Было бы неуместно подробно описывать дальнейшую карьеру "Грейт Истерн", но поскольку об этом корабле и его злоключениях написано огромное количество чепухи, необходимо вкратце упомянуть об этих казусах в той мере, в какой они отражают правильность или неправильность проекта Брюнеля. То, что можно указать только на две действительно серьезные ошибки в столь огромном, столь неортодоксальном и столь опередившем свое время проекте, несомненно, замечательно.
Первым из этих дефектов был белометаллический кормовой подшипник вала винта, который оказался неполноценным и изнашивался с большой скоростью, несмотря на все усилия по улучшению смазки и охлаждения. Уже после возвращения в Саутгемптон из Холихеда подшипник нуждался в ремонте, а после двух первых переходов через Атлантику белая металлическая накладка износилась до предела. Грейт Истерн" поставили на решетку, подготовленную для него в Милфорд-Хейвене, и установили новый кормовой подшипник из лигновита. В этот подшипник вставили латунную цапфу, которую одновременно напрессовали на вал винта, и эта комбинация была признана вполне удовлетворительной.
Вторая ошибка в конструкции заключалась в установке спасательных шлюпок в стационарных шлюпбалках над бортом корабля. Брюнель полагал, что шлюпочная палуба его великого корабля не подвластна никаким морским волнам, но Северная Атлантика должна была доказать, что он ошибался, и это привело к последствиям, которые были бы фатальными для любого другого корабля. Казалось, успех корабля был окончательно обеспечен, когда 10 сентября 1861 года он вышел из Ливерпуля в Нью-Йорк под командованием капитана Джеймса Уокера с большим количеством пассажиров. Однако через три дня пути корабль столкнулся со штормом такой силы, что сильное море унесло одну из шлюпок, расположенных на его погодном борту, прямо перед весловым ящиком. Качаясь на уровне моря на одной из шлюпбалок, она могла зацепиться за гребное колесо, поэтому капитан Уокер приказал отвести судно на корму, чтобы шлюпку можно было отрезать без риска. Застигнутые врасплох этим внезапным маневром рулевые потеряли контроль над штурвалом, в результате чего огромный руль, засасываемый винтом, перевернулся, пока квадрант не ударился о его верхушку с таким мощным толчком, что вертикальный рулевой вал сломался надвое в самом слабом месте - прямо над шарикоподшипником, на который приходился его вес. Огромный корабль немедленно отвалил и лег на бок по милости шторма, который продолжал демонстрировать тщетность хвастовства, что любой корабль, созданный человеком, может быть хозяйкой Северной Атлантики. С кормы искалеченного корабля раздалась ужасающая череда взрывов, когда бесполезный руль, теперь совершенно не ограниченный в своем движении, бился о лопасти винта. Винтовые двигатели были остановлены. Корабль еще можно было маневрировать на веслах, но море так разбушевалось, что через короткое время от двух больших колес не осталось ничего, кроме голых ступиц, и корабль оказался совершенно беспомощным. Корабль так сильно кренился, что его большие салоны были практически разрушены, прежде чем команде удалось восстановить контроль над рулем с помощью присяжных снастей, и судно смогло медленно вернуться в Корк. Оттуда он вернулся к сетке в Милфорде, где был произведен ремонт и установлены два новых гребных колеса меньшего диаметра и более прочной конструкции. Такова была тяжелая цена, которую пришлось заплатить за установку лодок в столь уязвимом положении.
Следующим летом с "Грейт Истерн" произошел еще один казус, не менее губительный для его владельцев, но на этот раз продемонстрировавший не какую-то новую слабость, а совершенство конструкции Брюнеля. Рано утром 27 августа великое судно подошло к Монток-Пойнт у входа в Лонг-Айленд-Саунд и замедлило ход, чтобы забрать лоцмана, когда оно слегка накренилось и раздался громкий грохот. Любое другое судно в мире пошло бы ко дну, потому что оно налетело на подводный риф, который не был отмечен на картах. Как обычно, корабль причалил в Нью-Йорке, и многие пассажиры покинули его, не имея ни малейшего представления о том, что с ним что-то случилось. Но исследование, проведенное водолазом, показало, что в наружной обшивке судна образовалась дыра длиной 85 футов и шириной от 4 до 5 футов. Однако ее внутренняя обшивка была совершенно целой, и очень жаль, что вместо того, чтобы заказать ее домой и поставить на рейд в Милфорде, было потрачено много денег и времени на ремонт под водой, который оказался совершенно неэффективным. Ремонт обошелся нам в 30 000 фунтов стерлингов и изрядно нас разорил", - записал Гуч в своем дневнике. По его подсчетам, эти две аварии в разные годы обошлись компании в 130 000 фунтов стерлингов. Весь первоначальный капитал был потерян, и после еще одного рейса в Нью-Йорк и обратно судно было заложено, а держатели облигаций вступили во владение. Компания Gooch, Brassey and Barber, являвшаяся крупнейшим держателем облигаций, совершила проницательный ход. Было решено продать "Грейт Истерн" с аукциона, и троица планировала выкупить его, а затем зафрахтовать для прокладки кабеля. Для этого они согласились предложить цену до 80 000 фунтов стерлингов, но, к их изумлению, великий корабль достался Барберу всего за 25 000 фунтов. Гуч сразу же зафрахтовал судно для компании Telegraph Construction Company за 50 000 фунтов стерлингов, оплатив все расходы. Так начался самый полезный период в карьере "Грейт Истерн", который его создатель одобрил бы от всей души.