В течении 1898 г. Николай Иванович продолжал знакомиться с финляндским вопросом, по всем доступным для него источникам. По подлинному делопроизводству он изучил работы Особого Совещания X. Н. Бунге и последние проекты, восходившие в Государственный Совет. Занятия производились, видимо, чрезвычайно серьезно, о чем свидетельствуют выписки и заметки в тетрадях и на отдельных листах, сохранившихся в семейном архиве. Прочитанные им по финляндскому вопросу книги испещрены пометками. Все это в его возрасте и положении — явление редкое и характеризует особенно добросовестное отношение Н. И. Бобрикова к порученному ему делу. При его редких способностях, Финляндия была изучена настолько всесторонне, что впоследствии получил возможность проверять даже самих финляндцев. «Большая часть сенаторов и прокуроров, — утверждал он, — твердо не знают историю Финляндии и нередко в беседах со мной обнаруживают непростительное незнание».
Вторая аудиенция состоялась в Москве, в Большом Кремлевском дворце, 18 августа 1898 г. Здесь Его Величество милостиво соизволил одобрить, намеченные Николаем Ивановичем мероприятия, утвердить проект его вступительной речи и разрешить присутствовать при докладах министра статс-секретаря. Записка, всеподданнейше прочтенная Государю Императору и в существе одобренная Его Величеством, заслуживает особого внимания. Она явилась политической программой Бобрикова и в течении всего своего управления краем он не только строго держался ее духа и общего направления, но успел выполнить значительную часть намеченных в ней реформ.
Вот главнейшее содержание этой записки, занесенной им в небольшой дневник, в котором отмечены важнейшие события из времени его пребывания в Финляндии.
«Покоренная русским оружием Финляндия «вошла в состав России по праву завоевания и по жребию битв» и, начиная с 1809 г., она «состоит в собственности и державном обладании Империи Российской и к ней навсегда присоединена». Ее граждане, бесспорно, граждане России и подданные Российского Царя».
«Завоевание Финляндии вызывалось необходимостью отдалить от Петербурга нашу северную границу. Несмотря однако же на девяностолетнюю совместную жизнь, цель такого завоевания поныне совершенно не достигнута. Вместо иностранного государства вблизи русской столицы создалась окраина, до сих пор чуждающаяся облагодетельствовавшей ее России и открыто стремящаяся к закреплению за собой прав независимого конституционного государства, соединенного с Россией лишь единством Верховной власти...»
«Представитель русской власти в Финляндии был поставлен в такое неестественное положение, что лишен был возможности воздействовать на ход финляндских дел и направлять их согласно интересам Империи... »
«Полное отсутствие русских людей в сенате, статс-секретариате, канцелярии генерал-губернатора, университете, кадетском корпусе и в составе земских чинов сейма дало весьма неблагоприятные результаты: финляндская окраина остается на столько же чуждой нам в настоящее время, на сколько была во дни ее завоевания. Отсутствие русских людей сказалось на всем местном законодательстве, в результатах деятельности статс-секретариата и сеймовых прениях. Действуя бесконтрольно, земские чины во время одного из сеймов, в 1894 году, собирались на особые тайные совещания и составили неустановленное законом ходатайство на Высочайшее имя, а ораторы сейма, особенно дворянского сословия, произносили речи такого характера, что были осуждены Верховной Властью. Законодательствуя на сейме, финляндцы, где только возможно было, загородили доступ русским людям в местные учреждения. Ободренные первыми своими успехами, финляндцы стали действовать смелее и доходили до публичных антирусских манифестаций, до призыва к неисполнению неугодных им постановлений правительства, до свободного осуждения действия высшей русской власти. Русские воззрения и русские чувства в крае в расчет не принимаются, а, стремясь к обособлению, финляндцы тщательно обходят все то, что внешним образом должно свидетельствовать о принадлежности их края к России. Таким образом они установили у себя свой особый национальный гимн, особые национальные цвета для флагов; на монетных бумажных, денежных знаках, памятниках, общественных зданиях и т. п. заметно преобладают финляндские гербы и шведские надписи. Ни в университете, ни в других учебных заведениях края, не возбуждается ни малейшего интереса к России, к ее населению, истории и литературе. Русский язык преподается формально, для вида, а в учебниках истории и географии даются о России несоответствующие понятия. Самые торговые обороты края с Россией в последнее время стали заметно уменьшаться, тогда, как экономические связи сближают народы более, чем другие факторы жизни».