В феврале 1847 года из Эксетера в Турф и обратно ходил экспериментальный поезд, но из-за проблем с двигателями только в сентябре следующего года между Эксетером и Тигнмутом началось регулярное сообщение из четырех атмосферных поездов в день в каждую сторону. В январе 1848 года это сообщение было продлено до Ньютон-Эббота. Некоторое время они ходили с достаточной регулярностью. В своей "Жизни отца" Изамбард III пишет:
Атмосферной системе неопределенно приписывали все задержки, с которыми сталкивался поезд на любом участке своего пути; хотя на самом деле большая часть этих задержек приходилась на ту часть пути, которая выполнялась локомотивами. Часто случалось, что потерянное время наверстывалось на атмосферной части линии, о чем свидетельствует сохранившаяся запись работы. За неделю с 20 по 25 сентября 1847 года атмосферным поездам вменяется в вину задержка на 28 минут; в то время как задержки из-за позднего прибытия локомотивных поездов, в общей сложности составившие 62 минуты, были компенсированы дополнительной скоростью, достигнутой на атмосферной части линии.
Наибольшая скорость, зафиксированная на этих поездах, составила в среднем 64 м./ч. на протяжении четырех миль (максимальная 68 м./ч.) при нагрузке 28 тонн, а 35 м./ч. на том же участке при нагрузке 100 тонн. Это при вакууме в трубе чуть более 16 дюймов, что считается желательным рабочим показателем.
В феврале 1848 года Брюнель представил директорам Южного Девона отчет об Атмосфернике, в котором писал:
Несмотря на многочисленные трудности, я думаю, что в скором времени мы сможем преодолеть механические дефекты и привести весь аппарат к регулярной и эффективной практической работе, и как только мы сможем получить хорошую и эффективную телеграфную связь между машинными отделениями и таким образом обеспечить надлежащую регулярность в работе двигателей, мы сможем проверить экономичность работы. В настоящее время это невозможно, так как отсутствие телеграфа вынуждает нас держать двигатели почти постоянно в работе, для чего мощности котлов недостаточно, и в результате мы не только работаем на двигателях почти вдвое больше времени, чем требуется, но и котлы недостаточны для такого количества пара, топки приходится разжигать, а расход топлива нерегулярен и чрезмерен. Есть все шансы, что это зло будет быстро устранено, и поскольку работа Атмосферника станет предметом реального эксперимента, и его ценность будет проверена на практике, я воздержусь от дальнейших замечаний по этому поводу.
Машинный дом на вершине в Дейнтоне, между Ньютоном и Тотнесом, завершен; идет подготовка к установке двигателей, а на линии прокладываются трубы.
По понятным причинам отчеты Брюнеля директорам редко отличались пессимизмом, так что, читая между строк, мы можем понять, что дела обстояли далеко не лучшим образом. Атмосферное сообщение, действительно, поддерживалось в это время только благодаря неустанной борьбе с морем проблем, которые обескуражили бы любого менее опытного человека. Случались аварии при запуске поездов с помощью вспомогательного поршневого устройства; многочисленные клапаны в трубе часто повреждали или разрушали кожу чашек ходовых поршней; скопление воды в трубе из-за конденсации приводило к неприятностям; на насосных станциях случались поломки, и эти поломки, перегрузки и неэкономичные методы работы, которые их вызывали, объяснялись исключительно, как предполагал Брюнель, отсутствием телеграфа. В гораздо большей степени они были результатом неэффективности клапана непрерывного действия. Это был самый фатальный дефект из всех. Если на одной миле трубы клапан отключался всего на одну тысячную дюйма, то отверстие было эквивалентно отверстию в трубе диаметром 15 дюймов. Поэтому очевидно, что эффективность работы системы в огромной степени зависела от того, насколько герметичным был этот клапан.
Седло клапана представляло собой неглубокую ванночку, заполненную специальным уплотняющим составом. На "Кройдоне" использовалась смесь пчелиного воска и талового масла. Медная лопатка на вагонетке, нагретая 5-футовым поддоном с горячим углем, проходила над уплотнением, чтобы слегка подплавить поверхность в холодную погоду. Когда карета двигалась со скоростью не более улитки, эффект от этого, должно быть, был нулевым, а жарким летом 1846 года состав плавился с весьма плачевными результатами. Поэтому на "Южном Девоне" сначала опробовали состав из известкового мыла, но так как оказалось, что он образует твердую кожу под воздействием света и воздуха, его заменили более вязким составом из мыла и трескового масла. Однако оно засасывалось в трубу потоком воздуха при открытии клапана, и его приходилось постоянно обновлять. В результате этих проблем с герметизацией на прочистку трех миль трубы одним двигателем уходило гораздо больше времени, чем рассчитанные Брюнелем 3-5 минут, а лошадиная сила, затрачиваемая на откачку, превышала расчетную в три раза. Такая работа, разумеется, была совершенно неэкономичной.