Насколько велико было разрушение здоровья и духа Брюнеля, с трагической ясностью показывают сохранившиеся от этого периода обрывки его писем. "За последние 3-4 месяца мне так много пришлось испытать на прочность, - писал он в феврале, - что я защищен от всего, и только боюсь, что стану слишком медлительным и апатичным в таком состоянии духа". И снова: "Я не хотел бы беспокоить вас дневником инвалида... Будучи слабым, я регулярно подвергаюсь целому ряду бед". В мае он вместе с Мэри уехал из Англии в Виши в надежде восстановить утраченное здоровье. Из Виши он отправился в Швейцарию, а в Англию вернулся через Голландию. Во время отсутствия он работал над проектами Восточно-Бенгальской железной дороги, но его мысли постоянно обращались к его великому кораблю. Вернувшись в сентябре, он обнаружил, что корабль лежит так же, как он его оставил, - бесполезной громадиной в Дептфорде. Во время его отсутствия несчастная компания пыталась собрать 172 000 фунтов стерлингов, которые, по расчетам, были необходимы для завершения ее оснащения, запустив схему продажи аннуитетов, но 1858 год стал годом торгового спада и финансового кризиса, и схема потерпела жалкое фиаско. Возникли угрозы принудительной продажи, и, чтобы предотвратить это, несколько директоров высказались за выставление корабля на продажу с публичного аукциона . Пресса, разумеется, сделала Брюнеля козлом отпущения. Типичным было отношение газеты The Times, традиционно враждебной к Брюнелям. В июле их финансовый обозреватель так прокомментировал эту заброшенную громадину:
У нас уже есть такие образцы, как Темзский туннель и другие предприятия, которые, как бы они ни принесли прибыль и славу отдельным людям, привели к разорению тех, кто вложил в них средства, руководствуясь единственным принципом, который должен быть признан в таких случаях, - а именно принципом обеспечения адекватной денежной прибыли. Можно, конечно, сказать, что тоннель Темзы, Грейт-Истерн и другие аналогичные сооружения вызывают удивление иностранцев и должны удовлетворять нашу гордость, но в таком случае [писатель продолжал с тяжелым сарказмом] нам следует рассмотреть вопрос о создании "Консолидированного фонда достоинства Англии".
К счастью, часть совета директоров компании была решительно против любой идеи продажи корабля с аукциона, и к моменту возвращения Брюнеля два члена этой партии, Кэмпбелл и Магнус, предложили схему размещения новой компании, которая купит корабль и в которой подписчикам существующей компании будут выделены акции пропорционально их первоначальным долям. Это предложение было принято, и 18 ноября был выпущен проспект Great Ship Company, в котором Кэмпбелл был назначен председателем, Йейтс - секретарем, а Брунель - инженером. 25 числа того же месяца новая компания приобрела корпус корабля за 165 000 фунтов стерлингов, а 17 декабря Восточная пароходная компания провела свое последнее собрание, на котором единогласно была принята резолюция о прекращении деятельности.
Новая компания попросила Брюнеля представить смету расходов на оснащение корабля для выхода в море. После горького опыта работы над первоначальным контрактом со Скоттом Расселом он согласился не только представить смету, но и подготовить подробные спецификации всех работ, которые предстояло выполнить. Эти спецификации должны быть разосланы подрядчикам вместе с приглашением к участию в тендере, и он подчеркнул Совету директоров, что крайне важно, чтобы условия контракта обязывали подрядчика неукоснительно следовать им. В противном случае он ясно предвидел, что подобные проблемы могут легко повториться.
При подготовке спецификаций необходимость экономии заставила Брюнеля с неохотой отказаться от многих элементов его первоначального проекта, которым он посвятил много времени и размышлений. Среди них были два небольших парохода, которые должны были перевозиться в стационарных шлюпбалках, расположенных прямо за кормой весел. В то время еще не существовало гавани, которая была бы необходима такому большому кораблю, и он предполагал, что эти маленькие корабли будут служить береговыми тендерами. Но самым интересным из всех этих отвергнутых планов был его проект того, что он назвал "вихревым устройством", обеспечивающим искусственный горизонт и позволяющим проводить астрономические наблюдения независимо от движения корабля. В ходе длительной переписки с Эйри, Королевским астрономом, и профессором Пиацци Смитом из Эдинбургской обсерватории в период с 1852 по 1854 год Брюнель изложил свои планы по созданию гирокомпаса, который, по сути, родился за много лет до своего времени. Он предложил платформу, закрепленную на кардане, на которой должен был стоять наблюдатель со своим прибором. Под платформой должен был находиться маховик весом 1 фунт, помещенный в коробку площадью 2 фута . Маховик должен был вращаться с помощью шкивов и резинового ремня до тех пор, пока он не наберет достаточный импульс для проведения наблюдений. Но, увы, "вихревая штуковина" Брюнеля так и не родилась, и теперь ее пришлось отнести к числу "возможных вариантов" вместе с его планом специальных карт на катушках, которые разматывались бы патентным журналом корабля по мере его плавания.