С наступлением зимы проявилась еще одна неприятность - кожа клапана застыла, как доска. Причина заключалась в том, что под действием вакуума из кожи вытягивались натуральные масла, и она становилась водонепроницаемой. Хотя система проработала еще несколько месяцев, Брюнелю должно было быть очевидно, что это начало конца, который не за горами. Он наступил в июне 1848 года, когда было обнаружено, что кожа клапана разрушается на всем его протяжении от Эксетера до Ньютон-Эббота. Помимо воздействия вакуума, химическое воздействие оксида железа и танина прогнило так, что кожа начала отрываться от заклепок на шарнире. Этому не было иного выхода, кроме полного обновления клапана, стоимость которого оценивалась в 25 000 фунтов стерлингов.
Именно в этот момент горькой неудачи, к которой привели все его неустанные усилия, Брюнель в полной мере, чем когда-либо ранее, проявил те качества высокого мужества и непоколебимого решения, которые так его отличали. Ему было бы очень легко продолжать атмосферные эксперименты, пытаясь сохранить лицо, ведь, как ни странно, многие люди, включая председателя Южно-Девонской компании, по-прежнему страстно верили в конечный успех системы. Энтузиасты-изобретатели и инженеры по-прежнему занимались этим. Было получено не менее семнадцати патентов на усовершенствование одного только непрерывного клапана; Роберт Маллет, ирландский инженер, предложил ряд разработок, включая метод, с помощью которого машинист поезда мог контролировать силу, действующую на поршень; Сам-уда разработал второй "погодный клапан" для защиты непрерывного клапана; Брунель сам предложил установить гидравлический аккумулятор на каждой насосной станции, что позволило бы двигателям работать более экономично, а трубам - быстро истощаться. Но для него все эти хитроумные усложнения теперь лишь яснее выявляли практические недостатки системы, которая в теории казалась такой привлекательной и на которую он возлагал столько надежд. Перед ним открылся факт, что он несет ответственность за самый дорогостоящий провал в истории инженерного дела того времени. Уклоняться от решения этой проблемы было нельзя; нужно было стереть с лица земли всю вину. Поэтому он рекомендовал своим директорам отказаться от дальнейших экспериментов с атмосферой. Правда, он добавил оговорку, что Самуде должна быть предоставлена возможность обновить клапан за свой счет при условии гарантии поддержания его в исправном состоянии в течение оговоренного срока, но всем должно было быть очевидно, что Самуда никогда этого не сделает и что рекомендация Брюнеля - это бесповоротный смертный приговор. Две насосные станции в Дейнтоне и Тотнесе уже близились к завершению, а 22-дюймовые трубы, которые Брюнель намеревался использовать на склонах Дейнтона в сочетании с расширяющимся поршнем собственной конструкции, были проложены от Ньютон-Эббота до моста через Дарт. Но теперь они были снесены вместе с остальными, оставив поле для всепобеждающего паровоза.
Продажа атмосферной установки составила не менее 42 666 фунтов стерлингов, что позволяет оценить стоимость этого неудачного эксперимента. Моторные вагонетки были переделаны в тормозные фургоны. Насосные двигатели были проданы, один из них - на свинцовый рудник близ Эшбертона, где он стал известен как "двигатель Брунеля" и проработал много лет. Мили атмосферных труб были проданы на металлолом, большинство из них попали в печи Эббв Вейла. Однако в 1912 году отрезок трубы диаметром 22 дюйма был найден в монастыре Святого Харта, Гудрингтон Хаус, Пейгнтон, где она служила в качестве поверхностного стока. Она была приобретена компанией Great Western Railway, которая подарила ее отрезок Музею науки. Это единственная сохранившаяся реликвия, если не считать машинных домов в итальянском стиле с их высокими дымовыми трубами-кампанелями, которые дошли до наших дней как заброшенный памятник тому, что жители Девона называли "Атмосферным капером".