После создания новой компании и возобновления работ над кораблем Брюнелю меньше всего хотелось снова покидать Англию. Но судьба распорядилась иначе. Несмотря на отдых и перемены, его здоровье не подавало признаков улучшения, и консультация с сэром Бенджамином Броуди и доктором Брайтом показала, что он страдает от хронической формы той болезни, которой доктор Брайт недавно дал свое имя, но которую мы теперь называем нефритом.
Нет сомнений, что годы постоянного беспокойства и нервного напряжения, кульминацией которых стали дни и ночи, проведенные без сна в миазматической атмосфере Миллуолла и в условиях ужасающей погоды, стали причиной начала болезни. О том, насколько дурной была атмосфера лондонской реки в этот период, свидетельствует письмо, написанное Софи Хорсли своей сестре в Швейцарию, в котором она описывает визит королевы на большой корабль, состоявшийся, когда Брюнель находился за границей:
Вм Рид говорит, что, отправляясь на Грейт-Истерн, он сел в лодку, и это было ужасно: вода была густой черной жидкостью, а запах не поддавался описанию. Королева, по его словам, все время нюхала свой носовой платок, зрелище было прекрасным, и она и ее спутники оставались на борту в течение часа.
Два доктора настаивали на том, что Брюнелю необходимо перезимовать в теплом климате, и больной с величайшей неохотой согласился. Так и случилось: через несколько дней после того, как были объявлены тендеры на достройку корабля, он отправился в Египет в сопровождении Марии, своего сына Генри и молодого врача. Он пригласил с собой доктора Паркеса, в последнее время управляющего больницей Ренкиоя, но Паркес не смог принять приглашение, и молодой врач стал утомительной заменой в последнюю минуту. "Он очень любезен, - писала Мэри Брюнель своему старшему сыну в Англию, - но такой подлец по отношению к твоему отцу! Хотела бы я, чтобы ты слышал, как Генри подражает ему по ночам, когда мы ложимся спать". Они взяли с собой огромное количество товаров, чтобы пополнить запасы дахабии, на которой Брюнель планировал отправиться вверх по Нилу. Переход по Средиземному морю на винтовом пароходе из Марселя был настолько бурным, что все пассажиры, включая доктора, были вынуждены удалиться в свои каюты, за исключением единственного инвалида. Стоя на одном из спонсонов и надежно упираясь телом в угол между поручнем и корпусом весла, Брюнель был слишком увлечен измерением степени тангажа и крена, скорости ветра и оборотов весла, чтобы понять, что все, кроме него, сбежали.
На Рождество он обедал в Каире с Робертом Стивенсоном. Стивенсон был слишком болен, чтобы стать свидетелем спуска на воду великого корабля, и теперь он тоже приехал в Египет в тщетной погоне за утраченным здоровьем. Когда он прощался с Брюнелем, отправляясь в свое путешествие вверх по Нилу, оба мужчины, возможно, понимали, что вряд ли когда-нибудь увидятся снова. Дахабия, которую зафрахтовал Брюнель, была железной лодкой, которая не могла безопасно преодолеть пороги выше Ассуана. Однако после экскурсии на ослике обратно в Филе он решил продолжить путь вверх по реке. Он приобрел деревянную лодку, нанял местных рабочих и за короткое время оборудовал ее тремя каютами. Судя по живому описанию их последующего путешествия по порогам, которое он написал в письме к своей сестре Софии, вряд ли Мэри и доктор получили большое удовольствие. Однако они с Генри, очевидно, получили огромное удовольствие от всего этого.