Споры о ереси возродили прежний раздор. Розыск обнаружил, что ересь свила себе гнездо при дворе старицкого удельного князя. Главными сообщниками еретика были объявлены знатные дворяне Иван Тимофеевич Борисов-Бороздин и его брат. Они происходили из очень знатного рода тверских бояр и доводились троюродными братьями Евфросинье Старицкой. Оба служили в удельном княжестве и были видными придворными князя Владимира Андреевича. Враги Старицких не прочь были использовать момент, но Сильвестр и Макарий не дали разжечь пожар.
Следствие по делу Башкина и Борисовых было передано осифлянам. Башкин в конце концов сознался, что называл иконы «идолами окаянными», хулил самого Христа.
Видимо, эти признания были получены под пыткой. У обвиняемого помутился рассудок: он «язык извеся, непотребная и нестройная глаголаша на многи часы, и потом в разум прииде». Матвей Башкин был брошен в тюрьму, Иван Борисов сослан в монастырь на остров Валаам.
Церковные власти использовали суд над Башкиным, чтобы окончательно избавиться от нестяжателей. Отказ старца Артемия от участия в расправе с еретиками власти расценили как доказательство его причастности к ереси. На суде Башкин в расспросе «на старцов заволскых говорил, что его злобы (еретических взглядов) не хулили (старцы) и утверждали его в том». Возражая судьям, Артемий с полным основанием указывал, что ребяческие речи Башкина невозможно подвести ни под одну известную и осужденную святыми соборами ересь.
Вопрос о наказании еретиков был одним из главных пунктов, разделявших Артемия и его гонителей. Побуждая царя к размышлениям, старец писал в одном из посланий к нему: не следует спешить с осуждением, если кто «от неведения о чем усумнится или слово просто речет, хотя истину навыкнути». Старец возражал против казни еретика Башкина и его единомышленников. После бегства в Литву он писал:
«Неподобно есть христианом убивати еретичествующих, яко же творят ненаучении, но паче кротостию наказывати противящаяся и молитися о них, да даст им Бог покаяние в разум истины възникнути».
Точка зрения осифлян была противоположной. Один из сподвижников Иосифа Волоцкого, архиепископ Геннадий, в свое время дал собору на еретиков такой совет: «С еретиками таки бы о вере никаких речей с ними не плодили, токмо для того учинити собор, чтобы их казнити – жечи да вешати».
Иосиф Санин свое главное сочинение «Просветитель» посвятил наставлениям и советам, как искоренить ересь на Руси. Затеяв гонения на еретиков, осифляне постарались приобщить Ивана IV к идейному наследию Санина. Епископ Нифонт Кормилицын отклонил просьбу старцев Иосифова монастыря о передаче им бывшей у него рукописи «Просветитель» на том основании, что «митрополит ея емлет и чтет, да и царь князь великий ея имал и чел». Самодержец ежечасно подвергался влияниям с самых разных сторон. Прилежный ученик черпал премудрость из источников, которые ему предлагали, как прилежный ученик.
Вероятно, Артемию удалось бы оправдаться, но с наветами против него выступили игумен Кирилло-Белозерского монастыря, старцы Ферапонтова и Троице-Сергиева монастырей. В защиту его выступили епископ Рязанский Касьян и соловецкие старцы. (За это Касьян был лишен сана.) В январе 1554 г. собор отлучил Артемия от церкви и сослал на вечное заточение в Соловки. Власти готовили суд над «сообщниками» Артемия – Феодосием Косым и Вассианом. Но тем удалось бежать из-под стражи и скрыться в Литве. Там же нашел прибежище и Артемий. За рубежом он сохранил непоколебимую верность православию. Некоторые из беглых московских еретиков, напротив, перешли в протестантскую веру. Один из новообращенных заслужил в Литве славу «второго Лютера или, скорее, Цвингли».
«Второй Лютер» рассказывал, что в Москве он был приговорен «советом епископов» к сожжению на костре, но царь Иван отменил смертный приговор и приказал освободить еретика из тюрьмы. Показание московского «лютора» проливает свет на роль монарха в затеянных осифлянами процессах. Иван хорошо усвоил мысль о том, что провинившиеся монахи достойны сурового наказания, но не смерти. В послании Курбскому он писал: «И во отрекшихся от мира наказания, аще и не смертию, но зело тяжкая наказания, колми же паче в царствие подобает наказанию злодейственным человеком быти».
Три года Сильвестр подвергался нападкам Висковатого, пока митрополит не защитил его от обвинений в ереси. Спасаясь от наветов, Сильвестр отмежевался от Артемия Пустынника. Позиция наставника оказала решающее влияние на царя Ивана. Он не мог выступить против решения Священного собора и заступиться за Артемия, у которого учился богословию. Но он не позволил сжечь мнимых еретиков.