свеклосахарный завод. Главным управляющим имения был Б. А. Михельсон. Вскоре Стебут женился на дочери Михельсона Екатерине Борисовне. По характеристике С. С. Коссовича, «это была нервная, болтливая, взбалмошная женщина, эгоистичная, но добрая, не обидчивая, она хотела, чтобы ее муж и дети (сын Александр, известный селекционер и почвовед и дочь Наталья, бывшая замужем за агрономом М. Ф. Арнольдом) были первыми во всех отношениях». В. С. Коссович в своих воспоминаниях пишет: «Она была живой, веселый человек, далеко не похожий на своего благоразумного, сердечного, сдержанного супруга. Выше всех она ставила своего мужа».
После свадьбы Стебут уехал в Петербург, чтобы защитить диссертацию, после чего он хотел поехать за границу.
Екатерина Борисовна Стебут
Но по приезде в Петербург ему сообщили непременное желание министра, чтобы он занял кафедру земледелия в Петровской академии. В начале октября 1865 г. Стебут был назначен исполняющим обязанности профессора Петровской земледельческой и лесной академии по кафедре земледелия.
«Около этого же времени,— вспоминал Стебут,— защищал я диссертацию. Официальными оппонентами были А. В. Советов {20} и Д. И. Менделеев. Возражения были несущественные. Тепло-отнесся к моей диссертации А. Н. Энгельгардт. Верность предполагавшегося мною значения для России известкования почвы подтвердилась опытами, производившимися Вольным экономическим обществом под руководством Д. И. Менделеева, который, представляя Обществу отчет о результатах этих опытов, весьма лестно вспомнил о моей диссертации». Стебут имеет в виду опыты, которые проводились в 1867 и 1869 гг. в Симбирской, Московской, Смоленской и Петербургской губерниях по инициативе А. П. Людоговского и по программе и под руководством Д. И. Менделеева. В своем отчете Вольному экономическому обществу в 1872 г. Менделеев говорил: «Всем известно русское сочинение И. А. Стебута „Об известковании почвы”, где рассматривается этот вопрос с надлежащею полнотою, на которую мне нельзя и решиться в этом кратком отчете... Относительно извести мне почти нечего здесь прибавлять к тому, что писал Стебут»{21}.
Одновременно с назначением профессором Петровской академии Стебута избрали депутатом от Академии на столетний юбилей Вольного экономического общества {22} вместе с В. К- Делла-Восом. Он принимал участие в первом Всероссийском съезде сельских хозяев, устроенном в связи с юбилеем Общества. «При условиях, в которых я находился,— вспоминал Стебут,— я не мог принять в нем более деятельного участия. Помню, однако, что при обсуждении доклада А. В. Советова „О системах земледелия” — части или основы его будущей докторской диссертации — мне пришлось первый раз высказать свой взгляд на различие между системой сельского хозяйства, системой полевого хозяйства и системой культуры, что было смешано в докладе, как впоследствии и в диссертации под весьма неопределенным названием системы земледелия».
Петровская академия
«21 ноября (старого стиля) 1865 г.—писал Стебут,- была, наконец, открыта Академия. В помещении, в котором должен был помещаться кабинет земледелия, был накрыт обеденный стол за отсутствием в нем чего-либо. Академия открылась без всяких учебных пособий по специальным предметам». Действительно, стены помещения, где стояли столы для приглашенных гостей, «были покрыты трофеями, составленными из снопов, кос, серпов, лопат и других сельскохозяйственных ручных орудий, чем маскировалось отсутствие важных коллекций».
С именем Стебута связан большой период жизни Петровской академии. Сначала профессором, а затем, по выслуге лет, преподавателем принимал он деятельное участие в ее работе вплоть до 1894 г., когда Академия была закрыта (и затем восстановлена под названием Московского сельскохозяйственного института). Нельзя не сказать и о первых соратниках Стебута — преподавателях Академии. Директором ее являлся Н. И. Железнов, читавший курс физиологии растений. Выдающимся работником Академии был и профессор химии П. А. Ильенков, друг Стебута; он принимал деятельное участие в устройстве Академии и преподавал в ней до 1875 г. В. К. Делла-Вос, также близкий к Стебуту, преподавал механику, впоследствии был первым директором Высшего технического училища. Профессором ботаники являлся Н. Н. Кауфман, известный автор «Московской флоры». Зоотехнию преподавал И. Н. Чернопятов, в дальнейшем соавтор «Настольной книги для русских сельских хозяев», которую выпустили Стебут и Людоговский. Наряду с другими профессорами эти лица составляли коллектив передовых ученых, обеспечивших высокий уровень преподавания в первые годы жизни Академии.
Чтение лекций в Академии началось в январе 1866 г. Вступительная лекция Стебута была в том же году напечатана в журнале «Сельское хозяйство и лесоводство».
К событиям первых лет жизни Петровской академии относится известное политическое дело Нечаева — убийство в парке Академии студента Иванова. По воспоминаниям В. С. Коссовича, это дело сильно взволновало Стебута, который должен был принять участие в суде как свидетель. «Много лет спустя я встретил женщину-агронома, которая рассказала, что ее отец был привлечен как один из участников убийства и только благодаря свидетельским показаниям Стебута избег смертного приговора».
«В Академии начались снова занятия в комиссиях по выработке разных правил применительно к новому уставу,— писал Стебут,— а так как в первое время существования Академии нас было всего двое специалистов— сельских хозяев, я и И. Н. Чернопятов, на мою долю выпадало участие почти в каждой комиссии, к тому же большей частью в роли ее докладчика „председателя”. Кроме того, необходимо было усиленно заняться устройством учебных пособий, что стоило многих трудов и неприятностей».
Стебуту пришлось несколько раз менять площадь, подготовленную под опытное поле, перенесенное, наконец, на постоянное место лишь в 1875 г. Первый план поля он составил в 1866 г. На нем велись занятия со студентами, а на отдельном участке ставились опыты с разными удобрениями и другие, в частности опыты по сравнению действия суперфосфата и костяной муки, по изучению влияния различных приемов культуры льна на его масличность. В 1869 г. программа работ расширилась, стали проводиться как полевые опыты, так и «культурные опыты» в горшках, а также лабораторные исследования. В программу были включены такие темы, как влияние перемешивания почвы на ее физические свойства, изучение удобрений, способствующих переводу почвенных запасов в усвояемую форму, изучения кущения злаков, влияние хранения семян на их всхожесть. В дальнейшем в программу работ опытного поля вошли и вопросы изучения различных паров и времени обработки под яровое, изучение севооборотов и культуры корнеплодов. Было положено начало коллекционного питомника культурных и сорных растений, коллекции многолетних злаков. На полях также испытывались сельскохозяйственные машины и орудия.
Одновременно Стебут занялся устройством кабинета учебных пособий. «Постепенно,— писал он,— благодаря довольно хорошим штатным средствам, экстренным ассигновкам (например, по случаю Всемирной Парижской выставки 1867 г.) и экскурсиям, при которых приходилось собирать кое-что для кабинета, учебные пособия получали некоторую полноту, и ко дню моего выхода в отставку в 1875 г. мною был приготовлен систематический каталог коллекций для напечатания. Каталог, однако, не был напечатан за выходом моим в отставку, да и пожар уничтожил коллекции, мои труды и замел, таким образом, мой этот след в Академии» (Стебут имеет в виду пожар 1880 г., когда сгорело здание сельскохозяйственного музея).