При оценке правительственного порядка, действовавшего в Москве в малолетство Грозного после смерти его матери, необходимо помнить, что власть была в руках тех фамилий, которым ее доверил великий князь Василий. Все это были близкие Василию семьи: или его «племя» (Вельские), или «племя» его жены (Глинские), или же родовитейшие князья Рюриковичи, которым, при доверии к ним государя, неизбежно принадлежало первенство в думе и администрации (Шуйские). Если бы в этой среде дворцовых вельмож сохранилось согласие, они явились бы обычным регентством, династическим советом, действовавшим в интересах опекаемого монарха. Но эти люди перессорились и превратили время своего господства в непрерывную смуту, от которой терпели одинаково и государь, и подданные. Изучая немногие дошедшие до нас сведения об этой смуте, не видим никаких принципиальных оснований боярской взаимной вражды. Вельские и Глинские выступают всегда как великокняжеская родня, дворцовые фавориты, живущие в полной солидарности с главой их «племени». Действия Шуйских имеют вид дикого произвола, за которым не видать никакой политической программы, никакого определяющего начала. Поэтому все столкновения бояр представляются результатом личной или семейной вражды, а не борьбы партий или политических организованных кружков. Современник по-своему определяет этот неизменный, своекорыстный характер боярских столкновений: «Многие промежь их бяше вражды о корыстех и о племянех их; всяк своим печется, а не государьским, ни земским». Около виднейших и влиятельнейших сановников группировались их друзья и клиенты и, пользуясь удачей своего патрона, принимались из его торжества извлекать свою пользу, «корысть». На доставшихся им должностях были они «свирепы, аки Львове, и люди их, аки зверие дивии, до крестьян». Политическими притязаниями или классовыми вожделениями ни на минуту нельзя объяснять этого позорного грабительского поведения временщиков, овладевавших властью в стране при малолетнем великом князе.
Ему приходилось страдательно наблюдать, как через полгода после смерти его матери и восстановления боярского регентства Шуйские упрятали в тюрьму Ивана Вельского и убили дьяка Федора Мишурина; «не любя того, что он за великого князя дела стоял»; а затем (в начале 1539 г.) вынудили московского митрополита Даниила оставить сан и уйти в монастырь «за то, что он был в едином совете с князем Иваном Вельским». На его место был поставлен митрополит Троицкий игумен Иоасаф. Он оказался человеком независимым и, выбрав время (летом 1540 г.), настоял на освобождении Вельского. Благодаря этому диктатура Шуйских прекратилась и как будто бы восстановилась деятельность регентства. Покушения татар на московские границы от Казани (зимой в конце 1540 г.) и от Крыма (летом 1541 г.) погасили было боярские ссоры и напрягли энергию московского правительства на защиту государства. Но когда опасность миновала, Шуйские взялись за старое. Князь Иван Васильевич Шуйский всю вторую половину 1541 года находился во Владимире с войсками против казанских татар. Там он и подготовил переворот, опираясь на преданные ему отряды войска. Его отряд в ночь на 3 января 1542 года ворвался в Москву и произвел ряд насилий. Князь И. Вельский был схвачен и сослан на Белоозеро в тюрьму, где вскоре потом убит. Его друзья были разосланы по городам. Митрополит Иоасаф от страха ночью прибежал в покои великого князя, но бояре с Шуйским нашли его и там, при государе, подвергли оскорблениям и, вытащив оттуда, сослали в Кириллов монастырь. Вместо него митрополитом был наречен и поставлен архиепископ Новгородский Макарий. В Москве опять настало засилье Шуйских; но самый видный из них, князь Иван Васильевич, теперь сошел со сцены, по-видимому пораженный болезнью. Вместо него действовали Шуйские старшей линии этого рода – князья Андрей и Иван Михайловичи и князь Федор Иванович Скопин-Шуйский. Первенствовал Андрей (дед будущего московского царя Василия Шуйского). Прошло года полтора под властью Шуйских, пока не назрел решительный перелом в московской смуте. В сентябре 1543 года Шуйские при государе и митрополите «у великого князя на совете» учинили насилие над Федором Семеновичем Воронцовым «за то, что его великий князь жалует и бережет». Его чуть не убили и пощадили только «для государева слова», потому что Иван очень просил за него. Но все-таки Воронцова с сыном против государевой воли сослали на Кострому. При этом случае бояре во дворце оскорбили митрополита Макария, порвав на нем мантию. Насилие над Воронцовым переполнило меру терпения Ивана. Ему было уже 13 лет. Он ненавидел Шуйских, как своих постоянных обидчиков, и решился на мщение за их обиды, вероятно подстрекаемый и со стороны боярами. Прошло три-четыре месяца после случая с Воронцовым, и около 1 января 1544 года Иван «велел поимати первосоветника их» князя Андрея Михайловича и «веле предати псарем, – и псари взяша и убиша его, влекуще к тюрьмам». Люди, которые не верили, чтобы такое деяние могло исходить от малолетнего государя, говорили о князе Андрее, что «убили его псари у Куретных ворот повелением боярским, а лежал наг в воротех два часа».