Первое такое задание относится к 1941 году. Тогда, 27 августа, приказом НКВД СССР Серов назначен начальником оперативной группы по выселению немцев из Саратовской и Сталинградской областей. Он выехал на место и за два дня «успешно» провел выселение: из Республики Немцев Поволжья депортировали 365,8 тысяч человек[171]. Дело для него было хорошо знакомым, и опыт имелся. Приказом НКВД СССР № 001353 от 22 сентября 1941 года Серову объявлена благодарность. За период с 3 по 20 сентября из Саратовской и Сталинградской областей выселено в Сибирь и Казахстан 438,7 тысяч советских немцев, а всего по стране к началу 1942 года на спецпоселении оказалось свыше миллиона немцев[172]. Серов же вместе с первыми секретарями Саратовского и Сталинградского обкомов ВКП(б) проводит дележку районов, оставшихся от упраздненной Республики Немцев Поволжья[173].
Серову довелось побывать и на фронте. В апреле 1942 года его направили в Крым. Прибыв, он сделал неутешительный вывод о Мехлисе — «глупец воображает себя полководцем»[174]. Серову было поручено руководить четырьмя пограничными полками, занятыми охраной тыла фронта. В пику оптимистичным донесениям Буденного и Мехлиса Серов первым сообщил в Ставку о захвате противником Киммерийского вала и прорыве противника на Керченский полуостров. Сталин послал телеграмму с проклятиями Мехлису, а Буденный разозлился до такой степени, что пригрозил Серову расстрелом[175]. Тем не менее все было кончено — немцы вышли к Керчи. Отход войск из Крыма носил панический характер. Увиденная картина потрясла Серова:
«Я уже с высоты видел столпотворение, куда двигались люди, пушки, обозы и т. д. Когда подошел ближе, моему ужасу не было конца. Все бойцы без винтовок — побросали, голодные, из-за [еды] дерутся, командиры ведут себя не лучше бойцов, никто никого не слушает. В общем, полная деморализация армии. Старших командиров, не говоря уже о генералах, не было». И та же картина на переправе на Большую землю — «катера брали силой»[176]. Сам Серов в последний момент сумел переправиться вместе с командованием войск НКВД по охране тыла Крымского фронта и в самом конце мая 1942 года вернулся в Москву[177].
В июне 1942 года Серов выехал в Узбекистан для проверки работы органов НКВД республики. О его визите вспомнил в своем заявлении 26 октября 1954 года бывший нарком внутренних дел Узбекистана Амаяк Кобулов, осужденный к расстрелу и дожидавшийся казни:
«В 1942 году на обследование НКВД Узбекистана прибыл зам. наркома внутренних дел СССР Серов. Мы поехали с ним в Бухару. Он в присутствии сотрудников избил до крови арестованного узбека, хотя в этом никакой надобности не было, ибо этот узбек до избиения признался, как немцы его завербовали и перебросили через линию фронта для распространения провокационных, пораженческих слухов»[178].
В начале июля 1942 года Серов переместился из Узбекистана в Туркмению, где в Ашхабаде провел совещание оперативных работников НКВД. В том же месяце был направлен в Архангельскую и Мурманскую области для оказания помощи в оперативной работе местным чекистам[179].
Пребывание Серова в Москве получилось недолгим. В августе 1942 года его отправили в Сталинград для организации порядка в тылу оборонявших город войск. В город Серов прибыл 18 августа и застал картину панического отступления[180]. Серов инструктировал командира дивизии НКВД и начальника областного управления НКВД, где выставить заградительные посты для задержания «неорганизованно отходящих с фронта» и как организовать оборону на подступах к городу[181]. Но через два дня Серова срочно перебросили на Кавказ. Здесь он участвует в обороне Клухорского и Марухского перевалов Кавказского хребта. В Тбилиси Серов прибыл 25 августа, откуда после совещания у Берии выехал поездом в Сухуми. Оказалось, что немцы уже «оседлали» Клухорский перевал. На следующий день он отправился на передний край. Спал в палатке в горах, питался сухарями и получал от Берии приказания организовать наступление и «выгнать немцев» с перевала[182]. Серов попытался, и это закончилось неудачей и большими потерями.
Берия вызвал его в свой особняк в Сухуми, вновь нажимал и требовал «наступать». Серов снова очутился на передовой и чуть не попал в плен к первой горнострелковой дивизии «Эдельвейс»[183]. Когда дело в Клухоре поправилось, его перебросили на Марухский перевал, там оказалось поспокойней, но оборона тоже была поставлена из рук вон плохо. Серов выбрал выжидательную тактику. Он надеялся — в конце сентября выпадет снег на перевалах, и немцы сами уйдут. Расчет не оправдался. В середине сентября полк дивизии «Эдельвейс» занял перевал и ушел сам лишь в январе 1943 года, когда выпал обильный снег[184].